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民国91年07月03日修正
第1条 本规则依加工出口区设置管理条例(以下简称本条例)第五条规定订之。
第2条 本规则规定事项，由加工出口区管理处(以下简称管理处)，各加工出口区分处(以下简称分处)，及依本条例第九条规定设立之单位执行之。
第3条 区内事业之设立、合并、增资、减资、撤资及变更投资计画，应检具申请书，向所在区管理处或分处提出申请。
前项申请书之格式及应送份数，由管理处定之。
第4条 区内事业设立、合并、增资、减资及变更投资计画申请案，除经授权管理处、分处径行核定者外，分处应于一周内拟具初审意见送管理处，管理处于一个月内审查核定，并就核定内容及应行洽办事项通知申请人。
第5条 区内事业经核准设立后，应依有关规定向所在区管理处或分处申请办理公司登记或商业登记。
前项登记，如有变更、解散或歇业时，应于事实发生之日起十五日内申请办理变更、解散或歇业登记。
管理处或分处办理公司登记或商业登记，应副知当地税捐稽征机关，并于核定后公告其登记事项。
第6条 经核准设立、合并、增资之区内事业，应按计画于核定之日起二年内完成；如因实际困难未能按计画开始或完成者，得于期限届满前向所在区管理处或分处申请展期。
第7条 区内事业投资计画之生产设备如有变更时，应于投资计画完成取得开工许可前，向所在区管理处或分处提出修正前后之对照表申请核备。
第8条 区内事业于投资计画完成，并依第二十四条之规定取得开工许可后，因生产上需要，得先行购置增资扩展之生产设备。但应于该生产设备进区日起一年内提出增资计画及申请审定投资额；逾期者，其所增加之资金，视为投资计画外之投资。
第9条 区内事业经核准以分支机构型态设于加工出口区内者，会计科目、帐簿、凭证及报告表应行独立，销售额应向所在地稽征机关申报。
第10条 区内事业如拟迁往课税区、转投资课税区或在课税区设置分支机构，应依本条例及公司法或商业登记法之有关规定办理。
第11条 申请在加工出口区区内设立区内事业之投资人(以下简称投资人)，向所在区管理处或分处申请预订公有土地或厂房者，应于提出投资申请以前，按下列标准缴存预约金及签订预约书：
一、土地预约金：按预订土地面积六个月之租金标准计算之。
二、厂房预约金：预购者按预订厂房面积售价百分之五计算，预租者按厂房面积一年之租金计算之。
前项投资人向所在区私有权人预定、租、购土地或厂房者，应于提出投资申请时，检附土地或厂房使用证明书或其它相关证明文件。
前二项投资人之代表人，于法人未成立前，以该法人之代表于预约及提出投资计画时，应在代表人名义下注明：「预定创设法人之名义(即预定公司)筹备处代表人」其资金来源并应为法人筹备处之名义项下。
区内事业因增资、合并或扩充投资计画而需增租、购厂房或租地时，准用第一项或第二项之规定。
第12条 核配厂房优先级如下：
一、依本条例第十二条第四项得优先核配者。
二、区内事业因事业需要扩充，经提出扩充计画业经核准，并已依前条之规定缴纳预约金者。
三、新投资核准通知书内载明，俟有厂房出让时优先核配，并已依前条之规定缴纳预约金者。
四、区内事业使用之厂房，因无法适应业务需要，须另购适当之厂房，并已向管理处或分处办理登记且依前条之规定缴纳预约金者。
第13条 投资人缴存预约金后，应于二周内提出投资申请书；逾期预订之土地或厂房，不予保留，预约金无息退还；如有正当理由者，经申请核准，得酌予延期。
第14条 区内事业申请投资案如未经核准，所缴存之土地或厂房预约金，由所在区管理处或分处无息退还。如经核准设立，由所在区管理处或分处依预约核配租用土地面积或租售厂房面积通知申请人，并依第十五条规定签约完成后，所缴之土地或厂房预约金悉数无息发还；逾期未完成签约手续，所缴预约金不得请求返还。但有正当理由，经管理处或分处准予延期者，不在此限。
区内事业因增资、合并或扩充投资计画而增租、购厂房或租地时，所缴预土地法之规定办理，期满得更新租约。
第15条 区内事业承租土地或租、购厂房，应于管理处或分处通知核配出租土地或租、购厂房之日起三十日内照核配面积签订租、购契约，其租期依约金之退还或不得请求返还，准用前项规定。
区内事业自订约之日起，依约缴纳租金或价款，并负担公共设施建设费用。但经管理处或分处于投资案核准后，租约签订前使用该土地或厂房者，应溯自核准使用之日起缴纳。
前项区内事业预购新建之厂房者，以新建完工通知到达之日为核配起算日。
第16条 区内事业租用土地自行兴建厂房者，应于租约订立后三个月内向所在区管理处或分处依建筑法规定申请建筑许可，领有建造执照后，动工兴建，并依建筑法相关规定办理。
