制度和管理人员权利 ，听谁的？

想请问一个法律问题：本地人，去年五月底加入一食品集团公司，该公司有和新进职员签定劳动合同保证及担保书，合同由公司保管，为期一年，还交了服装押金费用300元，合同有说服装费用工作满一年者才可给予退，不满一年的由员工自己承担，前段时间自己由于身体原因且工作时间以有一年，6月24号向公司上交书面辞职，虽有离职须知，本职位需提前一个月提出离职申请，但在之前就有员工申请辞职后就得离开的（时间不到一个月，有三天的，第二天走的也有）。公司给的答复是需要找人接替我的职位，需要等，因为身体原因在申请辞职之前就请过病假，在等待期间支持不住向公司再请病假，却不给予批准，还以我没有职业道德，说还没有公司批准就以这种方式想离开谴责了我 ，无奈之下继续上班，并向直接管理本职的经理请求尽快找人。十几天后公司找来新手让我带领学会本职工作，经理说带会了就可以离开，本月13号后我就没有在到工作的店上班，（店里每天都有记考勤，当时并没有直接通知管理人员）本想在这个月23号满了一个月的时候电话告知并去办理手续退回服装押金（23号星期四，离职时间为每星期三 五，虽然有管理人员说过接班人员能上任就可以走，但刚好是申请离职为期一个月好办理手续）却在22号被告知公司以无故旷工三天以上且未到公司办理手续为由，作为我自动离职处理，不给予结算13天工资等一切费用，解除劳动关系。后联系经理管理人，回复说：没有职业道德不通知上级，不按公司制度办理，所以以〈不能按照要求时间提前提出离职申请的按相关条例处理〉理由挂了我电话。
  想请问，就因为当时没有直接告知上级，可店面有考勤的啊！真的可以这样么？工资和押金就不能退了？公司制度？经理管理人？在生病的特殊情况下或者正常时候，谁管用？别说是之前的15天提前离职老制度下可以辞职了就走，就是现在提前30天的都辞职两三天就可以走，也是人说了算，制度什么时候在这里用上了，合适的时候就出现了，是不是制度都是这样用的？有没有什么办法能让我在正当的情况下，找回我该有的一切，请帮忙 ，谢谢 。7月22日   （明天就是周五了，原本要到公司的，可今天得知了消息后，明天去肯定要碰壁的 ）