上班半年没有签订劳动合同及购买社保

我于今年4月22日到一家公司上班，今年10月19日辞职。期间公司一直没有签订劳动合同及购买社保。我于7月开始被安排去杭州总公司参加培训（我们四川是代理公司）。当时老总告诉我这个培训是几万元的，就说要扣除我5000元培训费，等上满2年后退还于我，并和我签订了协议。但是这个协议他一直以新注册了个公司，公章还没有办下来为由，没有给我。后来我才知道这个培训费用他只支付了5000，也就是叫我自己承担。从7月开始，公司就每个月在我的工资内扣除1000元，知道我10月19日辞职的时候，已经扣除了3000元。11月我要求支付我工资的时候，公司以扣除培训费为由拒绝制度。我要回我和老总签订的培训协议，他就说弄丢了，找不到了，并且拒绝补签。财务也拒绝给我工资条。
   我每天上班时间为9.5小时，节假日经常加班，每周休假1天。早已超过了国家法定上班时间。公司出来没有发过加班工资。
   我于10月13日领取结婚证，按公司规章制度提前1周写申请书，老总也不批准。
   我现在手上的证据有辞职申请书，婚嫁申请书，工资联络单。上面都有老总和经理的签字（原件）。
   按照规定我于这个月到劳动仲裁委员会提出劳动仲裁申请，当时需要去工商部门查该公司的档案，结果我根据他平时和客户签订合同上面的公章查询，没有登记。我又按照他现在和其他员工签订的劳动合同上面的公司名字查询，还是没有。
   这种情况的话，我应该怎么去维护我的合法权益？