在性质和功能等方面不同，主要表现在以下几个方面：

1、在我国,法律对过程中设立协议和的规定因公司组织形式的差异而有所不同;

2、设立协议一般是不要式法律文件，作为当事人之间的合同， 主要根据当事人的意思表示形成，而公司章程则是要式合同；

3、公司设立协议与公司章程的效力也不同。