请问以下问题算不算克扣和拖欠工资？

律师您好：上周公司找我谈话后未实际解决问题，请问以下问题算不算克扣和拖欠工资？现在能不能申请劳动争议仲裁：
一、1996年7月，公司法人指派我利用社会关系避免法人到法院出庭，并让我借30000元现金做活动经费。在其后的多次开庭中，达到了被法人不出庭的目有的。之后又指派我协助处理养路费稽征站对公司800多万元养路费及罚款的问题。为此，先后开支现金15000元。但后来移交相关票据时，法人以送礼前没通过他亲自批准为由，电话通知财务科从我工资中扣5000元作为赔偿。
二、1998年11月任公司下属建筑队副队长期间，执行队长的指令给木材供应商虚签木材5700多元，以平熄因建筑队员工赌博引发的纠纷（说是冬季停工后处罚赌博的人把这笔钱罚回来。）公司监察科长口头通知停职检查，停职检查期间扣发全部工资（1999年1月至1999年7月）。公司调查的目的是要证明我用此款为自己办事，事实上后来证实是平熄员工赌博引发的纠纷。
三、1997年在任建筑队任副队长期间，公司枉顾事实，于1999年6月2日对我下达“停工追款通知”。追回了非本人借出的外借款，但未支付停工追款期间的工资，也不报销车旅费。
四、在公司的一个项目部工作期间，付运费及代付招待费等共用自己的工资垫付19860多元现金，因住本市区里，项目部以拖的时间太长为由不给报销，多次上访后，才于2012年3月付了20000万元，未按我的要求支付利息和赔偿金。
五、在公司另一个项目部工作期间，新任经理拒不承认前任经理批准的报销审批单，以住宿费超标为由，将拖欠我几个月工资全部冲销备用金15000元，既不报销其他发票，也不把发票退还给我。
六、在公司协助律师期间，5个应诉案接连输了4个，最后一个应诉案开庭前，我就找当时的经理说：请的律师对工地和工程情况太不了解，这次就不请律师了，不如由我去辩护，如果赢了，把那6000元辩护费给我，如果输了，还给公司省了几千元钱…。经理最终同意了我的建议，公司收到胜诉的判决书时，经理已被调换工作岗位，辩护费至今未支付。
七、公司财务打电话要求我到项目部住地领拖欠的工资，我要求存入银行卡或指定同事代领，财务回答领导不同意代存或代领，必须由本人亲自到工地领取。由此产生近4000元的车旅费。
八、自2008年1月至2011年8月，在公司下属项目部任安质部长期间，由于公司不按建设部建质[2008]91号文件配备专职安全员，导致长期超过劳动合同约定的8小时工作时间，平均每个工作日至少不低于12小时，未得到延长工作时间的工资。且，由于安全生产总监均是管生产的副经理兼任，安全生产总监的全部工作均由我承担，未能同工同酬。
上述问题完全是因为本人任公司行政管理科科长时不与被公司个别高层管理人员同流合污引起，长期受污陷和迫害。每一个问题都有确定的因果关系（有些是公司违法犯罪行为引起）。自1999年7月19日的申诉信至今的近15年时间里，无数次以口头要求、写上访信、到相关部门上访等形式向公司反映情况，请求及时处理。公司负责人口头和书面均有指示相关部门落实。但由于众所周知的原因，被公司未能解决问题。