发布文号: 署巡法字第0940018765号
一、为维护国家海域管辖权，作为执行法定职权之准据，特订定本规范。
二、本规范适用范围为我国内水、领海、邻接区、专属经济海域、大陆礁层与公海上得行使管辖之事项及限制、禁止水域。
三、海岸巡防机关人员(以下简称海巡人员)执行职权时，应注意下列管辖权之事项：
(一)对于本国船舶应基于船籍国管辖原则，行使管辖权。在本国船舶内犯罪者，以在我国领域内犯罪论。
(二)对于外国船舶之管辖，应特别注意国际惯例或相关国际法之规定。
(三)对于大陆船舶之管辖，依台湾地区与大陆地区人民关系条例及其它有关法令之规定处理。
(四)对于犯罪行为之侦查，应分别依领域管辖原则、国籍原则、被害人国籍原则、保护原则及普遍原则，行使管辖权。
四、各单位受理报案、发现犯罪嫌疑或其它危害情事时，不论其为特殊、重大或普通案件，均应立即反应，逐级报告各有关单位，报告时机如下：
(一)发现或发生之初。
(二)重要变化或重要阶段告一段落时。
(三)结案时。
五、案件由辖区海巡队负责处理。
在领域外之本国船舰上犯罪者，本署指派海巡队前往押返，由船舰本籍地或犯罪后停泊地之海巡队侦办。各海巡队受理非属其管辖案件，应为必要处置，并迅即通报移转辖区海巡队处理。
上级机关对于具体案件，得以命令指定管辖或移转管辖。辖区境界不明或对于辖区之争议，由共同直接上级机关解决之。
六、遇有涉外或重大之案件，应依紧急应变小组及勤务指挥中心重大案件通报作业程序办理。
七、各单位获悉他辖区发生重大海域事故或因侦查案件之需要，应相互主动协调联系，提供必要协助，以发挥整体功能。
八、海岸巡防机关与国防部有关海上任务之协调联系、相互支持事项，依「行政院海岸巡防署与国防部协调联系办法」及「行政院海岸巡防署海洋巡防总局与国防部海军总司令部海上任务综合支持协议书」办理。
依事件之性质区分，海上纠纷、非武装舰船活动及非属国防军事事务者，由海岸巡防机关处理；涉及军舰活动、国防军事事务者，则由国防部处理；双方机关得依他方之请求相互协助。
九、海巡人员执行职务，应依规定穿着制服或出示证明文件，并随时以照相、录音、录像或其它搜证方式，保全相关事证，以为移送主管机关查处之依据。
有关笔录制作要领，应依本署所订定之「办理偷渡、走私、非法捕鱼、毒品等刑事案件侦查询问要领汇编」与「司法警察机关办理刑事案件侦查询问要领汇编」及相关规定办理。
十、海巡人员依法执行职务遇反抗或攻击，必要时，得采下列措施：
(一)舰、艇、船长或带队官应即下达并完成警戒部署，注意维护人员及装备安全。
(二)应与被检船舶保持距离以雷达监控，同时全程录像照相存证，并依规定通报反应。
(三)对于反抗或攻击行为，应以视听音响设备实施警告制止，必要时得使用船上消防泵以强力水柱或对空呜枪示警，制止继续反抗或攻击行为。
(四)采行前款措施仍无法压制时，可适当使用必要武力及申请后援，适法执行。
十一、领海基线向陆一面的水域构成国家内水的一部分。
十二、内水中外国军舰或公务船舶内之犯罪，不论其犯罪行为对于本国有无影响，管辖权属于船籍国。
行为人在本国境内实施犯罪逃至外国军舰或公务船舶者，应向该舰或船长请求引渡，在尚未得到许可前，不得强行登临船舶逮捕罪犯。
十三、领海为自领海基线起至其外侧十二浬间之海域。邻接区为邻接其领海外侧至距离领海基线二十四浬间之海域。
十四、外国船舶驶离内水通过领海，如有损害我国海域之利益及危害海域秩序行为或影响安全之虞者，得进行紧追、登临、检查、驱离；必要时，得予扣留、扣押、逮捕或留置。
十五、外国船舶在不损害我国之和平、良好秩序或安全，应以连续不停迅速行进之方式无害通过我国领海。但必要时得以下列目的为限停船和下锚：
(一)通常航行所附带发生的。
(二)由于不可抗力或遇难所必要的。
(三)为救助遇险或遭难的人员、船舶或航空器所为的。
十六、外国船舶通过领海，有下列非属无害通过情形者，得为必要之处置：
(一)对我国主权或领土完整进行武力威胁或使用武力。
(二)以武器进行操练或演习。
(三)搜集情报，使我国防务或安全有受损害之虞者。
(四)影响我国防务或安全之宣传行为。
(五)起落各种飞行器或接载航行装备。
(六)发射、降落或接载军事装置。
(七)装卸或上下违反我国海关、财政、贸易、检验、移民、卫生或环保法令之商品、货币或人员。
(八)严重之污染行为。
(九)捕捞生物之活动。
(十)进行研究或测量活动。
(十一)干扰我国通讯系统或其它设施或设备之行为。
(十二)与无害通过无直接关系之其它活动。对于非属无害通过之船舶，可采取必要的步骤加以防止。
十七、航行于领海之外国船舶违反我国法令时，得依法取缔并移送主管机关处罚之。但对于无害通过之外国船舶上之犯罪，除下列情形外，不得行使刑事管辖权：
(一)犯罪行为的后果及于我国。
(二)犯罪行为属于扰乱我国安宁或领海的良好秩序之性质。
(三)经船长或船旗国外交代表或领事官员请求我国予以协助。
(四)该措施是取缔违法贩运麻醉药品或精神调理物质所必要的。
依前项行使刑事管辖权时，如经船长请求，在采取任何措施前，应通知船旗国的外交代表或领事官员，并应使该人员和船上的人员接触。遇有紧急情况，发出此项通知可与采取措施同时进行。
十八、外国军用或公务船舶通过我国领海应先行告知外交部。外国军舰或公务船舶，不遵守我国领海法规且不理会我国向其提出遵守法规要求者，得要求其立即驶离领海，并通报国防部查处。外国潜水艇或其它潜水器，于通过我国领海时，应在海面上航行，并展示其船籍旗帜。
十九、对于通过我国领海之外国核动力船舶、载运核物质或其它有害物质之船舶检查时，应查明是否备有国际协议认可之证书及经行政院原子能委员会或行政院环境保护署之许可文件。
发现未经前项主管机关许可或有违反许可内容相关事项之虞者，应将发现之相关数据记载于航行日志内，并要求停船，进行登临、检查，以进一步搜集证据或排除可能违法之疑虑。
检查之项目除应持有国际协议认可之证书外，并应查核是否违反下列事项：
(一)船名、国籍。
(二)核动力反应炉功率及所用核子燃料或载运核物质之名称、持有人、数量、总活度、包装方式及运送总指数及有害物质名称、种类、数量。
(三)航行路线与预定时间。
(四)上一港口及目的港。
前项检查，必要时得要求主管机关派员会同，并应保全相关违法证物，移送主管机关处理。
二十、对外国船舶上的民事案件，一般采不干涉的态度。对于无害通过领海之外国船舶不得为行使民事管辖权之目的而要求其停止航行或改变航向，且不得为任何民事诉讼目的对船舶进行执行或予以逮捕。
外国船舶在领海内停泊或驶出内水后通过领海时，为达民事诉讼目的，有权依法对该船舶执行或予以扣留。
外国船舶在通过领海的航行中或为了航行的目的，因碰撞、救助等原因而负有民事责任时，亦有权对该船进行执行或予以扣留。
二十一、外国船舶通过领海，不得违反我国下列无害通过法令：
(一)航行安全及海上交通管理。
(二)保护助航设备和设施以及其它设施及设备。
(三)保护电缆和管线。
(四)养护海洋生物资源。
(五)防止违反渔业法规。
(六)保全环境及防止环境的污染。
(七)海洋科学研究和水文测量。
(八)防止违反海关、财政、移民和卫生等方面的法规。
(九)防止及处罚与领海无害通过无直接关系之其它行为。
前项执法对于外国船舶不得在形式上或事实上有歧视情形，致实际上否定或有损无害通过。
二十二、在邻接区得依法执行下列事项之管制权：
(一)防止在领土或领海内违犯有关海关、财政、贸易、检验、移民、卫生或环保法令及非法广播之行为。
(二)处罚在领土或领海内违犯有关海关、财政、贸易、检验、移民、卫生或环保法令及非法广播之行为。
二十三、对于外国船舶在领海广播，除我国电信法令另有规定外，应即查明是否经交通部之许可，与是否违反许可内容相关事项。
发现未经交通部许可或违反许可内容相关事项，应将发现之相关数据记载于航行日志内，并要求停船，进行登临、检查，以进一步搜集证据或排除可能违法之疑虑，并应保全相关违法证物，移送主管机关处理。
