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一、根据《国境卫生检疫法》第 20 、 21 条和《国境卫生检疫法实施细则》第 109 、 110条的规定，各卫生检疫所在处理违反国境卫生检疫法规的案件时，要坚持“以事实为依据，以法律为准绳”、“执法必严，违法必纠”、“教育与处罚相结合”、“迅速及时办案”的原则。
二、承办案件的检疫人员要填写《行政处罚审批表》，提出处罚意见，报所在检疫所审批、由检疫所领导签字后实施处罚，并附违法事实的具体经过和取得证据的情况。根据《行政诉讼法》第 三十一条规定，证据有以下几种：(一)书证；(二)物证；(三)视听资料；(四)证人证言；(五)当事人陈述；(六)鉴定结论；(七)勘验笔录、现场笔录。
三、对违法案件进行处罚时，要填写《行政处罚决定书》，一式四联。第一联发被处罚单位或个人，第二联发被处罚单位主管部门或代理人，第三联报中华人民共和国卫生检疫总所，第四联存档。
四、各卫生检疫所在填写《行政处罚决定书》时，要写清被处罚当事人、交通工具和单位的名称、国籍、地区(指港、澳等地区)，违法行为的地点和时间(注明年、月、日)。
五、“违法事实”一栏中，简明扼要地写明被处罚者违反国境卫生检疫法规的规定、应受处罚的具体行为。
六、“处罚依据”一栏中，应注明依据《国境卫生检疫法》及其《实施细则》和国家有关卫生法规的哪些条款进行处罚。
七、“处罚决定”一栏中，要具体填写被罚者受处罚的种类，被处以罚款时，要写明具体的罚款数额。
八、各卫生检疫所要将《行政处罚决定书》第三联、《行政处罚审批表》及附件的复印或复制件用电传或邮寄快件的方法，及时报总所政策法规处。总所将各所案例刊登《国境卫生检疫信息》通报各所。各卫生检疫所认为有必要时，也可将处罚的情况在上报总所的同时，自行通报该交通工具或当事人将要到达下一个口岸的卫生检疫所。
九、各卫生检疫所要将案例资料存档保管好，并注意被罚交通工具、单位或当事人的动态、情况。在该交通工具或当事人再次抵达本口岸时，要重点地进行查验，对屡次违法的交通工具或当事人，在法律规定的处罚尺度内，给予从重处罚。
十、各卫生检疫所将《行政处罚决定书》送交被处罚者时，要填写《行政处罚决定书送达回证》、《行政处罚决定书》自送达之日起生效。送达的检疫人员应写清送达的具体时间、地点，由当事人或代收人签字查收。如当事人拒绝签字，检疫人员可在“备注”栏中写明拒收事由及日期，由在场的见证人及检疫人员签字盖章，将《行政处罚决定书》留在收件人处，即视为送达。
十一、卫生检疫机关对被处罚者逾期不起诉又不履行罚款决定的，应填写《行政处罚强制执行申请书》，向当地人民法院申请强制执行。在“违反”前面空处填写被处罚者名称，在“违反”后面空处填写被处罚者违反《国境卫生检疫法》及其《实施细则》和国家有关卫生法规应受处罚的具体条款。
十二、《行政处罚审批表》、《行政处罚决定书》、《行政处罚决定书送达回证》、《行政处罚强制执行申请书》的规格为：20cm×30cm(式样见附件)。《行政处罚决定书送达回证》、《行政处罚强制执行申请书》的规格为：20cmx30cm(式样见附件)。
