您好！我今年研三，之前和一家公司签了“研究生就业协议书”(三方协议)

这是要按照双方 的协议来履行的

是三方协议的约定还是和公司单独的协议约定

　具体看你们合同约定，你可以参照下列规定，具体违约金应当考虑公司是否有损失。
职工与用人单位签署协议后，自己考取博士而终止合同的行为是否违约，需要看双方直接的合同内容是否有明确的规定，如果合同中有明确的规定，可以按照合同的规定确定是否违约，如果合同中没有明确的约定，一般情况视为职工违约。
　　违约金的数额是基于合同当事人的约定，没有确切的标准。民商事实践中，一般约定为合同标的的20%，诉讼的时候如果认为与损失相比过高或过低是可以请求法院调整的。
　 根据《合同法》第114条第2款的规定，调整违约金数额的条件和程序是：
　　 1．必须是违约金过分高于或低于违约造成的损失
　　 赔偿性违约金的主要功能在于填补损失，虽然不要求其数额与违约所造成的损失数额完全一致，但两者也不应相差太大，否则，将导致其填补功能减损甚至丧失。另外，违约金数额与损失额大体一致，也是商品等价交换原则在法律责任上的体现，是合同正义的内容之一。
　　 2.必须当事人提出请求
　　 也就是说，只有当事人提出请求，法院或者仲裁机构才能对违约金数额进行调整，如果当事人不请求调整，表明在违约事实发生以后，其仍然愿意接受合同约定的违约金条款的约束，当事人之间关于违约金条款的约定并不涉及国家利益、社会利益或他人利益，国家不应主动十预，因而法院或者仲裁机构不得依职权调整违约金数额。
　　 3.违约金数额高低的比较标准及调整标准均是违约造成的损失
　　 既然赔偿性违约金是对违约造成损失的预定，此处所指的损失范围，应与《合同法》第113条所规定的损害赔偿额相同，既包括实际损失（也称为积极损失），又包括可得利益损失。由此，损失范围的确定要遵循完全赔偿原则，同时也要受可预见性规则、过失相抵规则、减损规则及损益相抵等规则的限制。
最高人民法院颁布的《关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第16条规定：“当事人以约定违约金过高为由请求减少的，应当以违约金超过造成的损失30%为标准适当减少；当事人以约定的违约金低于造成的损失为由请求增加的，应当以违约造成的损失确定违约金数额。”根据该司法解释，违约金数额超过损失的30%即可认定为“过分高于”，而对于适当减少的幅度，其仅规定了一个下限，即最低只能调至损失的130%  .