仓库材料被员工私吞，请问如何走法律程序追回？

我公司总部在广州，在清远市开设办事处并设有仓库，2010年至今，清远办事处某员工利用职务之便，从客户端领取大量材料出来，但并没有将材料用到我们承接的项目工地上，而是暗地里偷偷卖掉，后被公司盘点仓库发现材料跟项目所用料不一致，便以辞职方式想借机离开公司，我司人员通过核对所有项目完工清单及仓库余料已经盘点出丢失材料的数量，但该员工还是未承认，反而将责任推给施工队头上，说材料领出来并转交给施工队那边，并伪造出一份施工队领货清单，但上面没有施工队领货签字（因为施工队每次的领料都有施工队人员签字确认），现在仓库已经没有此批物料，施工队因为没有在此份领货单上签字当然也拒绝承认他们领用了，鉴于该员工的种种表现，我司准备采用法律手段解决，请问下该如何走法律程序？是报公安机关还是法律诉讼？另外是在清远还是在广州走这个法律程序？ 谢谢！