公司股东出资不足，且出资物发生重大变化，如何解决

2014年11月15日，甲方3人与乙方独资企业主合伙，协议约定：1、甲方出货币现金260万占60%；2、乙方出资为：原承包河道的河沙石料资源（企业每年给乙方6万元，乙方承诺免费提供沙石20年），原有经营场地及原有设备， 2艘200吨船为出资，占股份40%。合伙项目使用乙方营业执照生产。
    由于个人独资企业无法保障合伙人的权益，甲乙双方申请，于2015年07月08日成立了有限公司。公司章程上写的注册资金是货币600万。
    甲乙双方约定仍按原协议出资，甲方已于2014年12月底前缴清了260万；但乙方实际出资为：1艘120吨船、原有场地及原有设备（除沙石资源外，实物最多值20万元）。沙石资源从2015年7月至2016年1月由周俊提供，2016年2月起有公司垫资购买。（减少出资为，船只有1艘且小了，免费沙石资源没有了）
    现在甲乙双方协商，甲方要求乙方减少股份，乙方坚决不同意。甲方准备起诉，甲方起诉的目的是让乙方懂法、依法。
    考虑了有几种诉求：1、请求法院判定乙方实际出资；2、请求法院判决乙方补足出资；3、请求法院判决乙方支付公司垫付的资源费。
    请问：1、哪种诉求合理，好判决？还可以有其他诉求吗？
          2、原协议和公司章程对出资描述不尽同，实际是按原协议操作的，原协议有效吗？