第17条 区内事业未依前条规定动工兴建厂房并如限完工者，所在区管理处或分处得终止土地租约，并由管理处撤销其投资案，已缴租金不予退还，土地由所在区管理处或分处收回另行处理；如该地上已有工事或变更地貌之情形时，区内事业应负恢复原状之责。但其工事或变更地貌无碍于他人使用者，经所在区管理处或分处之核准，得免负恢复原状之责。
第18条 在区内营业之事业租用土地或厂房，应以其业务实际需要者为限，在租用期间内有部分或全部不需用时，得向所在区管理处或分处申请退租，不得转租或转借。但厂房经管理处或分处同意者，不在此限。
前项已缴之租金及公共设施建设费于退还、转租或转借时，不予退还。
在区内营业之事业所有之厂房，其出租或出借之对象，限于区内已核准设立之在区内营业之事业，并向所在区管理处或分处报备。
第19条 区内事业使用之厂房出让时，应先向所在区管理处或分处申请登记，让受双方议订价格后，报管理处或分处核备；如有本条例第十二条第二项第三款规定之情事者，得依法办理价购或征购。
第20条 加工出口区内之各种建筑，应采用不燃材料构造，并以永久性建筑为原则。
第21条 加工出口区内之建筑线，由所在区管理处或分处指定之。
第22条 在区内营业之事业因工程上之必要，或堆置材料，需使用或破坏区内公共设施者，应先行申请所在区管理处或分处核准，并依限恢复原状。
第23条 依本条例第十一条规定投资兴建厂房者，应依相关法令规定设计之，并应拟具投资兴建厂房计画，包括财务计画、兴建面积、分期或一次兴建、租售办法等，先行送管理处核准之；所需用地，应于核准投资后凭平面配置核定之。
第24条 区内事业办公场所、工厂内机器设备之装置、安全卫生设施、劳动条件、污染防治及消防设备等事项，应于开业、开工前向所在区管理处或分处申请检查，管理处或分处应于接受申请后五日内检查完毕；经检查合于规定并按照投资计画实施者，准予开业、开工。
区内事业依前项规定准予开业、开工后，其所在区管理处或分处，应每年定期或不定期检查；检查发现应行改善事项，依照劳工、消防及环境保护有关法规处理。
第25条 区内事业必须在区内值勤之员工，应将姓名及职务等列表送所在区警察队随时抽查核对之。
第26条 区内事业之员工医疗保健除依法设有医疗卫生单位自行办理者外，应委托所在区卫生保健单位办理之。
前项委托办理之区内事业，应按其员工人数缴纳卫生保健费；其费用标准，由管理处核定之。
第27条 区内事业未办妥公司登记或商业登记前，得凭管理处投资案核准函，申请签证输入相关自用机器设备或原料。
第28条 区内事业输出货品需申请原产地证明书者，应依经济部订定之原产地证明书相关规定办理。
第29条 区内事业输出货品系外货复出口者，得检具下列文件，向所在区管理处或分处申请核发再出口证明：
一再出口证明申请书。
二、货品经海关放行之输出证明文件。
三、原进口证明文件。
四、原产国核发之产地证明书。
区内事业在货品放行前，申请核发再出口证明时，应检附具结书，并于一个月内补送货品经海关放行之输出证明文件。
第30条 区内事业输出货品时，应依货品输出管理办法产地标示规定标示产地。
依前项办法规定须项目核准者，得向所在区管理处或分处申请。
第31条 区内事业输出入货品，其属贸易主管机关公告限制输出入货品项目者，应依货品输出管理办法及货品输入管理办法之输出入规定，填送输出入许可证申请书及依其它相关规定应附缴之书件向所在区管理处或分处办理。
前项货品如为输往设限地区之纺织品，应向管理处委托之财团法人中华民国纺织业拓展会办理。
第32条 区内事业输出货品，其属贸易主管机关公告之战略性高科技货品种类者，应依战略性高科技货品输出入管理办法之规定，填送高科技货品输出许可证申请书及依其它相关规定应附缴之书件向所在区管理处或分处办理。
第33条 区内事业依第三十一条规定申请输出入许可证采与计算机联机或电子资料传输，经计算机记录有案者，视为已依规定办理，不另发给书面输出入许可证。
第34条 区内事业自保税工厂或科学工业园区输入货品，除其它法令另有规定外，免向所在区管理处或分处办理签证；自保税仓库输入货品，应依第三十一条规定办理。
区内事业货品输往保税工厂、科学工业园区或保税仓库，除其它法令另有规定外，免向所在区管理处或分处办理签证。
第35条 区内事业由国外输入加工出口区之度量衡器及计量器，免予检定。但应加注「某某加工出口区专用，不得输入课税区」字样或标记。
第36条 区内事业自国外输入之货品，除依第三十一条及本条例施行细则(以下简称本细则)第三十八条规定办理外，应卸存区内经海关核准登记之货栈、货柜集散站或指定地点。
