劳动关系

2014年8月父亲说耳朵在公司被东西震后不舒服已经有几个月了，且有幻听，带他去医院，检查后双耳听力下降，9月幻听严重，且精神状况出现问题，去医院检查为精神障碍，9月18日前还一直在上班，9月18日后不愿去上班，且脾气变差。9月20日去公司半天又回来，问他有没有请假，他也不愿意说。9月21日家属打电话给车间主任，说明情况，病因，让车间主任问一下这种情况请长病假怎么处理？3天后再打给车间主任：他说公司人事就说先看病。他也没说开病假条的事情，因为这个厂子是开在小村子里面，家属也没有意识到各种请假手续。2周后再打电话给车间主任，得知需要开病假单，于是10月12日开了1个月的病假，因为那段时间较忙，于是10月18日给车间主任发了个短信，告诉他这个月的病假开好了，过段时间把假条送过去。于是在10月底讲病假条送到公司。公司人事说在9月25日已经发了返岗通知书，没有退件就表示已经收到。已经超过9月30日的返岗期限，所以已经自动解除劳动关系，且已经到社保局停缴保险了。并且将当时我们有给车间主任请假的事情全部抹掉了，说车间主任什么都不知道。快递的话我问父亲收到没，他说没，但是他的话不知道是真是假。我们还没有办理正式离职手续，没有退工单和劳动手册。像这种情况单位的做法合理吗？能自动解除劳动关系吗？目前需要去和公司协商。另外，由于我们对于劳动法知识的欠缺，像父亲8月份双耳听力下降，能作为工伤吗？现在还能跟公司申请吗？