众所周知，水生态系统是水生物群落与水环境共同构成的动态平衡系统，是人类生存和发展的重要载体和物质基础，有效应对水生态系统退化及其复杂的资源环境效应，是我们共同面临的严峻挑战。近年来，水利部门按照科学发展观的要求，针对水生态系统面临的严峻形势，坚持人与自然和谐相处的理念，坚持走可持续发展水利的道路，对水生态系统修复与保护开展了大量的实践和探索，取得了积极的成效。

　　一是在水资源配置和管理工作中，高度重视生态环境用水，通过对黄河水资源进行统一调度，已经实现了黄河连续10年不断流，有效保证了河流生态功能的发挥。

　　二是在水利工程的规划、建设、管理运行中，高度重视水生态系统保护，加强水利工程的生态调度和运行，充分发挥水利工程保护生态值得作用。

　　三是对塔里木河、黑河等生态脆弱的流域进行系统的生态治理和修复，向塔里木河下游的台特马湖、黑河下游的东居延海、东北的扎龙湿地、华北的白洋淀等湖泊、湿地进行生态调水和补水，开展了“引长江水济太湖”的调水工作，使得河流下游或湖泊的水生态环境得到了很大缓解，这也是近年来水利工作的一个新方向，需要继续推进和深化。

　　四是组织开展了水功能区划工作，全国31个省、自治区、直辖市人民政府都批复实施了水功能区划，长江三峡库区、黄河、淮河、海河、松花江、辽河、珠江、太湖流域水域纳污能力核定和限制排污总量意见工作已经完成，为水生态系统保护和水污染防治提供了基础性依据。

　　五是开展了以城市为单元的水生态系统保护与修复试点工作，为水生态系统保护的工作机制和技术实施探索了实践经验，解决了关键技术，提供了成功范例。

　　但是，我们清醒地看到，我国的水生态系统保护依然面临着严峻的挑战，受人口增长、经济社会发展方式粗放以及气候变化等因素的影响，我国水生态系统许多问题亟待解决。

　　一是水污染依然严重，已经成为威胁我国水生态系统安全的主要因素。2007年，全国有700多亿吨的废污水排入江河湖泊，在调查监测的28万公里长的河流中，约三分之一受到不同程度的污染，平原地区以及城市下游河道污染尤其严重，全国湖泊富营养化问题突出。

　　二是部分河流水资源开发超过了水资源承载能力，断流情况严重。据对全国514条主要河流的调查表明，有49条河流发生过断流，断流河段总长度7428km，占发生断流河流总长度的35%。海河流域21条总长为3664km平原河道， 2000年干涸长度比例达60%。