前项货品得申请海关核准在区内事业厂区或其它指定地点查验或完成手续后放行。
前二项货品如系零星输入，其件数在十件以下，每件毛重未逾二十公斤，或其价值在货品输入管理办法规定免办签证限额(以下简称输入免签证限额)以下者，得附区内事业零星输入加封交运进区申请书，申请输入地海关加封后，交由该事业指派人员携带进区，并于进区时，向海关申请验放进厂。
第37条 区内事业依本细则第三十四条第二项第二款规定自课税区输入之货品，如须掉换时，得检附原加工出口区区内事业自课税区输入未办减免税货品至加工出口区申请书第三联申请海关签注查验放行；换回时，仍凭该第三联申请海关查验放行。
第38条 区内事业输往课税区或依本细则第三十四条第二项第一款规定自课税区输入之货品，如需掉换时，应于出、进区之翌日起六个月内，填具报单，检附原出、进区证明文件影本向海关申请核准。
前项货品出、进区逾六个月而需要掉换时，准用第四十一条之验放程序办理掉换货品手续。
第39条 区内事业货品输往国外时，除依第三十一条规定办理外，应将货品存放海关核准登记之出口货栈或其它指定地点，并检附装箱单、下货单及其它有关文件，向海关办理报关。但货品以整装货柜装运输出者，得径存放于区内事业场所。
前项货品，经海关放行后，由其派员押运或监视装入保税卡车、货箱或货柜加封后，交由运送人运往输出地港口或机场，并由输出地海关关员验封押卸并监视装船或装机。但由与加工出口区邻接之港埠、机场输出者，以免办加封或押运手续为原则。
前二项货品，其件数在十件以下，每件毛重未逾二十公斤，或其价值在货品输出管理办法规定免办签证限额(以下简称输出免签证限额)以下者，得经海关在办公室或指定地点验放后，以挂号包裹方式邮寄；或交由买方或卖方指派之人员携带出区。但在运送途中遗失者，依关税法规办理。
第40条 区内事业货品输往保税工厂或保税仓库时，除依第三十四条第二项及本细则第三十五条之一规定办理外，准用前条规定办理。
第41条 区内事业输往课税区之货品，应存放区内海关指定货栈或地点，并检附装箱单及其它有关文件，向海关办理通关手续，依本条例第十三条第二项之规定课征关税。
第42条 区内事业接受课税区厂商转接之外销订单，而以课税区厂商名义由加工出口区输出者，除应依第三十一条规定办理外，区内事业或其委托之报关人递送出口报单时，应在报单正本「货物输出人及统一编号」栏内，以课税区厂商名义资料填报，「其它申报事项」栏内注明：「本批货物系由加工出口区某某公司生产制造或提供，准予出口，出口厂商不得申请退税」字样。
区内事业应于次月十五日前将上月以课税区厂商名义申报之报单影本送管理处或分处备查。
第43条 各加工出口区相互间或与科学工业园区间之货品运送，应依本细则第三十五条之一规定办理；其经加封或押运送达他区时，由该区海关核对封条完整或相符后，即予放行入厂，除有必要者外，免再查验，并以加签后之报单副本退回发货地海关销案。
前项货品，区内事业可向海关申请在其厂区内直接监视装车，货品不须进仓。但在输出或输入免签证限额以下者，得经海关在办公室或指定地点办理验放后邮寄，或交由发受货品者指派之人员携带出区；进区时，由该区海关核对封条完整或相符即放行入厂，除有必要者外，免再查验，邮寄者亦同；如在运送途中遗失，依关税法规办理。
第44条 区内事业将货品售与或运送与同区内其它区内事业供生产或转运之用者，买卖或发受货双方得免签证及报关，径行交货。但应于次月十五日前，向所在区管理处或分处申报交易金额。
第45条 区内事业免税输入之货品因修理、测试或检验，须送至课税区处理者，依本细则第三十六条之规定，得填具加工出口区货品运往课税区处理查验联单(以下简称联单)向所在区管理处或分处申请运出区外处理。
前项申请，经管理处或分处核准并附以运回期限后，区内事业凭以向海关申请验放。但价值超过一定限额之货品，应向海关办理报关。
前项所称一定限额，由管理处会同海关公告之。
第46条 区内事业依前条规定出区之货品，应于六个月内处理完竣，运回区内；其有特殊情形不能如期运回时，应于到期前申请延期，延长期限不得超过六个月。
依前项规定运回区内时，持原核准出区联单送请海关查验，并在联单运回查核栏签章后，将原联单送还管理处或分处销案。但采网络申请方式出区者，由海关直接将运回讯息传输管理处或分处。
第47条 区内事业将免税货品委托课税区厂商加工者，依本细则第三十二条规定，应填具委托加工申报书，并检附下列文件，向管理处或分处申请核准：
一、区内事业之公司登记或商业登记之证明文件影本(仅首次申请者须检附)。
二、受托厂商之工厂登记证影本。
三、委托加工合约书或订单影本。
四、加工前后之样品或图说一份(前有核准案例者免附)。
