万方公司并未举证证明其将《中》文收录入学位论文数据库并向用户提供该数据库已经《中》文之著作权人郑小东许可，本院认为万方公司将《中》文收录入学位论文数据库并向用户提供该数据库之行为已侵犯了郑小东对《中》文所享有的复制权、汇编权和信息网络传播权。郑小东创作完成的《中》文未曾全文发表，万方公司对此亦未提交任何相反证据，故万方公司之行为亦已侵犯郑小东对《中》文所享有的发表权。

　　万方公司应立即停止在学位论文数据库中收录《中》文。对于万方公司已经售出的收录《中》文的学位论文数据库，鉴于《中》文在全部数据中所占比例甚微，且学位论文数据库用户并不具有自行删除《中》文之技术能力，故为避免社会成本的过大付出，本院认为万方公司应在合理期限之内将其已售出的学位论文数据库中的《中》文予以删除。万方公司之行为已侵犯郑小东对《中》文所享有的发表权，本院对郑小东要求万方公司公开致歉的诉讼请求予以支持，具体方式和范围由本院予以酌定。本院考虑学位论文数据库用户主要为国家图书馆以及高等院校图书馆等因素，认为万方公司承担停止侵权、公开致歉等民事责任已足以抚慰郑小东所受之精神损害，故对郑小东要求万方公司向其赔偿精神损失的诉讼请求不再予以支持。万方公司应向郑小东赔偿经济损失，该经济损失应系郑小东实际的许可使用费损失，本院参考同类数据库收录类似作品的通常许可使用费标准，并考虑万方公司之过错程度以及侵权情节和范围等因素，在此标准基础上酌情提高以确定该经济损失数额。郑小东要求万方公司支付滞纳金，缺乏法律依据，本院不予支持。万方公司对于郑小东为本案所支出的公证费应一并予以赔偿。万方公司未举证证明郑小东与北京市洪范广住律师事务所曾签订无须实际支付律师费等内容的补充协议，故万方公司称郑小东并未实际向北京市洪范广住律师事务所支付律师代理费，证据不足，本院不予采信，万方公司对于郑小东为本案所支出的合理的律师费亦应一并予以赔偿。郑小东要求万方公司赔偿其他诉讼支出费用，缺乏证据支持，本院予以驳回。郑小东对于其不合理的部分诉讼请求所对应的诉讼费用应自行予以负担。

　　综上，依据《中华人民共和国著作权法》第四十六条第（一）项、第四十七条第（一）项之规定，判决如下：

　　一、被告北京万方数据股份有限公司立即停止在“中国学位论文全文数据库”中收录《中国沿海乌贼类遗传变异和系统发生学研究》一文；

　　二、本判决生效之日起三十日内，被告北京万方数据股份有限公司在网址为