公司1由ABCD合资，公司2由AEF合资，A要公司1中的B去管理公司2的全部业务，合理吗？

合理的，只要公司章程通过。

可以协议约定

公司1和公司2因为有最终相同的控制人A ,那么公司1和公司2 构成关联方。按你目前的陈述，公司1和公司2应该还不是上市公司，不会违反上市公司高管兼职的要求，因此从法律上来说，法律不禁止这样的行为，也就是说A 要求B去管理公司2的业务，作为一般的公司在法律上允许的。从法律关系上来讲，B拥有公司1是股份，B是公司1的股东，B 不拥有公司2的股份，那么B 在公司2上班，仅仅是在公司2拥有一份工作，这个B拥有公司1的股份，同时在另外一个公司上班，这个不是法律禁止的行为。如果B既是公司1股东，用同时在公司1上班，那么B去公司2上班，那他就是同时拥有两份工作，这个作为一般的公司，可以的，至于中间考虑的其他问题，如对A 控制公司2是不是有利，对公司2 的EF股东是不是公平啊，这个顾虑可以通过股东间的协商或其他方式解决和考虑其他 因素后决定。仅仅从法律上这样的安排不是法律禁止的。