五、前有核准案例者之核准函影本。
前项货品运往课税区加工时，应检附经管理处或分处核准之委托加工申报书、装箱单及有关文件向海关办理出区手续，并得分批出入区；运回时，持原出区时申报之相关文件，径向海关申请验放销案。
第一项货品如属于无外流之虞或急需试作之低价少量货品或适用零税率之货品，且查验无困难者，得填具联单，向管理处或分处申请核准后，径向海关申请查验放行出区，并于一个月内向管理处或分处办理销案。
前项低价少量货品种类，由管理处会商海关公告之。
第48条 区内事业接受课税区厂商委托加工者，应检附委托加工合约书或订单影本、委托加工厂商之公司登记或商业登记之证明文件影本及加工前后之样品或图说，说明加工过程及所使用或添加之原料，向管理处或分处申请核准后办理。
前项货品进出区时，应向海关办理报关手续。
第49条 区内事业输往课税区加工之货品，经加工后所产生之废品下脚，应于最后一批加工品运回前随同运回，另按加工出口区区内事业之废品下脚处理办法规定处理。但经补征税捐或申请海关认定无商业价值或适用零税率者，得免运回。
第50条 区内事业将样品、广告品送往课税区陈列、展示或试用，准用第四十五条及第四十六条规定办理。
前项货品如系售与或赠送课税区厂商，且每次携出之货品价值未逾货物样品进口通关办法免税限额规定者，得填具加工出口区区内事业样品、广告品免破坏或经破坏后送往课税区申请书，依下列规定办理出区：
一、货品未经破坏或涂损者，由海关核估货价后查验放行。但每月出区金额累计不得超过新台币三万六千元，且应于次月十五日前填具报单，检附原出区申请书第二联，向海关汇总申报。
二、货品经破坏或涂损至无商业价值后，免办报关手续，径向海关申请查验放行。但每日以二次为限，或将二次出区数量汇总为一次出区，每月出区金额累计不得超过新台币十万元，与前款出区金额合计不得超过新台币十三万六千元。
前项第二款货品项目、数量及破坏或涂损认定基准，由管理处会同海关公告之。
第51条 区内事业将样品、广告品携往国外，其价值在输出免签证限额以下者，得填具联单，经管理处或分处核准后，径向海关申请查验或加封后放行出区，并于一个月内检附出口地海关之出口证明文件向管理处或分处办理销案；逾期未办理销案者，应依海关相关规定办理。
第52条 自课税区携入之一般物品，或区内事业自课税区随同货品输入之包装品或容器，其仍须携出区外，而此项物品易与区内事业之产品、机器设备、原料、物料、燃料、半制品、废品下脚混淆、难于辨认证明者，于入出区时，应向出入口驻哨人员办理一般物品入、出区登记，并经核对后放行。
前项所称一般物品，指区内事业之产品、机器设备、原料、燃料、物料、半制品及其所产生之废品下脚以外之货品。
第53条 自加工出口区内邮局寄出区外之包裹，除一般物品，得径交邮局寄发外；其它非一般物品，应依加工出口区有关之规定办理输出或出区手续。
海关对于前项寄出区外之包裹，得予以检查或查验。
第54条 区内事业经海关核准实施保税货品之帐册管理者(以下简称实施帐管事业)，其货品及出入区之管理，依本章规定；本章未规定事项，依其它有关规定办理。
第55条 本章所称实施帐册管理货品，指下列货品：
一、依本条例第十三条规定自国外免征进口税捐之机器设备、原料、燃料、物料、半制品、样品及供贸易、仓储业转运用成品。
二、依本条例第十七条规定，由课税区厂商售与之货品，并须办理冲退进口税捐者。
三、自保税工厂、保税仓库、科学工业园区、加工出口区(含同一加工出口区)或其它保税范围免税输入之视同进出口货品。
四、项目进口大陆物品。
五、前四款货品经加工制造之半成品或成品。
第56条 实施帐管事业依本细则第三十九条之一输出入货品时，得自行点验进出区
(厂)；货品出区时，应由实施帐管事业报经海关核准之保税业务人员依规定填具加工出口区货品出区(厂)放行单，经自行点验后放行，出区时，将放行单交由出入口驻哨人员收执。
前项放行单，应先报请海关验印后依号码顺序开具；如经海关核准以计算机打印者，免予验印，其号码序号之使用应先向海关申请核备，公司存查联得以电子媒体储存备查。
第一项货品，除依规定须事先报经海关复核文件或查验者外，如属须填具报单申报者，得先凭交易凭证及装箱单等文件，自行点验后进出区(厂)登帐，并按月汇报。
按月汇报案件，应以最后一批货品进出区日期视同输出入日期，于次月十五日前填具报单，向海关办理通关手续。
第57条 实施帐管事业，应指定二名以上具有高中(职)毕业以上学历，并经海关举办保税业务人员讲习取得结业证书之保税业务人员专办保税业务，并报请海关核准后副知管理处或分处。
前项保税业务人员应办理下列各项业务：
一、保税货品进出区(厂)之点验。
