当事人双方签订劳动合同时的约定违反了法律，该合同有效吗？

我2006年10月21号进入该公司从事保安工作，每天上12个小时的班，IC考勤记录是从每天早晨06：30分——18：30分，吃饭时间是不打卡的。
2008年续签第三次劳动合同，签订过程虽然违发（公司先发空白劳动合同给员工签名，公司然后收回合同再写其他内容，其中薪资支付栏写的是“固定薪（已包含所有加班费）），但是我没有证据，现在公司无薪（包括10月份的500元，11月份的全部，12月份22天的工资）解雇我。本来不打算要加班费的，但是跟公司交涉过程中太令我气愤了。我现在的底薪是1300元，公司只在09年6月份开始给我买了养老保险，其他保险完全自费。
我读了劳动法和劳动合同法以及民法通则。其中劳动法和劳动合同法都说了：“反法律、行政法规强制性规定的合同无效”。我的意思是深圳市现在的最低工资标准时900元。按这个标准计算加班费，我每月能有2000多元。但是公司发给我的只有1800多元。所有我认为公司违反了法律该条规定。问题是我在合同上签了名，请问我可以讨要加班费吗？好像民法通则有说“违反法律、行政法规强制性规定的民事行为无效”。深圳市规定的最低工资标准900元算得上是行政法规强制性规定吗（因为我看了百度上面“过路人”的博客：必须是违反了全国人大及其常委会制定的法律和国务院制定的行政法规，才能导致合同无效。共有好几条。不详述了）？我很担心我能要到加班费吗？我07年的底薪是900元，现在是该按900元还是1300元底薪计算加班费？公司拖欠我几年的加班费，我可以索要赔偿吗？依据及赔偿标准是什么？叩谢！