《水法》明确提出，“开发、利用、节约、保护水资源和防治水害，应当全面规划、统筹兼顾、标本兼治、综合利用、讲求效益，发挥水资源的多种功能、协调好生活、生产经营和生态环境用水”。开展水生态系统保护与修复工作是贯彻《水法》、落实科学发展观、实现人与自然和谐相处的重要内容，是各级水行政主管部门的重要职责。《国民经济和社会发展第十一个五年规划纲要》把保护和修复自然生态作为一项主要任务。水利部自2004年开始，组织开展了水生态系统保护与修复相关工作，并选择不同类型的水生态系统开展试点。2006年，水利部又批准了无锡市、莱州市和丽水市作为水生态系统保护与修复试点，武汉市、桂林市和莱州市水生态系统保护与修复试点工作实施方案已经有关省人民政府和水利部批复。截至到2006年底，共批复了五个不同类型的水生态系统保护与修复试点城市，有关试点工作的技术文件也已起草完成。水利部将通过试点，探索水生态系统保护与修复的模式和技术，积累经验，为全面开展水生态系统保护与修复工作创造条件，力争在十一五末，建立起水生态系统保护与修复的工作体系、技术规范体系和保障机制，为实现水资源的可持续利用做出贡献。