二、各种有关帐册、报表与文件之编制、核对签证、造送、登记、整理、归档及保管等工作。
三、其它依海关业务需要，应办理之事项。
前项之保税业务，管理处、分处或海关得派员随时抽查或复验，如经发现未据实记载或办理者；依本条例第二十三条或海关缉私条例规定办理。
第58条 实施帐管事业应于办理接管盘存，或制造新产品后一个月内，且产品未出区前，造具各种产品单位用料清表(以下简称用料清表)一式二份，检附制造程序说明书，报请海关审核；未经报请海关审核而产品已先行出区致无法审核者，不予除帐；如因使用原料之用量不易确定时，报请审核之期限得延长为三个月。但出口产品如为样品，得于出口后一个月内送达海关审核，逾期不予除帐。
前项文件，海关应于收文后一个月内审定，并将其中一份发还实施帐管事业作为核销保税帐册之依据，一份留存海关。
实施帐管事业原送之用料清表如有变动，应另制新表或变更清表向海关申请重新审核，经审定者以海关收文日期为使用新表日期。
实施帐管事业所使用之原料，其性质及功能相近而可相互替代流用者，应于用料清表上列明，并经海关审定后，方得于年度结算时合并计算。
实施帐管事业产品核销保税原料，一律按用料清表审定之应用数量除帐；生产过程中所产生之下脚及废料，未在用料清表用料量中另列有损耗率或未经核准者，经管理处或分处、海关及税捐稽征机关会同监毁后，得核实冲销保税原料帐。
用料清表之适用期限为自海关核准日起三年，期限届满前应重新申请审定。
用料清表得经海关核准以电子媒体录制申报。
第59条 实施帐管事业应分别备置原料(含物料、燃料，以下同)、成品及机器设备、转运用成品帐册报请海关验印，验印后应依海关规定详细记录原料及成品进、出仓数量、仓库结存数量、机器设备、转运用成品之动态纪录等，以供管理处、分处或海关随时查核。
前项帐册以计算机处理者，应将进出厂之有关资料，依规定期限输入建档，并按月印制替代帐册之报表，于次月二十日前印妥备查。
前项替代帐册之报表，得经海关核准以电子媒体录制，依前项规定期限送海关备查。
实施帐管事业输入之非保税原料，如可与其它保税原料相互替代流用者，应一并登列于原料帐管理，并于年度结算时分项列明，合并计算。
第60条 本章所定之帐册及报表应依照海关规定格式印制使用。但事先报经海关核可者，不在此限。
第61条 实施帐管事业有关保税之帐册及编制之报表，应于年度盘点结束后，并同有关之凭证保存五年。
前项帐册、报表及有关之凭证，实施帐管事业得于盘点结束后报经海关核准，以微缩影片、磁带、磁盘片、光盘片或其它电子媒体等按序摄录后依规定年限保存，其原始单证得予销毁。但海关依法进行查案时，如须复印单证及有关文件，实施帐管事业应负责提供。
管理处、分处或海关因稽核或监管需要，除得查阅保税帐册、报表外，并得派员持凭公文查阅其它帐册、报表及凭证，实施帐管事业不得拒绝。
第62条 实施帐管事业之保税货品应依序存放固定之仓库或场所，并编号置卡随时记录其存入、领出及结存数量以备查核；其经海关核准以计算机处理代替记录卡者，应随时将保税货品进出仓资料输入建文件。
前项存放保税货品之仓库或场所，由实施帐管事业负责看管；如有私运保税货品出区之情事者，依本条例第二十六条规定办理。
实施帐管事业连续停工十日以上者，应向监管海关报备。
第63条 实施帐管事业经海关完成辅导，开始实施帐册管理前，应订定盘存日期，洽请海关派员会同盘存。但委由会计师办理盘存并签证者，海关得径予认定免再盘存。
依前项规定盘存之原料、在制品、半成品、成品及机器设备数量，应列入保税货品控管。但实施帐管事业得检具相关证明文件或凭证，报经海关核准改列为非保税货品。
实施帐管事业应每年办理盘存一次，并应于年度盘存前编列保税原料、在制品、半成品、成品及机器设备盘存清册，以凭查核，除事先经海关核准委由会计师办理盘存并签证者外，应由海关派员会同办理；年度盘存之盘存日期距上年度盘存日期最短不得少于十个月，最长不得超过十四个月；其有特殊情形，事先报经海关核准者，得酌予提前或延长。但海关或管理处、分处认有必要时，得随时予以盘存。
第一项及前项之盘存，事后发现错误时，应于盘存后二周内，在该项货品未动用前，向海关申请复查，逾期不予受理。
实施帐管事业如因产能所需致生产线无法中断者，得向海关申请核准实施不停工盘存或假日盘存。
第64条 实施帐管事业应于盘存后三个月内，根据盘存清册，编制保税原料、机器设备、转运用成品之盘存统计表及保税结算报告表，检附在制品、半成品、成品盘存数折合原料分析表、出口及内销成品折合原料分析表送请海关审核；上列报表经事先申请海关核准，委由办理盘存之会计师签证，并于盘存日起三个月内完成签证送交海关，海关得免予审查。但有特殊原因经申请海关核准者，得延长一个月，并以一次为限。