二十四、对于在我国领海及邻接区中进行考古、科学研究、或其它任何活动之外国船舶检查时，应查明是否备有主管机关如行政院文化建设委员会、行政院国家科学委员会等之许可文件。
二十五、专属经济海域为邻接领海外侧至距离领海基线二百浬间之海域。
前项专属经济海域包括水体、海床及底土。大陆礁层为领海以外，依本国陆地领土自然延伸至大陆边外缘之海底区域。
前项大陆礁层包括海床及底土。
二十六、执行专属经济海域巡防勤务，在政府公告或核定之海域，本「不冲突、不退让」态度，尽量以平和方式维护我国专属经济海域主权权利。未公告部分，援用国际惯例或视两岸情势，并以「共管共享、平等互惠」原则处理。
二十七、在专属经济海域或大陆礁层，有下列不法情事者，应予以取缔并将照片、录像带、检查纪录表、调查笔录等相关违法事证移送地方法院检察署处理：
(一)违反法令规定，倾倒、排泄或处置废弃物或其它物质者。
(二)故意损害天然资源或破坏自然生态者。
二十八、在专属经济海域或大陆礁层得依法执行下列事项之管辖：
(一)专属经济海域或大陆礁层：
1.探勘、开发、养护、管理海床上覆水域、海床及其底土之生物或非生物资源之主权权利。
2.人工岛屿、设施或结构之建造、使用、改变或拆除之管辖权。
3.海洋科学研究之管辖权。
4.海洋环境保护之管辖权。
5.其它依国际法得合理行使之权利。
(二)在专属经济海域享有并得行使利用海水、海流、风力所产生之能源或其它活动之主权权利。
(三)在大陆礁层享有并得行使铺设、维护或变更海底电缆或管线之管辖权。
二十九、对于外国船舶有未经许可，或经许可后，违反许可内容或目的，而在专属经济海域，从事生物资源或在大陆礁层从事定居种生物资源之探勘、开发、管理、养护情形，应即要求停船，进行登临、检查、搜证，以查明是否有违法情事，并将照片、录像带、检查纪录表等相关违法事证移送主管机关处理。
三十、在专属经济海域或大陆礁层，发现有未经许可之船舶，从事非生物资源之探勘、开发、管理情形，或经许可后，违反许可内容或目的者，于要求停船，进行登临、检查后，将照片、录像带、检查纪录表等相关违法事证送请目的事业主管机关处理。
三十一、对于在专属经济海域利用海水、海流、风力生产能源或其它相关活动者，应即查明是否经经济部许可。发现未经经济部许可者，应将发现之相关数据记载于航行日志内，于要求停船，进行登临、检查后，将相关违法事证移送经济部处理。
三十二、对于在专属经济海域或大陆礁层从事海洋科学研究者，应查明是否已向行政院国家科学委员会申请许可。
经许可从事海洋科学研究者应遵守下列规定：
(一)不妨碍我国在其专属经济海域或大陆礁层行使各项权利。
(二)确保我国政府指派代表参与之权利。
(三)随时提供进度报告，并提出初步结论与最后结论。
(四)随时提供完整且不损其科学价值之数据复本、数据或样本及各项评估报告。
(五)确保研究数据利用过程中不得损害我国安全及利益。
(六)在计划有重大改变时，立即通知我国政府。
(七)除另有协议外，不得调查海洋资源。
(八)不得破坏海洋环境。
(九)除另有协议外，在结束后立即拆迁各项研究设施或装备。
(十)其它相关法律及国际协议之规定。
未依计划进行研究、违反前项各款情形之一者或其它经行政院国家科学委员会认定之情形，应取缔、搜证、移送行政院国家科学委员会处理。
三十三、在专属经济海域航行之船舶，有任何违法污染海洋环境之排放行为时，得要求其提供识别标志、登记港口、上次停泊及下次停泊之港口，及其它必要之相关资料，以确定是否有违法行为发生。
前项有违法排放嫌疑之船舶，若拒绝提供相关规定之数据，或所提供之数据与实际情况显然不符，或未持有效证件与纪录，或依实际情况确有进行检查之必要时，得对该船进行检查或鉴定海洋污染事项。
妨碍、规避或拒绝前项检查或命令者，依海洋污染防治法等相关规定查处。
三十四、在专属经济海域或大陆礁层发现未经内政部许可之建造、使用、改变或拆除人工岛屿、设施或结构者，及经许可后违反许可内容或目的者，应取缔、搜证、移送内政部处理。
执行前项事项时，发现未具备内政部许可文件，建造时未依施工进度分期分区记录及拍照，施工期间未建立警示装置及浮标，或未通知航政主管机关公告该警示装置与浮标之位置、深度、大小及人工岛屿、设施或结构之施工期间者，应于搜证后移送内政部处理。
三十五、对于在大陆礁层从事海底电缆或管道之铺设、维护或变更者，应查明有无内政部许可文件。
执行前项检查，发现有未经路线划定许可，从事海底电缆或管道之铺设、维护、变更或与许可内容不符者，应于搜证后移送内政部处理。
三十六、公海为各国内水、领海、邻接区及专属经济海域或群岛国的群岛水域外之海域。
三十七、基于公海自由原则，船舶之管辖应依船籍国专属管辖原则。但外国船舶有海盗行为、贩卖奴隶、非法广播、贩卖毒品、未悬挂船籍旗帜或造成专属经济海域内污染之行为时，得依国际法实施接近、登临、检查或紧追。
三十八、对于大陆地区人民及船舶之处理，应优先适用台湾地区与大陆地区人民关系条例之规定，并依国防部公告之限制及禁止水域范围执行之。禁、限制水域外，对大陆船舶处理方式，依本规范第三章第六节执行之。
三十九、大陆船舶未经许可进入台湾地区限制或禁止水域，依下列规定处置：
(一)进入限制水域者，予以驱离；可疑者，命令停船，实施检查。驱离无效或涉及走私者，扣留其船舶、物品及留置其人员。
(二)进入禁止水域者，强制驱离；可疑者，命令停船，实施检查。驱离无效、涉及走私或从事非法渔业行为者，扣留其船舶、物品及留置其人员。
(三)进入限制、禁止水域从事渔捞或其它违法行为者，得扣留其船舶、物品及留置其人员。
(四)前三款之大陆船舶有拒绝停船或抗拒扣留之行为者，得予警告射击；经警告无效者，得直接射击船体强制停航；有敌对之行为者，得予以击毁。
四十、对于大陆公务船舶，应依下列原则处理：
(一)秉持对等、相互尊重之原则，共同维护海上秩序，确保两岸人民生命、财产之安全。
(二)对相关案件处理，以「依法执行，不引发事端、不升高冲突、平和法治」为处理原则，并本「不畏惧、不回避、不示弱」之坚定立场。
(三)相关事件应优先通报本署情报处或经核准之机关、单位、人员，俾与大陆地区相关机构进行协调、联系，并依三线报告之程序陈报。
四十一、对港澳地区船舶、人民违法事件，应依「香港澳门关系条例」及其施行细则办理。
四十二、私运之认定：
(一)私运货物进出口系指具备下列三要件之一者：
1.规避检查、偷漏关税或逃避管制者。
2.未经向海关申报。
3.运输货物进(出)国境。
(二)未直接从事私运货物进出口之行为，而实际居于经营、策划或出资之地位，主使他人从事私运货物进口、出口者，仍以私运论处。
(三)渔船及工作船并非商船，不得承运或装载一般商货。渔船如非属经核准专(兼)营渔货搬运者，亦不得载运非自行捕获之渔货，若有违法载运，即构成私运行为。
(四)海关缉私条例第六条所定之缉私水域，系在沿海二十四海浬之内，查缉时技术上应善用紧追权或俟船舶进入缉私水域后再行查缉。
(五)惩治走私条例第二条所定之海域私运管制物品进出口既未遂，系以进出领海外界线为判断标准。
(六)烟酒管理办法第四十六条、第四十八条所定之输入系以进入领海外界线为判断标准。
四十三、私货之认定：
(一)货物是否私运进口，应以有无海关税单或其它证据足以证明其确系完税进口认定之。
(二)渔船应以载运自行捕获之渔产品为限；如所载为洋烟酒、农畜产品等一般进口货物得径行认定为私货。
(三)查获农、渔、畜私货认定情形如下：
1.载有牡蛎、文蛤、九孔、牛蛙、甲鱼、蟳、长臂大虾、白虾、海瓜子、山瓜子、花蛤、香鱼、鳟鱼、柳叶鱼、鳝鱼、笋壳鱼、淡水鳗等十七种水产品，可径行认定为私运货物，其他水产品则由查缉单位参酌渔船设备、渔具以及作业海域之特性等相关数据，依权责自行认定是否为私运货物。
2.查获来源具有争议之农、渔、畜私货产品案件时，应依产品类别径向「行政院农业委员会农产品协助鉴定小组」联络，并填具「查缉单位送农委会走私相关问题通联单」，如系缉获渔产品时，另应加填「缉获渔船走私渔产品判定咨询电话传真单」传至该会鉴定小组办理鉴定事宜。
