施工单位与材料供应商合同纠纷问题

律师您好。有一个关于市政工程施工过程中，施工单位与材料供应商之间合同付款纠纷的问题，想和您咨询，望解惑。
1、事件过程，A施工单位与B供应商签订混凝土盖板合同，合同价格40万，约定以供货后实际对账结算为准。我单位实际采购40万。
2、施工过程中，员工用个人工资为工地购买混凝土材料，价值10万元，因A公司不允许个人同供应商签合同，且员工购买时无开发票，通过员工与B公司协商，最终A公司将这10万元挂靠在了B供应商账上。A公司与B供应商重新签订50万元合同，按照50万的金额重新开具对账单等，希望A给B打50万后，由B给员工10万元，B公司为此开具了50万的发票。后因A公司希望实事求是直接将10万打给员工，将B公司多开的10万发票退回。
3、目前情况。B公司多开的10万发票为作废，以50万发票、50万的新合同、50万的对账单等向法院申请A公司必须支付50万，且1审胜诉。B公司以发票多开了10万，税务局无法解释为由，要求A公司必须支付50万。
4、咨询问题：A公司可否以B公司虚开发票为由反诉对方？