拆迁补偿

大家好，我的情况是这样的：
我家在湖南衡阳，2006年的时候，政府改造旧城区，修路，我家在拆迁的范围之内。当时拆迁补偿原则比较明确，大家也基本认可，就是住宅按1赔1补偿，商铺按1赔3补偿。我家是个四层小楼，一层是商铺，大约200平米，2~4层是住宅，大约600平米。我们家对这个拆迁补偿没有异议，但是签协议那会儿，我家商铺的房产证怎么都找不到了。政府说那只能按住宅赔偿，赔偿面积通过实际测量获得。这个说法当然很难让我们认同。我们家就这么和政府僵持了一段时间。拆迁工作进行的很快，没多久，眼看就剩下我们家这一栋楼了。当时迫于形势，我家明知吃亏了，但是拿不出房产证，也想不到更好的解决办法，不得已和政府签订了拆迁补偿协议。
事有凑巧，两年后，也就是2008年，我们找到了这个久违的房产证。以为有了十足的把握，就重新找政府谈拆迁补偿的事。政府呢，肯定知道是少陪了我们家房子，但是有当初签订的拆迁协议给他们撑腰，对于我们提出的补偿赔偿，他们不接受。我们找不到更好的途径，只能和政府软磨硬泡。转眼间5年过去了，政府做出了一些让步：同意额外补偿我们100平米。开始说要花钱买，我姑姑从网上找了一些案例，他们看了之后又说不用了，这100平米直接补偿给我们。但是政府有个要求，要我们签个协议，大致的意思是这件事到此为止，不要再以任何的形式跟政府讨价还价。
事情就这么平息下来了，家里人经过这几年，似乎也有些疲态，有些默认这个处理结果的意思。再有就是只有我们一户没有搬进安置房了。
现在回过头来想想这件事，我有两处疑问。一是房产证不应该是单向的吧？即使当时我们拿不出，是不是在某个部门应该有备案，应该是有据可查的吧？二是我们已经签订的拆迁补偿协议，这个协议有作废的可能吗？我们应该在哪里寻求突破口呢？
我们家为了工程的顺利进行做出了牺牲，都是平头百姓，拆迁的事，一辈子也就赶上这一次，而且我们争取的，是本应属于我们，并不是我们额外要的。说简单点，就是于情于理，想要个舒心的说法。孩子们一天天长大，都是我们长辈在决定这些事，我们不想日后遭到埋怨。