公司这样做是否违反相关法律法规

律师您好，我在某公司工作了两个月，自3月6日起与公司签订劳动合同。内容如下：（某些隐私条款没写，如姓名电话地址等）
1：本合同经双方协商一致，采取下列第一项形式：
（一） 固定期限：自2023年3月6日起至2016年3月5日止。其中，试用期自2013年3月6日至2013年9月5日

2：乙方的工作区域或地点为：****

3：乙方同意根据甲方工作需要，承担***作业员岗位工作，所有员工经过培训方可上岗，甲方因生产经营可调动安排职工到本公司其他岗位。

4：甲方安排乙方执行标准工时制度。
执行标准工时制度的。乙方每天工作时间标准为8小时，每周工作时间为40小时，根据公司生产实际情况，安排加班的另行支付加班工资（责任制岗位除外）。
甲方安排乙方从事的岗位实际综合计算工时工作制度或者不定时工作制度的，应当事先经劳动行政部门审批。

5：甲方每月20日前以法定货币足额支付乙方工资。甲乙双方约定，甲方按下列第二项方式支付乙方工资：
（二）乙方执行计时，起支付项目为1.基础工资、2.加班工资、3.综合补贴。乙方的工资随甲方的经济效益上下浮动。具体的办法为按甲方生产效益的实际情况上下浮动。
乙方在试用期的月工资为从其约定。
甲方应向乙方提供乙方本人当月发放工资的清单。

6：乙方在婚假、丧假、病假期间的工资支付标准为公司制定的薪资管理办法和劳动纪律规定执行。

7：因甲方的原因停产或使乙方待工的，在一个工资支付周期内的，甲方应按上一个工资支付周期的基本工资标准支付乙方工资。超过一个工资支付周期的，甲方支付乙方的月生活费为当地最低生活保障标准。

8：甲方支付乙方的加班工资的计算基数按直辖市最低工资标准计算。（1.5倍 周六周日2倍）

前一个月因工作时间太长，（几乎每天12个小时）所以我在3月28日申请了辞工，到5月8日批准了。
三月份的工资基本还是正常的。到5月24日领4月的工资的时候发现实际工资少了很多，于是向他们要了工资条，对比之下，我的加班工资只有几元钱。想想我4月可是加了50多小时的班啊，为什么工资条上怎么只有半小时的加班。于是跑去问管理部。他们说4月起工资算发改变了，实际出勤天数少于23天的按差额扣除周末加班小时+平时加班小时。我当时就火了，问他你这什么算法，平时上班才6元每小时，加班是8元，周末是12元，你这平时不够的用6元去抵消8元和12元的，还真是超合理哈(┬＿┬)
他回答说没办法，这是公司规定的。
另外说明一下：
1：我4月没有请假。（工资条上有全勤为证）
2：4月没有什么货，所以经常下早班和放假。（折合放假天数为8天多一点）
3：厂服我只领了冬季的两套，他却扣了我冬夏两季共四套的钱。
4：我问过厂里一个部门的同事，他们也是这样。和我一个组的，每天一起上下班，但加班小时为什么都不一样。
请问公司这样做是否违反相关法律法规，我该怎么做。