实施帐管事业机器设备若无盘盈、盘亏者，得免编制机器设备盘存统计表及保税结算报告表。
第一项在制品、半成品、成品盘存数折合原料分析表、出口及内销成品折合原料分析表，得经海关核准以电子媒体录制送交海关审核。
第65条 实施帐管事业依前条规定办理盘存之保税货品与当年度帐面结存数量不符时，依下列规定办理：
一、实际盘存数量少于帐面结存数量，如未逾盘差容许率者，准免补缴税捐；逾盘差容许率者，应依海关相关规定办理。
二、实际盘存数量多于帐面结存数量，除应将超过部分之差额并入结存数外，并应说明理由；如系用料清表所列产品用料量偏高，应修订用料清表，供次年度结算时使用。
实施帐管事业之同一种类或可相互替代流用之原料，如部分为保税，部分为非保税，于年度结算时应一并列入盘存，并按实际使用数量冲销保税及非保税原料帐；未能查明其实际使用数量者，应优先冲销保税原料数量；非保税原料发生盘差者，免予补税。
实施帐管事业原料盘差容许率比照海关管理保税工厂分业分类原料盘差容许率表办理之。
第66条 实施帐管事业存仓或在制之保税货品失窃而致短少，经向警察机关报案取得证明，报请海关查明属实者，应自失窃之翌日起三个月内补税除帐；其有特殊情形，报经海关核准者，得申请提供保证金暂免补税。但最长不得超过六个月，期满后如仍未找回，即将保证金抵缴税款结案，找回之部份，海关应将保证金退还。
第67条 实施帐管事业之保税机器设备输入届满五年后，由实施帐管事业报经海关核准后除帐；出区时，凭加工出口区货品出区(厂)放行单出区，毋须报关。
第68条 实施帐管事业于撤销或解散前，应依下列规定办理结束盘存：
一、实施帐管事业应向海关洽订或由海关径予订定盘存日期并办理盘存。
二、海关应视实际情形将保税货品封存于实施帐管事业之内或管理处、分处指定之地点。
三、盘存之保税货品如应补缴税捐者，实施帐管事业应填具报单；其盘存数少于帐面结存数者，应依海关相关规定办理。
四、实施帐管事业盘存之保税货品，非经补税不得输往课税区。但因实施帐管事业宣告破产者，依破产法及其相关规定办理；在海关未发单征税前，如因生产或外销之需要，得由实施帐管事业提供相当之保证金或担保，经海关核准后提领使用，并应于提领之翌日起一年内检附出口证明文件向海关办理销案，逾期未销案者，由海关就保证金或担保依关税法相关规定办理。
经撤销或解散之实施帐管事业未能办理前项结束盘存时，海关得径依帐面结存数课征应补税捐。
第69条 实施帐管事业之保税货品出入厂(仓)，应于三日内登帐。但自国外进口者，于海关放行后七日内登帐。
第70条 实施帐管事业自国外输入之货品，依第三十六条规定办理。但经向进口地海关报关及符合本细则第三十九条之一第二项特定条件者，得凭海关通关文件于海关放行后，自行点验进区(厂)。
实施帐管事业符合第三十六条第三项规定之小额或小量货品，应向海关办理报关手续后，始得自行点验进区(厂)。
第71条 实施帐管事业货品输出国外时，依第三十九条规定办理。但于出口地办理通关手续及符合本细则第三十九条之一第二项特定条件之货品，得开具放行单自行点验出区(厂)。
实施帐管事业符合第三十九条第三项规定之小额或小量货品，得填具携带区内事业货品出口申请书，自行点验出区(厂)。但应于出区后一个月内检附出口地海关之出口证明文件办理销案；逾期未办理销案者，应依海关相关规定办理。
第72条 实施帐管事业产品输出国外时，应于报单上注明经海关审定之用料清表文号；其未经审定者，注明海关收受之申请书号码。
前项产品由其它厂商或贸易商报运出口者，应于报单上注明「本批货品系由加工出口区某某公司供应，除该公司得申请除帐外，出口厂商不得申请退税」字样，于出口后除帐。
实施帐管事业应于次月十五日前将前项之出口报单影本送管理处或分处备查。
第73条 实施帐管事业将保税货品售与同区内其它区内事业，买卖双方应于交易后五日内联名填具区内事业交易申报书，向海关申报。
实施帐管事业间非交易性之交付、收受保税货品，依前项规定办理。
前二项业务，得比照第五十六条规定方式，于次月十五日前办理按月汇总申报。
实施帐管事业应于前项规定期限前，向管理处或分处申报第一项之交易金额。
第74条 课税区厂商售与实施帐管事业之货品，其须申请减免税或退税者，应由买卖双方联名填具报单，向海关申报，经海关放行后发给视同出口证明文件。
前项货品发生退货情事时，应于进厂后六个月内，由买卖双方联名填具报单，检附原进区证明文件影本，报经海关核准后办理出区；原已发给之视同出口证明文件，应缴回注销；其已办理冲退或减免税捐者，应缴回已冲退税款，并经通知所属税捐稽征机关，始可出区。