(四)私货之产地如有疑义，可备齐私货起运港口、交易或接运自那一国籍之船舶等相关资料，送请财政部关税总局进出口货物原产地认定委员会协助认定。
四十四、查获私运案件之搜证，应注意下列事项：
(一)涉案人有二人以上者，应采隔离讯问，分别制作讯问笔录，避免串供。
(二)对于私货名称、数量、净重，详予查证，并检附扣押货物收据或点交其它机关处理之收据。其送请财政部关税总局认定为大陆物品，或经农委会认定非自行捕获之鱼货者，应一并检附相关证据资料，以利核处。
(三)原缉获单位应尽速协助海关查明事项，以免影响案件处理时效。
四十五、查获私运案件之笔录制作：
(一)涉案人之姓名、年籍、身分证统一编号及住居所、切实查明详予记载，并于笔录载明刑事诉讼法第九十五条应告知事项。
(二)走私之时间、地点、私货来源及参与走私之事实经过，应详予询明记载。如怀疑非自行捕获之鱼货，应详询其捕获地点(经纬度)、水深、捕获方法、包装及船上捕捞获加工设备(有无使用迹象)。
(三)私运货物进、出口案件，除私运行为人本人外，应另查明有无经营私运货物者(即实际居于经营、策划或出资地位、主使他人从事私运货物进、出口之人)之姓名、年籍、身分证统一编号、住居所等资料。
(四)起卸、装运、收受、藏匿、收买或代销私运货物之案件，除行为人本人外，如有另招雇或引诱他人参与者，亦应查明。涉案人是否知悉涉案货物系属私货，并应查明。其可因此循线获悉或查获私运货物进口行为人者，亦应尽力追查，俾利相关机关据以依法议处，以杜侥幸。
(五)以船舶、车辆或其它运输工具私运货物进口、出口、起岸或搬移之案件，应查明涉案船舶、车辆或其它运输工具案发时之船长、驾驶人或管领人，是否知悉所载系私运货物及涉案运输工具是否载有其它正常货载。对于渔船涉及私运货物进口案件，其货物之堆放情形，船长于开始检查前有无自动报缴，均应于笔录内叙明。
四十六、查获私运案件之移送：
(一)缉获走私货物，应缮具移送书移送检察机关、海关或其它主管机关依法论处。
(二)移送书之制作及其应检附之证据资料：
1.应详细记载缉获日期、时间、地点及经过。
2.应载明是否据密报查获及有无其它协缉机关。
3.应载明到案及在逃涉案人之姓名、年龄、住居所、身分证统一编号及犯罪事实。
4.走私物品应尽量详列货名、产地、厂牌、规格、数量、净重、容量等必要数据，以利主管机关核估价格。如属生鲜易腐物品，应尽速取样冷藏(冻)并拍照(附比例尺)存证后随案移送主管机关处理。
5.应注明私货之移送机关及移交清单，并取样拍照。
6.涉案人因触犯其它刑事法规移送司法机关或经羁押者，应加注移送书文号及羁押之时间、处所。
7.查获走私工具应载明事项：
(1)渔船应载明船籍港、总吨位数、建造日期、船壳材质、主机马力、厂牌及其所属航政主管机关等资料，随案移送海关应检附船籍证、小船执照、国籍证书、检查记录簿、船舶登记证书、船舶检查证书、吨位证书、渔业执照及其它重要文件。
(2)胶筏应载明胶筏之长度、宽度、有无船外机、引擎制造厂、年份、马力、型号及所属主管机关，并应随案检附航政主管机关出具之登记字号证明文件。
(3)车辆应载明厂牌、出厂年份、引擎号码、汽缸总排汽量、牌照号码、吨数、车身标示、营业或自用等。
四十七、查获私运案件之私货移交：查缉单位应依规定留样或拍照并缮具笔录后移送下列单位处理：
(一)属走私进口农产品处理办法项目表规定之货品：
1.植物及其制品：云林、屏东或澎湖县农会。
2.动物及其产品：
(1)畜产品：将货品、种类、重量电传海关及云林县家畜疾病防治所并会同清点处理。
(2)渔类产品：将货品、种类、重量电传海关及该县(市)政府渔政单位办理拍卖、提存或依前述(1)程序处理，并副知渔业署。
(3)渔、畜产品混载：将货品、种类、重量分别电传通知前述
(1)、(2)单位各自办理提领畜产品或渔产品。
(4)保育类产品：会同农委会及关税总局处理。
(二)烟酒类：当地关税局。
(三)武器弹药：鉴验后送地检署或其指定机关。
(四)毒品类：鉴验后送地检署或其指定机关。
(五)其它私货应移交海关处理：
1.基隆关税局：台北县(市)、基隆市、马祖(连江县)。
2.基隆关税局苏澳支局：宜兰县。
3.基隆关税局花莲支局：花莲县。
4.台北关税局：桃园县、新竹县(市)。
5.台中关税局：苗栗县、台中县(市)、彰化县、南投县、云林县。
6.高雄关税局：高雄县(市)、嘉义县(市)、台南县(市)、屏东县、澎湖县、金门县。
四十八、缉获查扣之走私渔船、筏应报请主管机关指定保管机关或处所，于法院判决或海关处分后再移请农委会处理。如主管机关指定由缉获单位保管时应妥为保管。
四十九、查获大陆船舶私运案件应行注意事项：
(一)大陆地区船舶走私之处理方式：
1.犯罪涉嫌人由缉获单位依法调查后，移送检察机关侦办。
2.走私船舶没入，交由农委会处理。
(二)大陆船舶之走私物品及违禁品处理方式：
1.烟酒类：依法没入处分后，径送当地关税局处理。
2.农产品类：依法没入处分后，移由农委会准用「走私进口农产品处理办法」处理。
3.毒品、违禁药物、麻醉药品及枪炮弹药类：应予列册并同涉案人员移送检察机关侦办。
4.其它：依法没入处分后，移由当地关税局统筹处理。
(三)缉获之走私物品及违禁品应予没入处分，如持有人涉嫌犯罪移送检察机关处理者，缉获单位应将其相关证物并同移送。
五十、查获非法入出国案件之处理：
(一)搜证：
1.照相：应清楚可见船名及显示正确之拍照日期。
2.摄影：
(1)应清楚可见船名及显示正确之拍照日期。
(2)记录查获地点之经纬度(即巡防艇上航迹仪或卫星定位仪显示之数据)及雷达距离圈所显示之离岸距离。
(二)制作检查纪录表：当场所制作之检查纪录表应记载发现时间、地点，并请船长签名；如拒绝签名，应于检查纪录表上注明原因。
(三)制作侦讯笔录：
1.告知刑事诉讼法第九十五条之事项。
2.年籍资料、家庭状况、学历、有无前科。
3.被查获之时间、地点、费用多少、交给何人。
4.搭乘之船名为何、船长是谁、同船有多少人。
5.所搭乘之船舶于何时从何地出港、准备从何处上岸、上岸后与何人接触或投靠何人。
6.非法入出国之动机与目的为何、是否负有其它任务。
(四)人员移送及船舶处理：
1.大陆船舶涉案：大陆船舶有涉嫌从事人员非法入出境之行为者，缉获单位依法调查后，移送检察机关侦办外，该船舶依法裁处没入，所载之人员依规定移送大陆人民处理中心收容或其它检察机关处理。
2.国籍船舶涉案：我国籍船舶涉嫌非法入出国之行为者，缉获单位依法调查后，移送检察机关侦办。该船舶及涉案人员函请航政及渔政主管机关处理。船舶上所载之非法入出国人员则移送大陆人民处理中心收容或其它检察机关处理。
五十一、对于弃置行政院环境保护署依海洋污染防治法第二十二条第一项公告之物质于海洋者，应依下列分类处理：
(一)甲类：应于搜证、调查后分别送请检察及主管机关查处，未遂犯亦同。
(二)乙类：应检查是否经行政院环境保护署项目许可，未经许可应即搜证、调查后函送主管机关查处。
(三)丙类：应检查是否为行政院环境保护署许可之期间及总量范围内，未经许可应即搜证、调查后函送主管机关查处。
五十二、对于公私场所未经行政院环境保护署许可，排放废(污)水于海域或与海域相邻接之下列区域者，应即搜证、调查后分别送请检察机关及主管机关查处：
(一)自然保留区、生态保育区。
(二)国家公园之生态保护区、特别景观区、游憩区。
(三)野生动物保护区。
(四)水产资源保育区。
(五)其它经中央主管机关公告需特别加以保护之区域。
五十三、对于依海洋污染防治法第十七条、第十八条、第二十三条规定有申报义务，明知为不实之事项而申报不实或于业务上作成之文书为虚伪记载者，应即搜证、调查后分别送请检察机关及主管机关查处。
五十四、对于公私场所未经行政院环境保护署核准即利用海洋设施从事采油矿、输送油及化学物质或排放废(污)水者，应即搜证、调查后分别送请检察机关及主管机关查处。
五十五、对于公私场所未经行政院环境保护署许可以船舶、航空器或海洋设施及其它方法，从事海洋弃置或海上焚化，或违反海洋弃置及海上焚化管理办法之规定，致严重污染海域者，应即搜证、调查后移分别送请检察机关及主管机关查处。
