实习期劳动纠纷

我是毕业生，在校时与军工厂单位签订三方协议（违反金是500） 我是毕业生，在校时与军工厂单位签订三方协议（违反金是500）。现已入职实习两月，单位招聘时称工资3000，周末双休，节假日正常休息（六月起通知周末单休）入职时说没拿到毕业证前工资2000，还要扣发1000，现两月共拿到工资1777.8（第一月解释说不满一个月）第一个月为777.8第二个月为1000，期间五月加班2天，六月休息两天病假2天，端午没有休息。现在已拿到毕业证和报到证，报到证已被单位收了。现在我要离职，单位并不发放之前两月扣留的另一半工资，并要求支付违约金共800（三方违约金、体检费、保险费）体检为入职时单位统一体检。现我以支付800元违约金，且也有收据。 我能够拿回扣留的工资和加班费和违约金嘛？