公司制风险投资机构资金规模比较大，运作稳健且透明度比较高，运作风险小，资金安全。公司制的缺陷表现在以下几个方面：

　　（1）、制约与激励机制不健全，代理成本高，运作效率低[6].公司制有董事会、股东会、监事会三方共同保证公司的安全稳健运营，因此运作时趋向于规避风险，寻找那些风险小且能产生正现金流的项目投资，这就违背了风险投资的初衷，因为风险投资承认项目的风险，投资于高风险带来的高收益，一般投资于中小高新技术企业，这些企业在长时间里是不能产生正的现金流，且潜在风险巨大。公司制激励机制不足，员工利益与公司利益衔接不紧密，加上信息不对称导致的各种代理风险，使得公司制风险投资机构运作效率比较低。

　　（2）、不利于培养投资家阶层。风险投资是专业投资行为，需要投资者具有金融、科技、法律等多方面的知识以及敏锐的洞察力和丰富的投资经验。目前我国极需这样的职业投资家，而公司制是一种机构决策机制，且没有很好的激励机制，不利于风险投资家的培养。

　　（3）、双重纳税义务。由于公司是一个法人实体，股东和公司要对公司的利润交纳双重的所得税，无疑对于鼓励更多的资金介入风险投资领域不利。

　　2、有限合伙制风险投资机构

　　有限合伙制是美国最主要的风险投资主体。在美国近些年的经济和科技发展中起了举足轻重的作用。无论是政府支持的风险投资，还是有独立市场主体运作的风险投资，有限合伙都成为发展风险投资的主要的组织形式。有限合伙一般由风险投资机构发起，作为普通合伙人，吸收其他出资者如企业、社会保险基金、保险资金、银行、私人投资者的出资，作为有限合伙人，同公司的股东一样，只承担有限责任。有限合伙制是最适合风险投资的组织形式，它克服了公司制的上述缺陷具有以下优点[7]：

　　（1）、机制灵活、效率较高。有限合伙制不需要专门的董事会、股东会、监事会这样的制约机构，其运营机构由普通合伙人组成，有限合伙人只负责出资，而普通合伙人都是由专业的风险投资家组成，人数上无固定限制，但比起公司制来说要少得多，这样在决策上十分迅速，效率非常高。

　　（2）、有利于培养风险投资家阶层。

　　（3）、税收优惠。有限合伙不是独立的纳税主体，只有出资人对合伙的收益缴纳所得税。这样避免了双重纳税义务。

　　（4）、有限合伙最大的优势在于其完善的激励和约束机制。有限合伙制通过对出资、管理、风险及收益、承担责任的设置来实现激励与约束，使得代理成本降到了最低点。普通合伙人全面负责资金的使用、经营和管理，可以从每年的经营收入中提取相当于资金总额3%左右的管理费，项目成功而收益倍增时，可以从收益中分得20%左右。普通合伙人因参加管理而承担无限责任，有限合伙人不参加管理只以出资额为限承担有限责任。这种责任设置恰恰解决了出资者与资产管理者的信息不对称而产生的各种代理成本和风险，使得出资人与资金管理人的利益都得到了有效保护。另外普通合伙人往往都是具有丰富经验的职业风险投资家，良好信誉使其筹集到资金与其他有限合伙人合伙。一旦其投资操作失败，风险投资资金亏损严重，那么他将可能再也筹集不到足够的资金进行投资。因此这种机制完美地解决了出资人与管理者之间的矛盾，更有利于风险投资的运作，有利于培养风险投资家阶层。

　　有限合伙制也有一定的缺陷，其资金风险比较大，存在时间比较短，往往和特定的投资项目共存。需要专业从事风险投资且拥有一定资产和信誉的风险投资人才，对于中国这样资本市场不健全，投资人才缺乏的发展中国家来说，成立有限合伙制风险投资主体需要更多的软件准备。

　　随着社会及经济制度多元化进程以及社会各个方面不同程度的需要，风险投资领域也呈现多元化特征，投资主体组织形式和融资渠道趋向于多元化，各国风险投资主体制度先后确立了公司制、有限合伙制等组织形式，政府参与与政府扶持相结合，先后允许多种资金进入风险投资领域，发挥各方面的优势，共同推动风险投资事业的发展。