五十六、对于不遵行行政院环境保护署、直辖市政府、县(市)政府依海洋污染防治法所为停工之命令者，应即搜证、调查后分别送请检察机关及主管机关查处。
五十七、经拒绝、规避或妨碍下列事项者应即搜证、调查后移送行政院环境保护署或直辖市、县(市)政府处理：
(一)派员携带证明文件，进入港口、其它场所或登临船舶、海洋设施，检查或鉴定海洋污染事项，并命令提供有关资料者。
(二)查核(验)执行海洋弃置及海上焚化作业之申报及执行纪录者。
(三)会同主管机关查验我国及外国船舶之海洋污染防止证明书或证明文件、操作手册、油、货纪录簿及其它经指定之文件者。
(四)对于违反主管机关公告海洋管制区、海洋环境管制标准、分区执行计划之污染管制措施者。
前项第一款命令提供数据时，其涉及军事机密者，应会同当地军事机关为之。
五十八、对于公私场所违反海洋污染防治法第十八条第一项规定不得排放、溢出、泄漏、倾倒废(污)水、油、废弃物、有害物质或其它经行政院环境保护署指定公告之污染物质于海洋者，应即搜证、调查后移送行政院环境保护署或直辖市、县(市)政府处理。
五十九、对于违反各目的事业主管机关依本法第九条第一项采行下列限制海域使用之管制措施者，应即搜证、调查后移送行政院环境保护署或直辖市、县(市)政府及目的事业主管机关处理：
(一)暂停该海域全部或一部分之使用。
(二)限制使用之期间。
(三)限制使用之范围。
(四)变更或减少海域使用之用途。
(五)其它为防止、排除或减轻海洋环境恶化之限制、变更海域使用条件之暂时性措施。
六十、对于干扰行政院环境保护署或直辖市、县(市)政府依本法第九条第一项规定公告设置海域环境监测站或设施之下列行为者，应即搜证、调查后移送行政院环境保护署或直辖市、县(市)政府处理：
(一)于海域环境监测站或设施一百公尺内故意施放污染性生物、物质、能量之行为。
(二)于海域环境监测站或设施周界五十公尺范围内撒网、行船、迫近或造波。
六十一、下列各款情形之一致造成污染者，行为人应负责清除之，对于未清除者，应即搜证、调查后移送行政院环境保护署或直辖市、县
(市)政府处理：
(一)为紧急避难或确保船舶、航空器、海堤或其它重大工程设施安全者。
(二)为维护国防安全或因天然灾害、战争或依法令之行为者。
(三)为防止、排除、减轻污染、保护环境或为特殊研究需要，经行政院环境保护署许可者。
六十二、对于违反行政院环境保护署所订下列办法者，应即搜证、调查后移送行政院环境保护署或直辖市、县(市)政府处理：
(一)海洋环境污染清除处理办法。
(二)废(污)水排放许可办法。
(三)公私场所排放油、废(污)水于海洋许可办法。
(四)投设人工鱼礁或其它渔业设施许可办法。
六十三、对于公私场所、船长或船舶所有人因海洋放流管、海岸放流口、废弃物堆置或处理场，或从事海域工程，或海洋弃置、海上焚化作业，或发生海难或因其它意外事件，致发生严重污染海域或有严重污染之虞时，未即通知行政院环境保护署或直辖市、县(市)政府及目的事业主管机关或当地航政主管机关、港口管理机关者，应即搜证、调查后移送行政院环境保护署或直辖市、县(市)政府及目的事业主管机关、当地航政主管机关、港口管理机关处理。
六十四、对于第五十八点未即采取下列措施以防止、排除或减轻污染者，应即搜证、调查后移送行政院环境保护署或直辖市、县(市)政府及目的事业主管机关、当地航政主管机关、港口管理机关处理：
(一)提供发生海洋污染之相关设施或船体之详细构造图、设备、管线及装载货物、油量分布图等。
(二)派遣熟悉发生污染设施之操作维护人员或船舶舱面、轮机人员、加油人员处理应变，并参与各机关成立之紧急应变小组。
(三)污染应变人员编组、设备之协调、调派。
(四)污染物或油之围堵、清除、回收、处置措施。
(五)其它经主管机关或目的事业主管机关规定应采取之措施。
六十五、对于公私场所利用海洋设施从事探采油矿、输送油及化学物质或排放废(污)水未持续执行海洋监测，或未于每年一月、四月、七月及十月，向直辖市、县(市)政府申报监测纪录者，应即搜证、调查后移送直辖市、县(市)政府处理。
六十六、对于公私场所利用海洋设施从事探采油矿、输送油及化学物质未记载下列探采或输送纪录事项，或纪录未于每年一月、四月、七月及十月，向直辖市、县(市)政府申报者，应即搜证、调查后移送直辖市、县(市)政府处理：
(一)探采、输送方式、输送开始与完成时间、油种类与总量、船舶名称、编号、吨数及国籍。
(二)海洋设施内含油残留物总量及处理方法。
(三)其它事故排泄者，应记载排泄时间、油种类、估计量、排出状况及原因。
(四)其它经中央主管机关指定之事项。
六十七、对于经行政院环境保护署许可将油、废(污)水排放于海洋；其排放未制作排放纪录，或排放纪录未记载下列事项，或纪录未于每年一月、四月、七月及十月，向直辖市、县(市)政府申报者，应即搜证、调查后移送直辖市、县(市)政府处理：
(一)排放时间、地点、方式及排放物种类或成分。
(二)排放物性质。
(三)排放物数量或浓度。
(四)处理过程。
(五)其它经中央主管机关指定之事项。
六十八、对于实施海洋弃置及海上焚化作业之船舶、航空器或海洋设施，其管理人未制作执行作业之纪录或纪录未置于明显之处，或纪录未记载下列事项，或纪录未于每年一月、四月、七月及十月，向行政院环境保护署申报并送直辖市、县(市)政府备查者，应即搜证、调查后移送行政院环境保护署或直辖市、县(市)政府处理：
(一)装载时间及地点。
(二)弃置或焚化物种类及数量。
(三)弃置或焚化物贮存处。
(四)开始及完成弃置或焚化之时间、位置、航向、航速及当时气象。
(五)弃置或焚化之操作情形、处理速度、焚化残余物处理方法。
(六)其它经行政院环境保护署指定之事项。
六十九、对于违反行政院环境保护署所订海洋弃置及海上焚化管理办法者，应即搜证、调查后移送行政院环境保护署或直辖市、县(市)政府处理。对于违反前项指定区域者亦同。
七十、对于船舶未依规定将废(污)水、油、废弃物或其它污染物质排泄于海洋者，应即搜证、调查后移送行政院环境保护署或直辖市、县(市)政府及目的事业主管机关处理。
七十一、对于船舶装卸、载运油、化学品及其它可能造成海水污染之货物，未依规定采取适当防制排泄措施者，应即搜证、调查后移送行政院环境保护署或直辖市、县(市)政府及目的事业主管机关处理。
七十二、对于船舶建造、修理、拆解、打捞及清舱，致污染海域或有污染之虞者，未依规定采取下列措施，并清除污染物质者，应即搜证、调查后移送行政院环境保护署或直辖市、县(市)政府及目的事业主管机关处理：
(一)于施工区域周围水面，设置适当之拦除浮油设备。
(二)于施工区内，备置适当废油、废(污)水、废弃物及有害物质收受设施。
(三)防止油、废油、废(污)水、废弃物、残余物及有害物质排泄入海。
(四)其它经行政院环境保护署指定之措施。
七十三、对于总吨位四百吨以上之一般船舶及总吨位一百五十吨以上之油轮或化学品船，其船舶所有人未依船舶总吨位，投保责任保险或提供担保，或停止、终止保险契约或提供担保者，应即搜证、调查后移送行政院环境保护署或直辖市、县(市)政府处理。
前项担保，得以现金、银行本票或支票、保付支票、无记名政府
公债、设定质权之银行定期存款单、银行开发或保兑之不可撤销担保信用状缴纳，或取具银行之书面连带保证、保险公司之保证保险单等方式为之。
七十四、我国内水、领海、邻接区、禁止与限制水域、专属经济海域、太平洋公海及报经行政院核定之其它海域之渔业巡护任务，应依「政府护渔标准作业程序」及「行政院海岸巡防署护渔标准作业程序」办理。
七十五、海洋巡防总局规划舰船执行专属经济海域巡护前，应先与各地区渔会进行讨论后，依渔汛期与我渔民作业地点，得采取「定点护渔」或「随船护渔」方式实施。
七十六、专属经济海域巡护，依任务需要，由海洋巡防总局协调行政院农业委员会渔业署指派人员随舰出海执行渔业检查工作，并适时邀请相关地区渔会代表参与，以了解实际巡护状况，向社会作正面报导。