进厂逾六个月之退货，应按一般进口程序办理进口通关手续，并依法课税。
第75条 实施帐管事业内销课税区之保税货品，除依第三十一条规定办理外，得依下列规定办理按月汇报：
一、向海关提供相当担保。
二、设置按月汇报内销登记簿，于出厂前按出厂批数逐批登记内销日期、品名、规格、数量、价格及预估税额后，于担保金额内先行提货出厂。但经核准使用计算机登帐，且其办理按月汇报之报单号码，可由卖方事先确定，并据以登入原料帐及相关交易文件者，得免设置按月汇报登记簿。
三、应于次月十五日前，将上月内销货品汇总填具报单，办理补税。
前项已办理补税货品，因损坏或规格、品质与原订合约不符，须予赔偿或调换者，应于出区之翌日起六个月内，填具报单，并检附有关证件，向海关申请核准，免税出区。
第76条 实施帐管事业保税货品购自或售与其它加工出口区、科学工业园区、保税工厂、保税仓库或其它保税范围者，除依第三十四条规定办理外，应由买卖双方联名填具报单，向海关申报。
前项货品发生退货情事时，应由买卖双方联名申报，办理退货出区手续。
第77条 实施帐管事业之货品售与税捐记帐之外销加工厂再加工外销者，应由买卖双方联名填具报单，向海关申报。
前项外销加工厂之税捐记帐，应依照外销冲退原料税办法之规定办理，并以海关签放报单日期为视同进出口日期。
第一项货品发生退货情事时，应依下列规定办理：
一、由买卖双方联名填具报单，并于报单上注明原报单号码，检附装箱单及原报单影本，于出区后一年内，向海关申请核办后退货进厂登帐；已领有视同出口证明者，海关应通知税捐机关。
二、海关办理前款手续后，核发退税用报单副本供原购买厂商办理冲税。
第78条 实施帐管事业间借入、借出及归还保税原料、半成品、成品，应于进(出)区(厂)五日内，检送由双方联名填具之区内事业借入(出)原料、半成品、成品申请书，向海关申报。
前项货品，限自借出之日起三个月内归还；逾期不还或未向海关销案者，应依第七十三条及第七十六条规定办理。
第79条 实施帐管事业将免税货品委托课税区厂商加工者，应依第四十七条第一项规定，向管理处或分处申请核准。
前项货品出区时，应填具经海关验印之区内事业委托加工货品出进厂纪录卡，自行点验出区；加工品运回时，径于原纪录卡登录销帐。
前项之纪录卡，如经海关核准以计算机处理者，应将进出厂有关资料依第六十九条规定期限输入建档，并按月印制替代纪录卡之报表，于次月二十日前印妥备查。
第一项货品，应于出区后六个月内运回；其不能如期运回者，得于期限届满前，叙明理由，向管理处或分处申请核准延期，延长期限不得超过六个月。
第80条 实施帐管事业将免税货品委托同区或其它加工出口区区内事业、科学工业园区园区事业、保税工厂、保税仓库或其它保税范围加工者，依前条第二项至第四项规定办理。
实施帐管事业自国外输入免税之模具，得申请运至前项受委托加工之加工厂使用，其申请方式及期限依前条各项规定办理。
第81条 实施帐管事业接受课税区厂商委托加工者，应依第四十八条规定，向管理处或分处申请核准后办理。
前项货品进区时，实施帐管事业应填具区内事业受托加工货品进出厂纪录卡，自行点验进区(厂)；加工品运出区时，径于原纪录卡登录销帐。
实施帐管事业受托加工货品，如有添加保税原料者，于加工品出区时，应填具报单，向海关办理报关手续。
前项货品，得办理按月汇报，但应依第七十五条第一项规定预向海关提供相当担保。
第二项之纪录卡，如经海关核准以计算机处理者，准用第七十九条第三项规定办理。
第82条 实施帐管事业接受同区或其它加工出口区区内事业、科学工业园区园区事业、保税工厂、保税仓库或其它保税范围委托加工者，依前条第二项及第五项规定办理。
前项受托加工货品，如有添加保税原料者，该添加之保税原料得予除帐。
第83条 实施帐管事业将保税货品运往区外展示者，应填具出区展示申请书，经海关核准后，自行点验出、进区。
前项货品价值超过第四十五条规定之一定限额者，应向海关提供税款担保后出区；货品运回时，凭原申请书向海关办理销案。
依前二项规定出区之货品，应于出区之翌日起六个月内运回；其有特殊情形者，得于期限届满前申请延期，延长期限不得超过六个月；未依期限运回者，应于期满后十日内填具报单补税。
第84条 实施帐管事业将保税货品运往课税区修理、检验或测试者，应经管理处或分处核准后办理。
前项货品运往区外时，应填具经海关验印之区内事业保税货品出入区(厂)修理、检验或测试纪录卡，自行点验出区；货品运回入厂时，径于原纪录卡登录销帐。
前项货品价值超过第四十五条规定之一定限额者，应向海关提供税款担保后出区。
第二项之纪录卡，如经海关核准以计算机处理者，准用第七十九条第三项规定办理。
