11年C1证驾驶助力摩托车，违反1110,1613交规！现需要换证，违章怎么处理！

10年购买的排量小于45CC的助力摩托车，由于本人住昆山千灯，经常往返上海和昆山；11年3月份驾驶助力摩托车，途经青浦区赵屯检查站时被查（由于以前有被联防队和警察查过3.4次，故相当配合交警稽查），告知上海正在文明电瓶车和助力摩托车驾驶规范，暂时扣车！有问题去青浦交警大队处理，后一周之内去青浦交警大队处理，要求提供摩托车驾驶证，行驶证和车辆购买发票，以及摩托车牌照、保险！我只有发票和助力摩托车牌照，交警说提供齐发票，牌照，缴纳无证驾驶罚款500块，无牌照500元和停车费即可取车，后来我跑到违章停车场拓助力摩托车钢印时，发现摩托车没有保护好，有破损，加之摩托车买的时候才2000多，现在处理违章也要1000多，故当场决定放弃不处理，车也不要了；
     摩托车被扣之后，我于11年10月份购买了机动车，平常驾驶车辆进出往返昆山和青浦检查站上班有检查，我都积极配合，自认为是良好的新上海市民；中间也有出过保险，去交警队处理事故或者检查驾照的时候都没有说我的驾照有任何违章或问题；今年4月初我个人的车借给朋友开了一个星期，中间下班回家，我故意在赵屯检查站检查一下我的车辆是否有违章行为，结果交警告诉我，我的机动车没有违章，但驾驶证有个违章，违章的事情就是我开始描述的事情；
    我有几个问题：
     1）、我的C1照是09年3月份发证的，到明年3月份，6年需要换证了，虽然知道驾驶证号码跟身份证号码是通用的，但是有疑问的就是当初我扣车的时候，我并没有提供C1驾照，并明确告知他们我没有摩托车驾驶证，交警当初在登记我违章的时候并没有告诉我登记在C1照，我后续去过一次处理摩托车的时候，交警也没有明确告知登记为C1准驾车型不符；
     2）、当初购买的时候店里面有告知是属于助力摩托车，平时查的时候我提供助力摩托车的拍照和购买发票交警队也无异议，准予放行！既然后来改口说助力摩托车也是摩托车，加汽油的，那为什么国家相关部门或者说交警队不去控制源头，不发放出厂资格，不给与销售！我们只是很普通的小市民，为了生活和方便工作，花钱购买了简易的交通工具，没有给国家造成任何损失，相反的还有过错？扣车，说准驾不符！
     3）、就算以上所有的问题都成立，违反了1110和1613项交规，处理是按2014年的新交规处理还是按2011年当时的时间节点处理！前两天我电话咨询交警队给我的答复是总共扣7分，什么时候违章按什么时候的时间节点处理；缴纳违章罚款即可，但实际去青浦交警大队处理时，交警告知要按新交规处理；要扣16分，罚款700元；
       目前我暂时没有处理，因为都不知道法律的唯一性在哪里，也因为每天上下班均需用车，亚信峰会召开期间每天进出上海都需要查“两证”。还请110律师中心给我一个指示；告知我明确的处理方式！