七十七、公海远洋渔业巡护、管理与执法，悉依本署与行政院农业委员会年度会商之计划办理，由本署渔业巡护船执行。
七十八、公海远洋渔业巡护之执行，依行政院农业委员会渔业署对我国远洋渔船作业渔区所掌握信息及本署渔业巡护船执行能力，规划年度巡护洋区范围。
七十九、执行公海渔业养护、管理与执法，应依我国加入各国际性区域渔业合作组织所订执行作业规范办理，有关公海渔业养护、管理与执法任务，不得对其他国家船舶进行干涉、取缔，任务目标仅为本国籍船舶。
八十、对于在内水、领海有下列各款行为之一者，应分别送请检察机关及渔政主管机关侦处：
(一)使用毒物采捕水产动植物。
(二)使用炸药或其它爆裂物采捕水产动植物。
(三)使用电器或其它麻醉物采捕水产动植物。
(四)涂改渔船船名、统一编号。
(五)迁移、污损或毁灭渔场、渔具之标志。
(六)私设栏栅、建筑物或任何渔具，以断绝鱼类之回游路径。违反主管机关依渔业法第四十四条所为之公告事项者亦同：
(一)水产动植物之采捕或处理之限制或禁止。
(二)水产动植物或其制品之贩卖或持有之限制或禁止。
(三)渔具或渔法之限制或禁止。其它违反渔业法之案件，应送请渔政主管机关处理。
八十一、对毒、炸、电鱼案件之处理：
(一)搜证：
1.照相：应清楚可见船名及显示正确之拍照日期。
2.摄影：
(1)应清楚可见船名及显示正确之拍照日期。
(2)应记录查获地点之经纬度(即巡防艇上航迹仪或卫星定位仪显示之数据)及雷达距离圈所显示之离岸距离。
(二)制作检查纪录表：当场所制作之检查纪录表须记载查获物品、时间、地点，并请渔船船长签名；如拒绝签名，应于检查纪录表上注明原因。
(三)制作侦讯笔录重点：
1.告知刑事诉讼法第九十五条之事项。
2.年籍资料、家庭状况、学历、有无前科。
3.于何时间、地点、因何事被带回制作笔录。
4.何时向何机关报关出海作业、预计作业几天、前往何处作业。
5.船上被查扣之物品为何、来源及用途。
6.是否另有其它网具、渔获量、是否非法作业所得。
7.是否知悉炸、毒、电鱼为非法之行为。
(四)涉案人员及证物移送检察机关侦办。
八十二、对于未满五十吨渔船于距岸三浬内及五十吨以上渔船于距岸十二浬内违规拖网案件之处理：
(一)搜证：
1.照相：
(1)应清楚可见渔船船名、网具及拖网作业情形。
(2)白天拍照时尽可能以陆地作为背景，以增加照片证据能力。
(3)正确之拍照日期。
2.摄影：
(1)应清楚可见渔船船名、网具及拖网作业情形。
(2)违规作业地点之经纬度(即巡防艇上航迹仪或卫星定位仪显示之数据)及雷达距离圈所显示之离岸距离。
(3)正确之摄影日期。
(二)制作检查纪录表：当场所制作之检查纪录表须记载发现时间、地点，并请渔船船长签名；如拒绝签名，应于检查纪录表上注明拒签原因。
(三)将照片、录像带、检查纪录表等函送渔船违规作业地点所辖县市政府处理。
八十三、发现作业渔船有下列情事者，应即进行登临、检查、搜证，并检具船舶文书、证照、照片、录像带、录音带等相关事证及检查纪录表、询问笔录等违规纪录函送渔政主管机关处理：
(一)未申请执照经营娱乐渔业。
(二)船员未携带船员手册或干部船员未携带执业证书。
(三)二十吨以上渔船违反出海作业时限及船员最低限额规定。
(四)未领有渔业证照经营渔业。
(五)持经撤销之渔业证照出海作业。
(六)持逾期之渔业证照出海作业。
(七)违规携带拖网渔具。
(八)其它违反渔业证照所登载之限制事项。
八十四、发现娱乐渔业渔船有下列情事者，应即进行登临、检查、搜证，并检具船舶文书、证照、照片、录像带、录音带等相关事证及检查纪录表、询问笔录等违规纪录分别送请渔政及航政主管机关处理：
(一)娱乐渔业渔船违法载客经营渡船业务。
(二)娱乐渔业渔船搭载乘客超过定额。
八十五、于渔港内发现有采捕或养殖水产动植物或妨害渔港安全之行为时，应即进行搜证、调查，并检具照片、录像带、录音带等相关事证及检查纪录表、询问笔录等违规纪录送请该渔港主管机关处理。
八十六、发现非中华民国船舶，在公布为国际商港以外之其它港湾口岸停泊者，应查明是否经政府特许或为紧急避难，如系违法停泊，应于搜证、调查后分别送请检察机关及航政主管机关依法办理。
八十七、发现航行之中华民国船舶，未领有中华民国船舶国籍证书或中华民国临时船舶国籍证书者，除有下列各款情行外，应于搜证、调查后分别送请检察机关及航政主管机关依法办理。
(一)下水或试航时。
(二)经航政主管机关许可或指定移动时。
(三)因紧急事件而作必要之措施时。
八十八、发现非中华民国船舶悬用中华民国国旗者，或领有中华民国船舶国籍证书或中华民国临时船舶国籍证书之中华民国船舶悬用非中华民国国旗者，除有下列各款情事外，应于搜证、调查后分别送请检察机关及航政主管机关依法办理
(一)中华民国国庆节或纪念日？
(二)其它应表示庆祝或敬意时。
八十九、对于下列违法行为，应即劝导改正，并得搜证、调查后移送航政主管机关处理：
(一)未依法令规定，领取有效证书，擅自发航者。
(二)无故不遵守指定航路者。
(三)航行期内，超过载重线之限制者。
(四)拒绝查验或违反停止航行命令者。
九十、对于下列违法行为，应即劝导改正，并得搜证、调查后移送航政主管机关处理：
(一)船舶未依法令规定，申请登记、检查、检验，丈量及勘划载重线者。
(二)客船除航政主管机关另有指定外，不得在证书规定以外之港口搭载乘客。
九十一、对于下列违法行为，应即劝导改正，并得搜证、调查后移送航政主管机关处理：
(一)船舶未具备下列文书者：船舶国籍证书或临时船舶国籍证书、船舶检查证书或依有关国际公约应备之证书、船舶吨位证书、船员名册、载有旅客者，其旅客名册、订有运送契约者，其运送契约及关于装载货物之文书、设备目录、航海记事簿及法令所规定之其它文书。
(二)船长未将设备整理完妥而航行者。
(三)船舶搭载乘客超过定额者。
九十二、对于下列违法行为，应即劝导改正，并得搜证、调查后移送航政主管机关处理：
(一)船舶未具备或毁坏、涂抹下列标志者：船名、船籍港名、船舶总吨位、净吨位、船舶号数、吃水尺度、法令所规定之其它标志。
(二)各项证书遗失、破损或证书登载事项变更时，船舶所有人未发觉或自发生之日起三十日内，申请补发或换发。
(三)以中华民国乙港为船籍港而在中华民国甲港或外国港停泊之船舶，其船舶国籍证书遗失、破损，或证书上登载事项变更，船舶所有人未于三十日内，向船籍港航政主管机关申请换发或补发船舶国籍证书。
(四)客船证书内规定事项有变更或证书之期限届满，客船所有人未向船籍港或船舶所在地航政主管机关申请换发客船证书。
九十三、小船有下列情形者，应即劝导改正，并得搜证、调查后移送航政主管机关处理：
(一)未依法令规定，申请检查、丈量、注册者。
(二)搭载乘客超过定额者。
(三)未将设备整理完妥而航行者。
(四)非经领有船舶所在地之航政主管机关或地方政府发给执照而航行者。
(五)动力小船，未由持有小船驾驶证之驾驶人充任驾驶而航行者。
(六)经勘划有最高吃水尺度者，航行时载重超过该尺度者。
(七)搭载乘客小船，未依规定向主管机关申请检查合格，核定乘客定额及客运口岸，并于小船执照内注明而载运乘客者。
(八)小船应临时或季节上需要，搭载乘客超过核定乘客定额，未依规定申请检查，核发临时许可证，并具备应有救生设备者。
九十四、对于下列违法行为，应即劝导改正，并得搜证、调查后移送航政主管机关处理：
(一)经营国内固定航线业务，不依航线证书所载航线载客、载货者。
(二)客船未为旅客投保人身伤害险者。
九十五、对于下列违法行为，应即劝导改正，并得搜证、调查后移送航政主管机关处理：
(一)公司变更组织、名称、负责人、经理人、地址、资本额、董监事，未向航政主管机关办理变更登记者。
(二)客船运价表未经报请核准或备查而实施者。
(三)货船营业费费率未经报请核准或备查而实施者。
(四)船公司不提供营运及财务文件或提供文件虚伪不实者。
(五)固定航线船舶未经报请核准或核备而停航者。
