离职协议书包含公积金，要求补缴公积金时是否要退补偿金

不合理的

需要结合离职合同协议书约定义务情况及违约责任确定

了解到您目前的情况，公司因您投诉公积金而威胁起诉要求退还补偿金，这确实会让人感到不安和困惑。不过，请您先放宽心，根据相关的法律实践，公司的这种主张很难得到法律的支持。
下面我将为您梳理其中的关键点、法律依据以及您的应对策略。
核心原则：法定义务不因协议而免除
这件事的核心在于，为员工缴纳住房公积金是法律赋予用人单位的强制性法定义务，这种义务不能通过员工“自愿放弃”或双方协议而免除。
1.​协议条款可能无效​：您离职协议中关于“补偿金已包含全部费用，包括应缴未缴的住房公积金”的条款，由于违反了《住房公积金管理条例》的强制性规定，该条款涉及住房公积金的部分很大概率会被认定为无效​ 。法院在相关案例中明确指出，此类约定违反了法规的强制性规定 。
2.​补缴与补偿是两回事​：用人单位依法为员工将住房公积金缴存至专门的公积金账户，与将一笔钱作为“补偿”直接支付给员工，是性质完全不同的两件事。即使公司声称已经在补偿金中支付了住房公积金的“对价”，这种做法也不符合住房公积金管理的法定形式，不能视为其履行了法定的缴存义务 。公积金的管理实行银行专户存储的原则 。
因此，您向公积金中心投诉要求公司补缴，是在维护自己的法定权益。公司以你们有协议为由拒绝补缴，是缺乏法律依据的。

结合离职合同协议书约定义务情况及违约责任确定

可以协商解决， 达成协议的

首先看离职协议签订时，公司是否存在欺诈、胁迫等情形致协议非你真实意思表示。若不存在，协议有效，投诉公积金或有违约风险。但公积金属行政强制缴纳范畴，公司起诉退补偿金不一定能获支持

可以直接诉讼来要求退回的

这是可以提出的

首先要看离职协议的条款是否明确“全额补偿”包含范围及法定赔偿；若公司以同一笔钱覆盖工资、社保、公积金等，需核对是否已依法足额结清并留存凭证；如果公司对公积金等材料性费用仍有欠缴，劳动仲裁或法院通常认定未足额清偿，您可主张按法定程序追讨；建议收集工资单、社保公积金缴纳记录、离职协议原件及对方承诺，向当地劳动仲裁委员会申请仲裁，若不服可提起诉讼，期限以当地规定为准；必要时就具体条款寻求专业人员面谈评估。