我叫尹建锦，高台县罗城水管所职工，家住高台县城关镇东苑A区13#楼二单元601

我叫尹建锦，高台县罗城水管所职工，家住高台县城关镇东苑A区13#楼二单元601。
本人2011-2012年与水务局钻井队签订单井承包合同，钻井8眼，应结算合同价款187611元，预付款147070.7元，未结算40540.3元。
2013年2月初，本人于水务局钻井队结算，该队分管副队长赵多鹏和会计殷建宏将工程结算表审核通过，因为当时钻井队机井工程都是先开工，然后预支工程款，最后到年底一并结算。当时主管队长于廷龙说由于春节前夕外单位的结算事情较多，我们内部人员的结算先暂缓，等过完春节后再结算。
在2013年3月初，由于水务局内部人员轮岗调整，我从原单位水务局钻井队调入罗城水管所工作。因县局3月3日下发文件，要求所有人员在3月5日到新单位报到，当时事情突然没来得及结算。在原队长于廷龙和会计殷建宏离任前也未及时赶到钻井队结算。
新任队长赵开东接任工作后，本人多次去结算，结果以会计更换、没有合同、钻井队帐上没有工程款等为由多次拒绝结算。致使本人无法支付农民工工资，出现了农民工到县水务局上访事件，事件发生后，水务局及时出面协调督促，由本人先将县局上访农民工的工资暂且垫付，事后再详细结算。
但农民工工资垫付之后结算仍然无果，本人于2016年11月15日向县水务局写信反映希望能尽快解决。2017年3月，县水务局派调查组对此事经行了调查，并与2017年5月31日县水务局党组会议研究决定，向水务局钻井队发督办函限其于2017年12月31前付清此款。然而钻井队又以开具增值税发票后给与结算，国税局以水务局钻井队就是一般纳税人和涉嫌双重纳税为由拒绝开具发票。本人开具发票需支付税款八千多元，与水务局钻井队协商由其支付税款后开具发票，对方不答应出税款，双方未达成协议。
经县水务局同意，本人于2018年1月16日向高台县人民法院起诉，要求依法追回。2018年3月16日高台县人民法院开庭审理，法院以此案件原被告属于管理与被管理关系，隶属于劳动纠纷，驳回起诉。
请问能否申请劳动仲裁？