(六)其它违反航业法或依航业法所发布之命令者。
(七)客船未经核准兼载甲板货物。
九十六、对于发现船长放弃船舶，未尽力将旅客、海员、船舶文书、邮件、金钱及贵重物救出者，应即搜证、调查后分别送请航政主管机关及检察机关依法办理。
九十七、游艇有下列情形者，应即劝导改正，并得搜证、调查后移送航政主管机关处理：
(一)未依法令规定申请检查、丈量、注册或登记者。
(二)未依法令规定领有有效证照，擅自航行者。
(三)驾驶及轮机人员，未持有合格证者。
(四)搭载乘客超过定额者。
(五)未将设备整理完妥而航行者。
九十八、海域涉外事件应先确定发生海域之管辖权，遇有管辖权争议时，应依国际惯例及透过外交或主管机关协调处理。各级勤务指挥中心，必要时，并应通报外交部、交通部、国防部、行政院农业委会渔业署、行政院国家搜救指挥中心或其它目的事业主管机关等会同处理，并得协请警察机关或其它友军派员支援。
九十九、对于权宜船上未涉及我国籍人民之刑事案件，除犯罪行为已扰乱我国安宁秩序、基于船旗国或船长之要求、普遍性管辖案件或其他依国际法我国得行使管辖权案件者外，不得对该船实施刑事管辖。
前项刑事案件之犯罪行为人或被害人为中华民国国籍者，基于国籍管辖原则，应明确主张我方具有刑事管辖权，并协调要求带返我国侦办，同时通报外交部循外交管道协调处理。
第一项所称权宜船，系指于台湾地区及大陆地区以外之第三国登记之民用船舶，而该船舶所有人为中华民国国籍者。
一百、接获领域外遭海盗、海上挟持或重大刑案，应即处理，若未能及时驰援或该船舶已进入他国领海者，应通报外交部及目的事业主管机关，并积极配合处理。
前项情形船籍所在地海巡队应派员调查处理，并于船舶返港后报请海洋巡防总局指挥侦办。
一百零一、对于钓鱼台列屿及南海诸岛海域，应依下列原则处理：
(一)钓鱼台列屿海域：
1.坚持主张对钓鱼台列屿之主权。
2.以理性和平方式处理。
3.不与中共合作解决。
4.以渔民权益为优先考虑。
(二)南海诸岛海域：
1.坚定维护南海主权。
2.加强南海开发管理。
3.积极促进南海合作。
4.和平处理南海争端。
5.维护南海生态环境。
一百零二、外国公务船舶航行于我国管辖海域，经确认单纯航行者，持续监控至驶离，并记录于航海日志，必要时，全程录像、拍照搜证，依该公务船舶性质将搜证数据传送主管机关处理；大陆公务船舶航行于我国限制水域外之专属经济海域者，亦同。
一百零三、外国及大陆船舶经许可进行探勘、开发、海洋科学研究或捕鱼行为，必要时，得于周边海域实施警戒，以维护其安全，并将状况回报。
一百零四、外国及大陆公务船舶于我国管辖海域，未经许可进行海洋科学研究、探勘，或进行与许可内容不符之行为者，处理方式如下：
(一)接获通报：立即派遣巡防舰前往该海域。
(二)侦搜发现：利用巡防舰艇、航空器、雷达等装备侦搜，或联系国防部协助侦搜，并即采监控行为。
(三)通报主管机关：透过外交谈判及协调机制管道，要求离开。
(四)驱离措施：实施劝导驱离，其次，采取必要作为，最后采取强制驱离措施等，并通报国防部适时支持。
(五)案件移送：将案件数据移送相关机关处理。
一百零五、外国民用船舶于专属经济海域未经许可进行海洋科学研究、探勘或捕鱼行为，或经许可但进行与内容不符之行为者，得进行紧追、登临、检查，必要时，强制驱离、或逮捕其人员，扣留船舶、设备、物品等移送主管机关处理。港澳地区民用船舶于专属经济海域未经许可进行海洋科学研究、探勘或捕鱼行为，或经许可但进行与内容不符之行为者，除依港澳关系条例及平等互惠原则处理外，违反专属经济海域法规定者，视同外国船舶处理。
一百零六、外国及大陆公务船舶于相重迭海域，妨碍、危害我国籍船舶航行、作业，或驱离、企图登临、扣留船舶时，应优先保护我国籍船舶及人民安全，依实际需要协调国军作战指挥中心派遣机舰协助监控，并请外交、大陆事务及渔业主管机关协助处理，务必排除我国籍船舶之危害。
一百零七、发现有大陆军舰于我方或邻近水域航行，应保持监测，并立即向本署勤务指挥中心反映，同时通报国防部处理。
一百零八、对于大陆科研及情搜等公务船舶，处理方式如下：
(一)于限制、禁止水域内：要求该公务船舶立即离开限制、禁止水域，不遵守离开之要求者，予以驱离，并通报国防部、陆委会协同妥善处理。
(二)限制水域外：单纯航行者，先予严密监控，逐级向勤务指挥中心反映，并通报海军战情中心；如有科学研究或情搜行为时，依第一百零七点规定处理。
前项标准作业流程如附图一。
一百零九、各级勤务指挥中心接获大陆公务船舶追缉我方或大陆民用船舶之通报时，应立即派遣舰艇前往，依下列方式处理：
(一)大陆公务船舶及被追缉船舶均在限制、禁止水域外时：
1.我方民用船舶被追缉者：依船旗国管辖优先原则，协调于海上适当处所制作笔录后，人船由我方带回。
2.大陆民用船舶被追缉者：严密监控，并与勤务指挥中心保持联系，必要时，依两岸共同打击犯罪模式，给予协助。
(二)大陆公务船舶或被追缉船舶已进入限制、禁止水域内时：
1.大陆公务船舶进入限制、禁止水域内者：应要求大陆公务船舶退至限制水域外。
2.我方民用船舶被追缉者：由海巡人员登检该船并核对人员及船舶文书，制作登检纪录表。若查无违反本国法令之证据，应予放行或就近戒护返港；若经查获违反本国法令之证据，则押返侦办。
3.大陆民用船舶被追缉者：由海巡人员登检该船并核对人员及船舶文书，制作登检纪录表。若查无违反本国法令之证据，即驱离至限制水域外；若经查获违反本国法令之证据，则押返侦办，必要时，依两岸共同打击犯罪模式处理。
一百一十、海巡舰艇与大陆公务船舶对于同一事件，均主张管辖权时，依下列原则处理：
(一)以共同打击犯罪方式沟通处理，并支持优势海巡舰艇，将我方涉案船舶、人员带回处理。
(二)如无法沟通协调时，应避免武力冲突，迅速通报相关单位请求支持，并为应变准备。
前点及本点标准作业流程如附图二。
一百十一、涉案之我方或大陆民用船舶往大陆方向逃逸时，海巡舰艇应全程搜证并与勤务指挥中心密切联系，随时定位确认所处海域。被追缉民用船舶如已超出我方管辖水域或进入大陆水域，应停止追缉并通报本署勤务指挥中心及情报处。
一百十二、追缉涉案之我方或大陆民用船舶于超出我方管辖水域或进入大陆水域时，得视案件需要，透过两岸中介团体通报协助查缉。对有争议案件，得依前项方式协调处理。
一百十三、处理海上聚众活动原则如下:
(一)维护航道畅通，确保船舶航行安全。
(二)本于法定职掌「依法行政、伸张公权力」。
(三)以约制、疏处为主，本「不挑衅、不刺激、不流血」之柔性原则，处理抗争活动，使激烈抗争程度降至最低。
一百十四、各单位搜获海上聚众活动情资时，应由事件源起地之海巡队，协调辖内警察机关、安检单位及其它权责机关，协助约制、疏导抗争群众，并与抗争团体积极接触、沟通、协调，促使抗争事件消弭于陆上，避免扩及海上。
一百十五、掌握海上聚众活动发动时间、地点等相关情资后，海巡队应即协调相关单位成立联合指挥所，负责抗争事件处置事宜，并与相关单位交换情资、相互支持，以发挥统合力量，有效疏处。
一百十六、抗争事件发生海域之管辖海巡队负责海上聚众活动之处理，订定应变计划，并由指定之现场指挥官，全权指挥、调度各级舰艇之部署及勤务作为。如遇舰艇、人力及装备不足时，得陈报上级统一调度支持。
一百十七、各港口区域内之水域发生海上聚众活动时，依相关主管机关之请求，协助执行海上安全维护任务。
一百十八、抗争情势升高，危及航道安全时，现场指挥官在确保人、船平安前提下，先依法命令抗争人员、船只立即解散，经解散命令
三次以上仍不解散或构成犯罪要件时，视安全状况，得以优势舰艇、人力使其解散离开，或视现场状况逮捕为首滋事现行犯。
一百十九、对于现场逮捕之暴力现行犯，以违反相关刑事法律规定移送检察机关侦办，如已达妨害港区或航道航行安全者，将搜证情形移送主管权责机关处罚。
一百二十、巡防机关人员执行职掌事项时，得行使下列职权：
(一)对进出通商口岸之人员、船舶、车辆或其它运输工具及载运物品，有正当理由，认有违反安全法令之虞时，得依法实施安全检查。
