(一)赔偿义务机关行使违法确认权，自己给自己当“法官”

　　按照的规定，对于职权行为是否违法由赔偿义务机关、其上一级机关作出，即由行为机关或其上级机关作出。这一审查制度的设置，结果只能是司法职权行为是否违法脱离了相关审判程序最终审查的范围，而由各赔偿义务机关行使对其职权行为违法性的最终审查。违背了司法最终审查(法院审判审查)原则、自己不得审判自己案件原则，也违背了最基本的自然公正原则。实践证明，让赔偿义务机关自己确认自己的行为违法，也确实是一件很“困难”的事情，程序中赔偿案件的启动要先由赔偿义务机关对自己的行为是否违法自行确认是目前司法赔偿制度存在的最关健的问题，也是引起现今司法赔偿无法进一步推进的最主要原因。

　　(二)司法赔偿案件书面审理方式，难避司法不公之嫌

　　司法赔偿案件的处理过程缺乏基本的公正机制和程序保障，法院内部的赔偿委员会不是司法机关，其处理案件没有明确的程序依据。司法赔偿和一样都是对国家机关违法行为的制裁。行政诉讼的成功实践已证明，司法程序对于公正解决法律争议特别是对于保护老百姓的权益是多么重要。实际上，法律纠纷裁决程序的司法化是世界法治文明已经证明了的法治之路。现行的司法赔偿程序实行书面审理，缺乏公开性，赔偿请求人不能质证、辩论，当事人很难有充分发表自己意见的机会，很容易让当事人认为司法赔偿案件的处理存在“官官相护”的情况，很难使社会对司法赔偿案件的处理过程进行监督。

　　(三)确认与赔偿规定相脱节，权利人求偿障碍多

　　确认与赔偿规定脱节，主要表现在国家赔偿法及相关规定对免责情形的规定上。一方面，司法行为被依法确认为违法，另一方面，符合免责情形国家不承担赔偿责任。按理说在《国家赔偿法》中规定司法赔偿的免责条款是必要的，关键是免责条款要规定合理。从我国十余年的实践看，有些免责条款已成为赔偿义务机关加以曲解的工具。如“因公民自己做虚假陈述或者伪造有罪证据而被羁押或判刑的，国家不承担赔偿责任”这一条，在实践中已成为侦查、检察和审判机关钻空子的一个条款。因为按我国目前的刑法和刑诉讼规定，只要公民两次变更其陈述就被视为有责任，而实际上作为被告人的公民在刑事诉讼程序中做出虚假陈述或改变其陈述的原因往往不在其自身，常常在于客观环境，如刑讯逼供、长期羁押等因素造成。在此情况下，法律一概将做出虚假陈述的责任归于公民，而在其被羁押或判刑后又获释时不予国家赔偿显然有失公平。在赔偿义务机关独享“举证权利”的情况下，“当事人自己虚假供述”、“情节轻微不认为是犯罪”、“因公民自伤、自残”等都可以成为赔偿义务机关拒赔的理由。免责条款成为赔偿义务机关拒绝司法赔偿的“法宝”。 其次，赔偿范围过窄，是确认与赔偿不一致的第二个表现。国家赔偿法第二十五条规定：“国家赔偿以支付赔偿金为主要方式。能够返还财产或者恢复原状的，予以返还财产或者恢复原状。”第三十条规定：“赔偿义务机关对依法确认有本法第三条第(一)、(二)项，第十五条第(一)、(二)、(三)项规定情形之一，并造成受害人名誉权、荣誉权损害的，应当在侵权行为影响的范围内，为受害人消除影响，恢复名誉，赔礼道歉。”虽然可以确认行使侦查、检察、审判、监狱管理职权的机关及其工作人员在行使职权时，有对没有犯罪事实或者没有事实证明有犯罪重大嫌疑的人错误拘留，对没有犯罪事实的人错误逮捕，依照审判监督程序再审改判无罪原判刑罚已经执行，造成受害人名誉权、荣誉权损害的情形，但因损害结果不属于国家赔偿范围，还是不予赔偿。过窄的赔偿范围成为碍阻公民实现获得司法赔偿的“瓶颈”。