长期分居应该怎样办理离婚手续？

我父母是1985年在湖北荆州领证结婚，但是感情一直不和。2005年我母亲离家出走，至今没有和父亲和好，到现在持续分居6年多了。母亲和我一直有联系，现在得知她有了一个老伴，我想要帮我母亲重新办理结婚证，组建一个新的家庭。我知道像这样连续分居了几年了，就算做是没有婚姻关系了的，但是现在我面临的问题如下：
1-我父母当年是在湖北荆州领的结婚证，现在两个人都在湖北宜昌，并且我母亲的户口也迁到了宜昌，我父亲的户口还在老家河南商丘。
2-他们的结婚证在九几年吵架的时候也已经被撕毁了。
3-我不想通过法院仲裁离婚，也不想我父亲接到任何的传票，怕他受不了打击和伤害。因为我父亲比我母亲大13岁，年纪比较大，身体也不好。他一直想要我母亲回家，一直不肯协议离婚。
4-我是他们收养的孩子，我们三个人的户口都是分开的，没有任何可以证明他们的婚姻关系（只是我母亲新迁的户口上，写的已婚），也没用任何文件可以证明我是他们的女儿。
5-这样的情况，需要出具什么样的长期分居的证明呢？
6-如果双方都不到场，可否由我，或者我的亲戚朋友代为办理离婚手续？因为我目前在外地工作，只有过年才能回家，担心到时候民政局不上班。
7-我的目的是，在不伤害我父亲的情况下，甚至可以在我父亲不知情的情况下（我父亲不识字），领到离婚证，从而让我母亲重新办理结婚证。