(二)对进出海域、海岸、河口、非通商口岸及航行领海内之船舶或其它水上运输工具及其载运人员、物品，有正当理由，认有违法之虞时，得依法实施检查。
(三)对航行海域内之船舶，有正当理由，认有违法之虞时，得命船舶出示船舶文书、航海纪录及其它有关航海事项之数据。
(四)对航行海域内之船舶、其它水上运输工具，根据船舶外观、国籍旗帜、航行态样、乘载人员及其它异常举动，有正当理由，认有违法之虞时，得命船舶或其它水上运输工具停止航行、回航，其抗不遵照者，得以武力令其配合。但武力之行使，以阻止继续行驶为目的。
(五)对航行海域内之船舶或其它水上运输工具，如有损害中华民国海域之利益及危害海域秩序行为或影响安全之虞者，得进行紧追、登临、检查、驱离；必要时，得予逮捕、扣押或留置。
一百二十一、海上可疑不法船舶之研判及处理原则如下：
(一)船舶有走私前科或不法纪录者。
(二)独自行动不与其它渔船共同作业之渔船易有可疑不法情事，可由雷达幕上发现单独之点，应加以严密监控。
(三)遇巡防舰、艇、船接近时，迅即远离之船舶，易有可疑不法情事，应加以严密监控。
(四)可疑不法渔船通常伪装作业，故意放下渔网作业，可观察渔网拖拉松紧情形及渔民有无穿着套身雨衣裤。
(五)可疑不法渔船通常停留在距岸远处，以无线电与岸上私枭连系，入夜后才向岸边驶近，夜间应注意雷达幕上显示却未点灯之渔船或灯火、信号、旗号特异之渔船。
(六)海上吃水深却未作业之渔船，易有可疑不法情事，应加以严密监控。
(七)船筏之吨位、吃水与应作业区、时间，显有异常情况。
(八)使用望远镜或其它观测仪器，观察船员之穿着或甲板所堆积之物品显为可疑时。
(九)利用方探仪或ＳＳＢ随时监视海面可疑信号，追踪目标。
(十)应注意河(海)面漂流物，若为私货可依情况研判，船舶走私时间、地点。
一百二十二、船员之可疑征候如下：
(一)船员受检时神色紧张，坐立不安，甚至语无伦次，答非所问。
(二)船员受检时故意制造事端，无理取闹，甚至检查时间稍久，即以不便民、扰民、刁难等口吻相向，企图影响检查人员心理。
(三)借故船员急病，匆忙逃避检查。
(四)私自搭载非船员出海。
(五)船员受检时一反常态，对检查人员特别友善，甚至攀交情，套关系。
(六)船员对渔获量少或无渔获量，表情上无动于衷。
(七)船员对检查人员所检查之处所，眼光表现特别敏感或神色紧张。
(八)船员受检时故作镇定、沉着状，甚至高歌、谈笑、聊天或谈论他事。
(九)船员手戴同一厂牌仿造新表或穿同厂牌新衣物。
(十)船员身上私藏违禁品或外国(或大陆)物品。
(十一)注检船船员被隔离问话时，神色慌张，供词矛盾，甚至手脚颤抖。
(十二)经隔离问话发觉船员间供词不一，破绽百出，甚至将责任推到一人身上。
(十三)船员意图馈赠检查人员。
一百二十三、船舶外观之可疑征候如下：
(一)旧船之某部份螺钉、木板新置者。
(二)船舶吃水与所报渔获量不成比例，甚至船身左右不平衡者。
(三)船龄较久之破旧木船，仅能维持机器之堪用者。
(四)借故机器故障或船舱进水等理由，逃避检查者。
(五)舱内和舱面尺寸不符且悬殊很大者。
(六)油柜、水柜干燥，而内外尺寸差距很大者。
(七)船名及编号模糊不清者。
(八)船名经常更换者。
(九)船龄久而破旧，却刻意油漆粉饰表面者。
(十)油柜或水柜之固定横木螺丝有松动现象者。
(十一)船名四周有钉过之洞眼痕迹者。
(十二)国旗标帜四周有钉痕或起动现象者。
(十三)船身有严重碰撞破损现象者。
(十四)船身周边装有导电设备者。
(十五)船舶在外海无故接近或驶靠轮船者。
(十六)进出港时间异常者。
(十七)船舶未经核准擅自增置油罐(桶)并超带船用油料者。
一百二十四、易发生可疑之时机如下：
(一)出海时间长，渔获量少者。
(二)民间庆典节日。
(三)端节、秋节、春节。
(四)天候不良，海上能见度差时。
(五)渔业不景气时。
(六)国家重要庆典活动期间。
(七)国内市场某项货品，有暴利可图时。
一百二十五、船舶之可疑行为如下：
(一)实际作业时与所申报天数不符者。
(二)有情报通知注检者。
(三)擅改船名或船艏与船艉之船名不符者。
(四)船舶外围悬挂绳索于水中者。
(五)无正当理由擅自改变进出港口者。
(六)进出港不由同一安检所检查者。
(七)出海作业有相当时日却无鱼获(或鱼获量少)并伪称机器故障或网具损坏者。
(八)渔具与船舶作业种类不符者。
(九)擅自越区捕鱼者。
(十)借故避风停靠香港或大陆港口者。
(十一)擅载难民或大陆渔民返港者。
(十二)有冒用、伪造、变造船员证件蒙混进出港者。
一百二十六、船舶设备及物品之可疑征候如下：
(一)空鱼箱不多者。
(二)网具不湿且未动用或已破烂不堪用者。
(三)加冰过多或过少者。
(四)故意堆置网具或重物使检查不便者。
(五)携带非作业渔区之航海图者。
(六)船员携带巨额金钱者。
(七)载有不明器具、物质或非船用必需品者。
(八)船上有外国(或大陆)物品及包装纸类者。
(九)作业渔区与鱼货种类不符者。
(十)渔具设备与所捕鱼类不符者。
(十一)鱼货鲜度与作业时间不相称者。
(十二)船上有中药味或其它异味者。
(十三)携带油漆、刷子、木板、锯子、斧头等出海者。
(十四)瓦斯筒、氧气筒或灭火器底被挖空改装或数量较多者。
(十五)超带日用品、电器或大批新渔具及其它非船用物品者。
一百二十七、对于具有可疑征候之船舶，应审慎评估巡防人员、受检船舶、受检船舶人员与财产之安全、发现不法行为可能性、是否影响海上航运贸易与航行自由、是否掌握受检船舶的相关资料等因素后，再行决定是否登临。
一百二十八、登临可疑船舶前，应先以警示灯、气笛、警报器、扩音机、广播、手旗、信号、国际旗号、发光信号等方法，明确要求其停船。其拒绝停船而逃逸者，得依法实施追缉。
一百二十九、登临船舶前，应尽可能接近船舶以目视或望远镜监视船舶上之动态，事先评估现场状况、气象、海况及其它操作上安全因素，以最迅速方式与受检船舶人员沟通。
一百三十、登临船舶前，得以无线电或其它适当方式，先行询问受检船舶下列事项：
(一)船名、船籍、登记编号或呼号。
(二)船舶航行的经纬度及海域。
(三)船舶航行、下锚或捕鱼作业之航向、航速。
(四)船舶天线种类和总数、水位线、渔具、有无其它船舶与其并行航行。
(五)航行目的、运载乘客或货物数据。
(六)最后离开港口及日期。
(七)下一抵达港口及预定抵达日期。
(八)船长或负责人姓名、国籍、出生日期和住所。
(九)船舶所有人姓名、国籍、出生日期和住所。除前项各款外，登船时得依实际情况询问其它事项。
一百三十一、舰、艇、船长或带队官应指定登船小组组长，负责指挥登船小组登船、部署、检查等行动。登船小组应视实际需要，由二人以上具备专业及沟通能力之人员组成。但受检船舶长度超过二十公尺者，应有四人以上人员。
一百三十二、登船小组应携带救生衣、防弹盔、防弹背心、通信器材、轻武器、手套、电筒、照明器具、口哨、指北针、不锈钢两用探剌(耙)等所需之应勤装备。
一百三十三、登船小组登船后，巡防舰、船、艇应与受检船舶保持适当视线距离，全面性监视船上所有活动，不得擅离目标。巡防人员并应保持高度警觉，以随时机动支持或在最短时间内召回登船小组。
一百三十四、登临时应注意下列事项：
(一)登船或跨越时，应注意防止船舶上栏杆或设备可能折断而墬落受伤；进行检查时应注意凸出物以防碰撞伤害。
(二)应注意受检人员动态并保持与原巡防舰、艇、船电讯连系，发现有异状，应即机警灵敏处理。
(三)应遵守刑事诉讼法有关搜索、逮捕规定。
(四)登船检查，应维持良好形象及表现，使受检船舶人员留下正面印象。
(五)应确认巡防人员曾受适当训练、设备充足并有正当理由以执行职务。
一百三十五、夜间登船，应先要求船长打开船舶内部以及甲板上灯光。登船后或分派巡防人员进行船舶检查前，应确认受检船舶上是否置有合法武器，巡防人员得询问：「船长，船上有无放置任何武器？」如为肯定，应要求受检船舶船长陈述合法武器之位置，但不需要求展示武器。同时，巡防人员应要求受检船舶船长将武器放在船舱内不得带至甲板上。登船后应由登船小组长指挥，采取必要之检查部署，并向受检船舶船长或代理人表明身分及说明登船检查之理由后，由船长或其指定人员陪同检查。
