员工超过医疗期请病假公司可以拒绝吗

这是可以按照医保局的规定来处理的

应该支付六个月再加三个月在的工资的医疗补助金
《劳动法》第26条规定，劳动者患病或者非因工负伤，医疗期满后，不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以解除劳动合同，但是应当提前30日以书面形式通知劳动者本人;第28条规定，用人单位应当依照国家有关规定给予经济补偿。
经济补偿的具体数额，按照《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》第6条的规定，用人单位应按其在本单位的工作年限，每满一年发给相当于一个月工资的经济补偿金，同时还应发给不低于六个月工资的医疗补助费。患重病和绝症的还应增加医疗补助费，患重病的增加部分不低于医疗补助费的百分之五十，患绝症的增加部分不低于医疗补助费的百分之百。

不能实现合同目的，可以解除，法律规定，医疗期满后，不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作的，用人单位可以解除劳动合同，但是应当提前30日以书面形式通知劳动者本人;用人单位应当依照国家有关规定给予经济补偿。

可以的。