股权转让纠纷

甲、乙与2008年3月共同出资成立公司，注册资金100万，约定各占50%股份，由甲方担任公司法人代表、董事长兼总经理，公司于2008年8月正式运营。由于经营不善，连续亏损，而且至2008年8月甲方投入公司的金额为300余万元（其中100万元为第三方在其名义下的隐性投资款），乙方为余700万元，经双方决定由乙方收购甲方，并于2008年9月2日签订协议。
协议规定如下内容“1.甲方和第三方同意将第三方投入甲方名义下的资金转接乙方，乙方按照2分利息收购甲方股份，具体金额9月底清算为准。2.乙方须在9月6日前支付甲方100万元整，并与9月底支付甲方50万元整，余款等过户后再付清。3.如有一方违约，违约方将支付违约金50万元，并赔偿公司损失每日0.5万元整。”乙方按照协议约定时间支付了100元，双方约定由甲方从某公司收回货款100万元中的50万元作为月底支付其的金额，但是甲方却迟迟未去收回货款，直至10月10日才去收回，乙方于10月13日开出50万元现金支票遭到甲方拒收，并提出乙方违约，并于10月5日将公司财务章等证件申明作废，并将公司账目查封，将公司账户冻结。乙方于10月12日提起上诉，申请协议无效。甲方也于11月初提起反诉，要求乙方偿还金额200万元及利息（由2008年3月公司成立起计算至实际归还之日），并赔偿违约金50万元。一审最终认为协议为双方真实意愿的表达，应为有效协议；乙方不能证明甲方的300万元投资款中是否包含了第三方的100万元，于是认定乙方应支付乙方股权转让款200万元，并从2008年3月起至实际支付日，支付其利息；赔偿违约金50万元。
乙方不服，提起上诉，要求对甲方资产进行审计，以明确第三方投入100万元是否包含在甲方总投资300万元当中；对于违约金不认可，由于甲方故意延迟收款时间以致约定的50万元未能如期支付，而且甲方不当没有办理相关的过户手续，而且将一切证件带走、将印章作废，查封公司账目，亦存在违约行为，至今公司仍无法经营。
二审认为一审法院认定事实不清，证据不足，驳回重申。
重申后，一审判定利息清算时间为2008年9月（协议签订之日）至实际归还之日按月2分计算，本金为200万元，支付违约金50万元。
乙方不服，继续上诉。

请问：对于甲方一直不肯办理过户手续，交接相关证件以致乙方无法经营而遭受巨大的损失，乙方该如何维权？
案子涉及的计息本金、计息时间、违约金应该如何界定？