一百三十六、登船后应先以快速且局部方式为船舶之安全检查，以确认船舶上有无任何危及安全状况，并确定船舶适航性。受检查船舶之人员不具威胁性时，应以柔性方式召集查验，经查验完毕后，应允许其自由活动。登船检查之范围，应依船舶大小、种类、状况、船员行为及潜在危险而定。
一百三十七、有下列情形经客观、合理怀疑受检船舶上有特定危险，将危害登船小组人员安全者，得针对怀疑之危险处所实施细部检查：
(一)发现任何危险情况或危险物品。
(二)已知受检船舶上置有武器，得进行细部检查找出武器，并在可能情况下加以监管，以保护人员之安全。
(三)检查可以容纳个人的空间，以确定受检船舶上是否有躲藏、失踪或身分不明人员。
一百三十八、实施检查之程序如下：
(一)登船检查人员应在登船小组组长指挥下，采取必要之检查部署，至少双人制(一人持武器警戒，另一人检查)，并得视情况增加之。
(二)先行查核其国籍证书及其它文件，若仍认有违法嫌疑，得以询问、检视、保全证据等方式为之。但不得逾越必要之程度。
(三)应确认受检船舶之船籍港、出发港、目的港及航行文件，并令其出示航行日志、报关簿册、船员证及相关文件。
(四)基于职权对受检船舶乘员、旅客为必要之询问。询问船长、船员之姓名、出生日期、出生地、国籍、住居所、身分证字号及护照或其它身分证明文件。
(五)检查过程发现可疑情形，有正当理由认其有违法之虞，始得会同船员检查私人空间及物品。
(六)依法填写检查文书之检查纪录表，对于涉及不法行为应制作相关通知书及笔录或采取搜证措施。
(七)船舶检查活动应遵守相关法令规定，检查过程中发现任何犯罪活动证据，应立即展开刑事调查。
一百三十九、实施检查应注意下列事项：
(一)登船前应注意受检船舶船位及与巡防舰艇之相关方位，以防登船后迷航。
(二)登船小组组长应尽可能找出有关船舶空间及所载货物相关数据，以评估该受检船舶可能对检查人员造成之威胁。
(三)当船舶之封闭空间可能藏有危险物品，或氧气不足时，应待详细检查确定安全无虞后，方得进入。
(四)应要求受检船筏开启船舱内外灯光、以利检查监视维护检查人员安全。
(五)善用探照灯并注意船员之行动，随时注意船员之举止神态以利查觉破绽，特别是船员是否投弃货物于海中或其它可疑行为。
(六)登船实施检查时，检查人员不宜分散，以免遭受攻击或利诱。
(七)检查人员有危险或发现私货需协助时，应以手势或吹哨或使用信号，召唤其它人员支持。
(八)检查发现走私枪械、毒品时，应不动声色先将船员集中控制后，立即带返巡防舰、艇、船，以免发生正面冲突。
(九)登检时应避免碰撞引发赔偿纠纷。检查过程中造成受检船舶损害者，检查登检人员应向该船船长说明请求损害赔偿之程序，并提供所需表格。
(十)遇遭挟持等紧急状况应沉着应变，避免伤亡，注意船位、航向、航速、时间，利用机会适时反击，并利用通信机具与母船连络。
一百四十、执行检查时应随时注意摄影、拍照、存证：
(一)检查行为开始后，人员之询问、各舱间及密舱、密窝之检查工作等，应全程录像。
(二)检查过程应详实录像、照相，并作好搜证工作。
(三)检查过程发现任何犯罪的证据，应立即展开刑事调查，并且全程录像。
一百四十一、有正当理由认受检人有身带物件，且有违法之虞时，得令其交验该项对象，如经拒绝，得搜索其身体。搜索身体时，应有巡防机关人员二人以上或巡防机关人员以外之第三人在场。
前项搜索妇女之身体，应命妇女行之。
一百四十二、对于内水、领海、邻接区、专属经济海域或大陆礁层之外国船舶，有相当理由认其有违法之虞，拒绝停船命令而逃逸者，得继续不中断实施紧追予以逮捕。但该船进入其本国或第
三国领海时，应立即停止。
一百四十三、实施紧追时，应依下列程序为之：
(一)应依客观合理判断认该船舶有违法之虞或对其违法情事具有管辖权。
(二)在船舶视听所及的距离内发出视觉或听觉的停驶信号，明确要求其停船。
(三)开始实施紧追时，应以无线电向勤务指挥中心通报紧追之原因、时间、地点、船舶名称或特征。
(四)实施紧追时应继续不中断，必要时得请求友军协助或交互接替之。
(五)武力之行使，应以阻止船舶继续行使为目的，并不得逾越必要之程度。
(六)实施紧追所采取之作为及过程，应以适当之方法加以记录或存证。
一百四十四、实施紧追应注意下列事项：
(一)开始实施紧追时，应确认其位于内水、领海、邻接区、专属经济海域中而有违反本国相关法令者。
(二)母船在领海外，其子船在领海或内水中，母船视为在领海或内水之中。
(三)数艘船舶之共同违法行为，其船舶分别位于领海外及领海或内水中者，领海外之船舶视为在领海或内水之中。
一百四十五、对于进入我国管辖海域内航行之船舶或其它水上运输工具，如有损害中华民国海域之利益及危害海域秩序行为或影响安全之虞者，认为有违反中华民国相关法令之虞时，或限制、禁止水域内，查获未经许可入境之大陆地区人民、香港或澳门居民，或大陆船员违反法令时，得强制驱离我国管辖海域。
一百四十六、实施驱离时，应依下列程序为之：
(一)针对违法行为进行拍照、摄影搜证，必要时进行登临检查。
(二)通报勤务指挥中心。
(三)告知驱离之理由。
(四)对违法船舶发出驱离命令。
(五)确定被驱离对象已离境。
(六)建立书面数据相关纪录，以供日后查处左证。
一百四十七、实施驱离应注意下列事项：
(一)驱离应对本国以外之船舶为之。
(二)驱离时应注意本身船舶之安全，加强船艏、艉警戒，实施警戒部署，避免对方船舶之恶意碰撞。
(三)应明确告知驱离之理由。
(四)外国船舶、大陆船舶、人民、香港或澳门居民驱离，均应驱离至二十四浬外。
一百四十八、大陆船舶有下列情形之一者，为驱离无效，得扣留之：
(一)经驱离原地不动、不理、不走者。
(二)拒绝登船检查者。
(三)经驱离有明显假藉收网拖延不走。
(四)经驱离至十二或二十四浬，去而复返者。
(五)经驱离当日复返者。
(六)经驱离第二次以上者。
(七)经驱离而有不合作或敌对行为者。
(八)其它经主管机关依现场情况执行，经驱离无效者。
一百四十九、行政机关为阻止犯罪、危害之发生或避免急迫危险，而有即时处置之必要时，得为实时强制。
实时强制方法如下：
(一)对于人之管束。
(二)对于物之扣留、使用、处置或限制其使用。
(三)对于住宅、建筑物或其它处所之进入。
(四)其它依法定职权所为之必要处置。
一百五十、对于人之管束，以合于下列情形之一者为限：
(一)疯狂或酗酒泥醉，非管束不能救护其生命、身体之危险，及预防他人生命、身体之危险者。
(二)意图自杀，非管束不能救护其生命者。
(三)暴行或斗殴，非管束不能预防其伤害者。
(四)其它认为必须救护或有害公共安全之虞，非管束不能救护或不能预防危害者。
前项管束，不得逾二十四小时。
一百五十一、军器、凶器及其它危险物，为预防危害之必要，得扣留之。扣留之物，除依法应没收、没入、毁弃或应变价发还者外，其扣留期间不得逾三十日。但扣留之原因未消失时，得延长之，延长期间不得逾两个月。扣留之物无继续扣留必要者，应即发还；于一年内无人领取或无法发还者，其所有权归属国库；其应变价发还者，亦同。
一百五十二、遇有天灾、事变或交通上、卫生上或公共安全上有危害情形，非使用或处置其土地、住宅、建筑物、物品或限制其使用，不能达防护之目的时，得使用、处置或限制其使用。
一百五十三、对于住宅、建筑物或其它处所之进入，以人民之生命、身体、财产有迫切之危害，非进入不能救护者为限。
一百五十四、港口、河川等内陆水域于本署能力所及范围，得于其它机关依行政程序法或其它法规规定，请求协助或委托后，执行之。
一百五十五、重大或特殊之案件，影响深远，结案后，为汲取经验与教训，应由侦破单位于各级会报中提报检讨，或制成案例教育教材，函发同仁阅读，以提升执法能力。
一百五十六、各单位应依本规范所定之装备、训练、规定等事项，利用各项勤务时机，加强教育演练。
一百五十七、本规范应依主官、勤务指挥及业务等系统，加强督导考核。
