无法出具交通事故调解协议书.保险公司拒赔怎么办？

2008年10月发生的交通事故.已工伤认定.由于治疗时间长.2010年的9月才做的取钢板手术.康复后就紧接着做伤残鉴定.2011年的四月鉴定下来是9级伤残.紧接着我就提交资料等待报销...可是2个月后平安保险公司告知我缺（交通事故调解赔付协议）...当时是2个摩托车相撞.我是搭同事车坐副驾驶座位上.鉴定下来对方无责.主要责任人是我同事.我是次要责任.事故鉴定书下来10日内我们没有调解.所以就不存在这个调解协议书...我现在回交警队已经无法开具这样的协议书.他们告诉我只有去法院起诉.

我想请问法院起诉的话赔付金额是双方协商的还是法院裁定的？

因为时过3年了 现在让我同事来赔我钱他也不同意.因为当时他也受了伤.也花了不少钱.都是自己承担的.公司给他的工伤认定不下来（原因好像是因为无牌无证驾驶.交通法则大拐让直行.我们是大拐.所以对方无责）.

我现在只想开出这样一份协议赶紧把医疗费给报了..3年了.前面的医疗费都是自己出的..