合同约定的就必须照合同执行么

与开发商签订的商铺购买合同，当时未认真看，把合同留在开发商处说是办理产权证明要用。现在发生问题，把合同拿回来，看到上面写的：如果开发商90日未办理产权证明，双方协商按第二条解决（第一条是退房，第二条是赔偿房款0.5%的违约金）。双方发生争执按第一条办理（第一条是提交某仲裁机构仲裁，第二条是提起诉讼）。
  我想咨询下，开发商告诉我，整栋楼的产权已经办理，只是没有分割给个人，这是否算办理过产权证明。我是否还能告他要求退房，有无依据。如果能告是否只能仲裁不能诉讼。 
   从买房交房款到现在已经过了4年多了。