工伤赔偿不对怎么办？

我是一名来自外地的民工，2003年12月进入一家私营企业工作，于2004年10月在公司加班时间受伤，（有工伤认定书）诊断为：左胫腓骨下段开放性粉碎骨折。入院后急诊行胫腓骨复位、胫骨单臂外固定支架、腓骨重建钢板内固定术。住院92天，和公司协议出院辽养。2005年12月入院拆胫骨单臂外固定支架，住院14天。2007年12月入院拆腓骨重建钢板内固定术，住院41天。而公司在2005年12月就要求我做了劳动能力鉴定，2006年1月出的鉴定结果，当时鉴定为9级。2006年4月公司以申诉人名誉把我告到小河区劳动争议仲裁委员会，要求解除我们的劳动关系，通过小河区劳动局的调解，公司支付我一次性伤残补助金、工伤津贴、住院生活费、一次性伤残医疗补助金和就业补助金等费用35849。4元，扣除前期支付了19070。4元：前期支付为住院期间的住院伙食补助费，护理费，第一次住院出院时协议出院的补助（包括护理费900元/月、生活补助费600元/月、住院补助费500元/月、发了4个月一共8000元。）最后赔16779元。从受伤入院到最后治疗完这段时间我没有工资的。劳动关系结束，现在公司已卖。
    现在我发现，受伤的左脚的经常会很痛，当时拆内固定时，我问医生手术多久可以结束，他说半个小时，结果手术做了四个小时，拆出来的钢板为粉碎的。这个问题在当时住院病历中的手术记录有都没有记录，手术出来医生还把粉碎的钢板给了我。
    我现在的问题是：1、治疗没有完全结束时做劳动能力鉴定是否符合法律程序？公司的做法是否有违法行为？2、2007年的工伤赔偿应该是什么标准？3、我现在脚痛的原因会不会和最后那次拆出来的粉碎钢板有关，是不是属于医疗事故？
     当时的我感觉好无助，公司说什么都可以，家里太穷，没有想到找律师，而且公司的后台真的可以，和劳动局的关系很不错，医院也是很熟，去做个劳动能力鉴定，刚刚受伤半年不到就到法院去作鉴定，可那个鉴定结果没用，后来去鉴定，记得是在四医做的鉴定，那个鉴定的工作人员，就看了一眼病历就跟我说好了，鉴定结束。这一生有很多不幸，后来去了苏州工作，工作期间有个好朋友也因工受伤，右手环指骨折，去鉴定时医生左看右看，左问右问，最后鉴定为十级，遇到一好心律师帮他，公司赔款6万多。想起这个九级赔一万多，我才知道当时的赔偿算法是不是不对，是劳动局的人算出来的，心痛，我的一支脚就这样痛下去吗？
    事情过去多年， 不知道我现在还能挽回什么，希望律师能帮帮我，让我能明白一些，谢谢，真的谢谢。。