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部机关各司局：
根据国务院批准的《卫生部职能配置、内设机构和人员编制规定》(国办发(1998)74号)，卫生部设10个职能司(局、厅)和机关党委，部机关行政编制为225名。
经部党组研究决定，部机关行政编制分配如下：部领导5名，办公厅35名，人事司17名，规划财务司19名，卫生法制与监督司21名，基层卫生与妇幼保健司20名，医政司18名，疾病控制司(全国爱国卫生运动委员会办公室)34名，科技教育司20名，国际合作司19名，保健局11名，机关党委6名，共计225名。
办公厅内设综合处(保卫处)、政策研究室、秘书处、文书档案处、新闻宣传处、信访处、财务与资产管理处。
人事司内设办公室、干部处、专业人才管理处、劳动工资处。
规划财务司内设办公室、规划与价格处、财务与资产管理处、基建装备处。
卫生法制与监督司内设综合处、卫生法规处、公共卫生监督管理处、食品化妆品监督管理处。
基层卫生与妇幼保健司内设综合处、农村卫生处、社区卫生处、妇女卫生处、儿童卫生处、健康教育处。
医政司内设综合处、医疗机构管理处、医疗服务监督管理处、血液管理处、护理管理处。
疾病控制司(全国爱国卫生运动委员会办公室)内设综合协调处、传染病控制一处、传染病控制二处、地方病寄生虫病控制处、免疫规划管理处、慢性非传染性疾病控制处、爱国卫生监督检查处、农村改水与环境卫生指导处。
科技教育司内设办公室、科技规划处、科技成果与交流处、学校教育处、在职教育处。
国际合作司内设综合处(卫生部台港澳办公室)、多边处、双边处、援外处。
保健局内设办公室、保健处、医疗处。
机关党委内设党委办公室、直属机关工会、直属机关团委。
另外，离退休干部局和驻部纪检组、监察局的编制和内设处室根据有关规定另行确定。
