按正常程序提出离职，如何处理违约金问题

大家好，我有个问题想让大家帮我解答，在此先谢谢各位！！！
   事情是这样的，我是一名护士，在医院上了一年的班。由于对消毒液过敏，手指缝会像冬天长冻疮一样，痒并且痛，同时顶不住工作压力大的原因，便于2014年5月底向院方提出辞职申请，院方于6月底同意辞职申请，并正式告知于7月1日开始不用再上班，并且科室护长也根据院方通知未再给予安排工作。接到于7月2号去办理相关离职手续，但是院方却要求赔偿人民币1万元违约金。当时倍感无奈和无法理解。根据院方陈述：违反合同中一的条规定（当护士取得护士职业资格证后，必须为医院服务满3年，否则需交1万元违约金）。同时院方工作人员还以出具工作证明威胁称：如果不交违约金，以后你想到别的医院从事护士一行，护士从业资格证其他医院如果没有工作证明，是办不了从业资格证的。
   首先我在此声明以下几点：1)我的护士职业资格证，是我从学校毕业的时候就考取的，并非靠医院出资和培训而考取的；2）医院并没有对我们护士出资做过培训，也没有出资让我去哪家医院和学校深造过；3）我根据合同规定，已经提前一个月向院方提出书面辞职申请，并且医院也给予同意；4）唯一一点就是合同中，有一条不成文的规定：当护士取得护士职业资格证后，必须为医院服务满3年，如果在未满3年内提出辞职申请，则需交1万元违约金。
   本人对此非常困惑，为什么我有护士证就必须为医院服务三年？而且三年内提出辞职申请就需交违约金万元，请问这算是违约吗？况且，提前1个月提出了申请，医院也已同意，在这种情况下还算是违约吗？
   由于未给予办理离职手续，至今已经1个月了，未能拿到6月份的工资，请问我应如何正确维护自己的合法利益？