度安排实际上都在为流域机构找活干，而对流域水资源开发利用和管理的调控起不到实质性作用。尽管流域机构还承担了规划管理、省际水事纠纷调处等职责和一些单项授权的管理职责，但流域机构的地位并没有本质的改变，无法承担对流域水资源进行全面管理的职能。另一方面，与水相关的利益相关者没有能力参与相关决策，这种决策不能充分反映区域的、他人的、行业的和用户的利益，也难以避免在缺乏有效监督下的趋利性，因此流域决策自然失去了执行的权威，从而也驱使区域和用户进行自主决策。脱离区域利益的国家权威从来就不可能有效率，所以要使长水委具有管理权威，关键是要兼顾区域利益。一个可行的观点是，把长水委定位为区域的流域管理机构，而非国家的下派机构，以各区域为基础形成一个区域利益共同体，这样就能较好地整合区域利益，使流域整体利益以及区域利益在流域管理机构的决策中得到平衡。

　　根据日本《河川法》规定，一级河流的管理权限在中央政府，由建设大臣负责。在建设大臣指定的区段(“指定区段”)内，可按照政令规定，交给所在的都、道、府、县知事办理。一级河流的支流为二级河流，其管理者为管辖该河流区段的都道府县知事。日本的二级行政区划分为都道府县，相当于我国省级行政区。二级行政区以下再分为市、町、村三级，相当于我国的市(县)、乡、村三级。

　　流域与区域在水管理职责上的最佳结合点应是流域管理机构代表流域水环境资源整体公益，履行宏观规划、决策、分配、监督、协调职权职责，其目标是实现流域整体利益最大化，重在公益。区域政府代表区域利益，履行区域范围的规划、决策、分配、执行、处理、协调、监督职权职责，其目标是在实现区域水环境资源利益最大化，基于水环境资源利用的经济利益最大化，重在私益。二者必须同步协调实施，使事务管理权与财力支配权相对应。由于我国区域内的各层级行政区域间有隶属关系，上级政府可以通过行政调拨等非经济手段导致不同区域在用水上的不平等，保障微观用水权利也须借助流域管理机构。在大多数水资源管理效率高的国家，一个共同特点是：区域用水管理由区域承担，资源配置和水环境保护等职责由反映流域整体利益的部门承担，经营职能由企业承担。

　　由此长水委的主要职权应有：对地区性水利设施进行指导监督服务，负责制定长江流域水资源保护的规划和计划、总量控制计划、污染防治计划、供水计划、防御洪水方案等，定期做流域水质检测，对取水、排污等有许可权，对跨行政区的水污染纠纷、用水纠纷等有处理权，应尽早确立必要的行政强制权和行政处罚权，另外还有依法收费(税)用以养水的权利等。21世纪的长江水利委员会应该结合中国国情并借鉴美国田纳西流域管理委员会(TVA)的一些职能体系：强有力的行政管理体系;坚实的基础事业体系;高水平的科研、咨询体系;多层次的金融、财政物质支撑体系;完善的工程立项审查、建设管理、质量监督体系;对灾害的预测、预报、监测、评估和抢险救助体系等。