关于房屋产权的行政诉讼纠纷

86年，我家在城郊申请一块地皮做自建房，因为当时只有本村的人才有资格能批下来，就登记的妈妈的名字，做房子的钱也是经营一家商店的积蓄（商店的名字也是妈妈的，但是爷爷奶奶在经营）86年房子建好。91年妈妈办理了房屋登记证和土地使用证。后来这房子一楼就住着爷爷奶奶，二楼住着大伯，三楼住着爸爸妈妈。随后村里对房子做了登记，爷爷奶奶叫全家人签了份协议。协议的内容是：1楼爷爷奶奶的，2楼大伯的，三楼爸爸妈妈的。（爸爸妈妈没签字，爷爷奶奶大伯签了），爷爷奶奶就把这个协议拿到村里备案了。而且叫村里盖了公章。后来爸爸妈妈扯皮，离婚了。大伯于今年（2010.8月）向地区人民法院提起了行政诉讼，状告房产局的房产证登记不实，要求按照协议上的登记！
我想问下：
1.村里的证明能大于房产局的房产证吗？
2.诉讼时效合理吗？这个该从什么时候来算诉讼时效呢？
3.大伯的诉讼能成立吗？