公司工资每月分几次现金发放，辞职后第一次发放工资之外的工资被扣

本人16年初前进入公司工作。当时谈的工资是每月5000元。但是签订合同的时候，公司方面提出每月公司分三部分发放。第一部分3000元每月5日在公司财务领取（还要扣社保），第二部分1500元每月10日在公司老总办公室领取现金，剩余第三部分500年底加上年终奖一并发放。全公司员工都知道公司这种奇怪的发工资制度。我于16年12月下旬递交辞职报告后第二周就未去上班了。走之前给公司找了一个员工接替我的位置。但是1月份发放12月工资的时候只发放了3000里面的上班天数的工资共计1940元（5天未打卡）。12月的1500+500的部分和前几个月截留的500部分公司拒不支付。将其称为“奖金” ，辞职后不予发放。请问现在怎么办？公司这种发放工资的方式是否违法。还有怎么能追回最后这个月的1500+500的工资 和 之前近一年的每月被截留的500部分。