劳动纠纷，违约金

律师，您好，我是2012年6毕业，在毕业之前（2012年3月份）与北京一家船舶管理公司签订了劳动合同，在劳动合同中约定合同生效期是我在船上工作12月后，再次上船的日期。在12年7月份 我上船之前，公司又和我签订了一个培训实习协议，上面约定在我完成这12个月时间后，我需要继续为公司服务60个月（在船上工作时间），否则，我违约需赔付公司6000美金的违约金。在13年8月，我完成了12个月的工作后，下船后发现公司在这一年中未给自己缴纳社保，而且还另扣了我500美元作为下次上船交社保的备用金。这令我很难以接受。因此向公司提出了离职申请。但是公司要6000美元的违约金，并且扣着我的证件。请问这种情况是否合理？在船上我的身份是实习生，但实际工作上，自己是作为一个正常职员，担当一个岗位，负责一定的工作。公司不给我交社保是否合理？劳动合同的生效日期是以约定日期还是实际发生用工关系为准？
   此外，在签订的培训协议中，公司引入 了一个第三方的公司，说因为违约使公司须向第三方公司支付费用，但事实上第三方公司与我并无任何关系，我参加的12个月工作与第三方公司也无关。