2、税务机关“以罚代刑”普遍，公安、税务在办案中协调不够。当前，税务机关对于虚开增值税专用发票犯罪案件，大多以偷税为由给予罚款、补缴税款等行政处罚，追求经济效益，没有依法移交公安机关追究刑事责任，这是公安机关无法有效打击虚开增值税专用发票犯罪的根本原因。而公安与税务办案不协调问题则比较普遍，影响了打击虚开增值税专用发票犯罪，一方面，由于虚开增值税专用发票犯罪本身税务专业性极强、而有的证据（如对发票真假的鉴定等）要由税务机关出具等原因，公安机关在打击此类犯罪时必须要有税务机关的配合，而税务机关有时消极应对；另一方面，在案件的管辖和涉案款的处理上也有许多不协调，对于可以交罚款和补缴税款的案件，税务机关往往积极管辖不移交公安机关，公安机关想管辖也无从入手，对于没有经济效益的案件则往往相互扯皮，另外，公安与税务机关对存款等都有查询、冻结的权利，在公安机关追缴涉案款和税务机关追缴税款的过程中也有冲突。

　　3、地方保护主义、部门保护主义存在，没有针对此类犯罪跨地域广的特点建立有效的查处机制。在实际工作中存在着“以罚代刑”、“打击涉税违法犯罪主要是税务机关的事”、“公安机关追缴涉案款是为税务机关追缴税款”等错误思想导致部门保护主义严重。由于虚开增值税专用发票犯罪中受（开）票单位大多分布全国各地，要查清犯罪事实就必须对所有受（开）票单位进行调查，因此就必须依靠受（开）票单位所在地的公安、税务机关协查，但由于往往会触动当地的某些利益，部门保护主义、地方保护主义不同程度的存在，影响了办案的质量。如2000年查办的义丰实业（深圳）有限公司涉嫌虚开增值税专用发票一案，内地有的税务机关明知所管辖公司开具的增值税专用发票不是从其单位领购属于假发票时，仍拒绝出具该增值税专用发票是假发票的证明；有的税务机关明知所管辖公司属于虚开增值税专用发票，仍以种种原因出具证明称该公司不属虚开增值税专用发票。

　　4、司法实践无章可循，如何认定“虚开”难以操作。目前，在打击虚开增值税专用发票犯罪方面，除我国刑法和部分司法解释有简单规定外，其他任何部门都未对此作专门规定，导致公安机关在打击虚开增值税专用发票犯罪方面无章可循。而如何以哪些必要的证据认定“虚开”无相关司法解释，特别是普遍存在的犯罪分子为逃避打击，联合伪造有关凭证造成有业务往来的虚假事实时，从证据角度如何认定“虚开”则是一个非常大的难题。如我们在协助中央“4.20”专案组查办的深圳47家公司涉嫌虚开增值税专用发票案件，为逃避被追究刑事责任，开、受票双方大多声称有业务往来并伪造了货物销售合同、出入库单等相关证据，由于大多主犯或者公司的会计、出纳等关键人物在逃，部分证据无法核实，在这种情况下能否以掌握的基本证据定性为虚开增值税专用发票，在司法实践中争议比较大（如开、受票双方都称有业务往来，有货物销售合同、出入库单、公司帐册等资料，在证明有无贸易发生的资金往来情况时，大多公司都有多个银行帐号，由于关键人物在逃，公安机关大多只能掌握部分银行帐号，对这部分银行帐号如未发现有资金往来能否据此定性为虚开增值税专用发票则存在争议）。

　　5、办案经费紧张。虚开增值税专用发票犯罪涉及犯罪嫌疑人多，涉案地域广，调查时间长，这需要足够的经费保障，但实践却是经费捉襟见肘，特别是在一些分局经侦部门，在鼓起勇气侦办一宗虚开增值税专用发票犯罪案件时候，几乎将本年度的办案经费全用完，没有办法再去侦办其他案件，导致许多单位不敢侦办比较复杂的虚开增值税专用发票犯罪案件，普遍有畏难情绪。

　　魏小红