目前通行的看法认为，国有水域上的渔业权是以国家对该水域的国家所有权为基础而产生的，国家基于其所有权人的身份，从而有权决定这种渔业权的设定、变更和消灭。我国当前和渔业权相关的立法，尤其是《中华人民共和国海域使用法》，主要都是依据这种法理建构起来的。

　　按照这种法理认识，渔业权被认为是一种从国家所有权派生的权利，因此渔业权的享有和行使必须符合“国家所有权”的需要。但是，这种认识及其相应立法流弊甚多：首先，这种理论弱化了渔业权的法理基础，给许多公共权力部门侵害渔民权利创造了借口。基于这种理论，在实践上就会产生政府权利扩大化的现象，就容易导致有关政府部门滥用行政权力，侵犯渔民权利的情况也愈演愈烈。其次，这种理论将渔业权定义为依据行政指令建立的准物权。这种观念，从表面上看与市场经济国家、一般法制国家的观念是一致的;但是，在一般市场经济和法制国家里，政府部门行使的行政批准权，尤其是在渔业权设立方面行使的行政批准权，并不是国家所有权的体现，所以，依据行政指令建立的渔业权，即使在权利设立方面具有附属于行政权力的特点，但在这种权利设立之后，它和其他的民事权利仍然享有平等的地位。但是，在我国，渔业权始终是一种附属于行政指令的权利，无法取得独立的、与其他民事权利平等的地位。这与生俱来的附属性特点，极大地妨害了渔业权人的权利。因为在行政机构不能依法行政的情况下，或者在有关法制不健全的情况下，渔民只能听从行政的安排，无法积极地主张自己的权利。比如，现在我国的水域管理事实上存在“多头执政”的局面，渔民对于不同机关发出的不同指令都要遵守，渔民怎么做都有错的现象经常发生。再次，这种认识导致渔业权的设权制度不完善。其中主要是渔业权发证的性质不明确。渔业权发证到底是“确权”还是“授权”?对这一问题的答案决定了法律政策对于渔业权的基本态度。如果是确权，则说明渔民的渔业权是一种事实上已经存在的权利，应当在法律上得到保护，发证意味着国家出于资源保护和可持续发展等宏观管理的需要，而对这种原始权利进行确认和保护;如果是授权，则说明渔业权本来并不存在，而是国家授予的。发证意味着国家基于所有者和管理者的双重身份，将渔民本不具有的渔业权授予渔民。在国家授予渔业权之前，渔民就没有权利可言，更谈不上法律的保护问题。而在这个问题上，现行法律未做明确规定。

　　从上述问题可以看出，我们现在急需对渔业权的法律性质进行重新认识，而对于国家所有权和所谓的两权分离理论则更加需要进行审慎的反思。