第85条 实施帐管事业接受委托办理修理、检验或测试者，准用第八十一条及第八十二条规定办理。
第86条 凡出入加工出口区之人员、车辆，应向所在区管理处或分处请领人员出入证或车辆出入证；未取得者，警卫人员得拒绝其进出。但未满六岁之儿童、乙种车辆、机器脚踏车、经管理处或分处核准入区参观之人员及其所使用之车辆得免请领出入证。
区内事业员工出入证得由管理处或分处委托区内事业自行发证。
第87条 出入加工出口区之人员，应将出入证展示或配戴于胸前左上方，汽车应将出入证悬挂于车内右前方，其它车辆悬挂于车前显著处；出区时，海关及警卫人员得作必要之检查。
第88条 人员出入证分下列四种：
一、员工出入证：限管理处、分处、区内各目的事业、区内事业、区内人民团体及在区内设有营业或联络处所厂商等员工使用。
二、来宾证：限经常出入加工出口区之新闻记者及区外有关机关人员使用。
三、短期出入证：限短期出入加工出口区人员使用。
四、临时出入证：限当天出入加工出口区人员使用。
第89条 车辆出入证限经常出入加工出口区，并依前条第一款、第二款或第三款领有人员出入证者自有或其同居家属之甲种车辆，且限每人一证；如系临时出入者，采发车辆临时出入证。
第90条 人员出入证及车辆出入证核发及缴销程序，依下列各款之规定：
一、员工出入证：由区内各机关团体或在区内营业之事业填具申请卡一份，并检附员工最近一吋半身脱帽正面照二张，申请核发；受委托自行发证之区内事业应将领证人员名册送管理处或分处备查；员工离职时，应由各该领用机关团体或在区内营业之事业将所领出入证送原发给之管理处或分处或受委托发证之区内事业注销。
二、来宾证：经常出入加工出口区之新闻记者或有关机关人员，经由任职之机关备文并填具领用人员名册及申请卡一份，载明服务单位、姓名、职称、性别、年龄、住址及身分证统一编号，并检附最近一吋半身脱帽正面照片二张，申请核发；领用人离职时，应由各该机关将原出入证送原发给之管理处或分处注销。
三、短期出入证：在短期内须经常出入加工出口区者，由厂商或人民团体填具名册及申请卡一份，载明员工姓名、性别、职称、出生年月日、住址及身证统一编号，并检附最近一吋半身脱帽正面照片二张，申请核发，有效期间最长不得超过半年，如有必要，得申请换发；出入证有效期届满或领用人员不须经常出入加工出口区时，送还原发给之管理处或分处注销。
四、临时出入证：当天临时出入加工出口区者，应先至出入口警卫室留存身分证明文件，换领临时出入证；出区时，以临时出入证换回身分证明文件。
五、车辆出入证：由使用车辆所属单位填具申请卡一份，并检附车辆行车执照及驾驶人驾驶执照向驻区警察队申请验照符合后，再向管理处或分处申请核发并发还检附之证件；如系短期内经常出入加工出口区之甲种车辆，改发车辆短期出入证；车辆停止使用时，应由各该领用单位于三日内将所领车辆出入证送原发给之管理处或分处注销；驾驶人更换时，应检附原出入证申请换发；当天临时出入加工出口区之车辆，应在出入口警卫处留存驾驶执照或身分证，换领车辆临时出入证，于出区时，以出入证换回留存之证件。
前项领用单位及受委托自行发证单位，不得为非其所属员工申请出入证。
第91条 员工出入证、来宾证及车辆出入证以每二年换发一次为原则；领用单位应于每二年年底前，依管理处或分处通知办理换证，加盖核对章申请换发，并自次年一月一日起使用新证，旧证于一月十日前，送原发给之管理处或分处注销。
第92条 管理处或分处所发各种出入证，领用人遗失时，应由其服务单位证明确系遗失始得申请补发。但遗失临时出入证者，得于具结后出区。
第93条 入出区货运车辆(含货柜、板车)、装卸机具及载运之货品入出区时，应接受驻哨人员为必要之检查。
第94条 货运车辆(含货柜、板车)、装卸机具入区时，应于驻哨填写「入区登记单」并领取「出区证明单」，填妥经收发货公司人员签章，出区时联同「入区登记单」交驻哨检查后放行。
第95条 入区货运车辆(含货柜、板车)、装卸机具除管理处储运中心所有者外、一律于当晚九时前出区；如有正当理由须在区内逾时作业留滞者，需在当晚九时前持「出区证明单」向警察队加盖「准予○月○日○时前出区」章。
下午九时后入区车辆(含货柜、板车)装卸机具经警岗放行后视同逾时作业，应先行依前项规定办理逾时作业申请手续。
警察队应设逾时出区车辆登记簿以备管理处(分处)查阅。
第96条 为维护区内道路顺畅及交通安全，货运车辆(含货柜、板车)装卸机具，不得占用道路从事装卸货物。
第97条 区内事业应自行约束其员工不得擅自携带物品出区，并在员工出厂前自行予以必要之检查。
第98条 管理处或分处发给各项表格时，得酌收工本费。
第99条 本规则自发布日施行。
