一、现行税收优惠政策对高新技术产业的促进力度不足

　　1、税收优惠政策的目标不明确，缺乏系统性和指导性。作为促进科技发展的税收政策应该有其明确的政策目标，而不应是各项税收优惠措施的简单罗列。

　　但现行税收优惠政策的目标不明确，具体表现在：通过税收优惠来支持和鼓励哪些方面的科技发展缺乏倾向性，在如何协调发展基础理论研究和应用技术研究、发展高新技术和改革传统技术等方面税收政策目标不清晰。例如，外国主要是对高科技的开发和研究进行税收优惠，而我国则没有这种导向性的科技税收优惠措施，缺少针对具体的科技开发活动及项目的优惠，促使企业只关心科技成果的应用，而不注重对科技开发的投入。

　　2、税收优惠政策的覆盖面太窄。现行的科技税收优惠政策主要是针对高新技术开发区的企业和外企，而对高新技术开发区以外的企业，几乎是不存在对科技发展及研究的税收优惠，同时，对只要处在高新技术开发区里的企业，不管是否是高新技术企业都实行税收优惠政策，减按15％税率征收企业所得税，从而不能充分实现税收的引导、激励作用，体现不出税收优惠力度。对高新技术开发区的企业只规定减税开始日期，没有规定减税停止日期，这样不利于企业创新机制的建立，不利于企业增加对科技开发的投入。此外，不同时期批准成立的高新技术开发区税收优惠政策有所不同，造成政策性差异。

　　3、税收优惠方式比较单一。对高新技术产业的税收优惠主要是所得税优惠，而很少涉及流转税的优惠，以致于税收优惠的效果不是很好。并且对高新技术的优惠仅限于税率减少和税额的减免，而在R＆D费用扣除、固定资产折旧、投资减免、延期纳税，对高新技术产业免征固定资产投资方向调节税等方面缺乏实质性的优惠。

　　4、为了促进本地区经济的发展，地方政府各自为政，纷纷出台土政策，致使高新技术产业地区分布不均衡。例如：北京、上海、广东以及其他沿海省份，由于地区经济发达，能够筹措足够的地方财政收入，对从高新技术企业征收的增值税中留于地方财政的25％税款，部分或全部通过财政返还给企业。更有甚者，由于集体企业、私营企业的企业所得税由地方税务机关征收，这些经济发达省份就对属于这类性质的高新技术企业免征5年或更长年限的企业所得税。通过这些税收优惠措施，以吸引大量高新技术企业来本地区落户。而内陆经济不发达地区，由于自身财力的限制，根本无法实施同样的地方税收优惠，致使高新技术产业向经济发达地区倾斜，从而使得地区经济发展不平稳的状态更加加剧。

　　二、现行税收制度设计不适应科技进步的要求

　　1、现行增值税类型造成高新技术企业（不含软件行业）税负过重。从高新技术产品的物化劳动来看，高新技术产业资本有机构成高，所使用的生产设备和劳动工具技术含量高，成本价值大，而且更新快。按现行的“生产型”增值税规定，生产设备和劳动工具中作为固定资产核算的部分，购进时的大量进项税额不能抵扣，这不仅使产品成本中包含了固定资产转移价值（折旧费）的进项税金，造成重复征税，不利于产品在市场上特别是在国际市场上的竞争，而且加重了高新技术企业税负。

　　2、软件行业的税负仍显得过重。在去年召开的全国科技创新大会上，制定了对软件行业征收6％的增值税，以促进软件行业的发展。但即便如此，软件行业的税负仍然很重。因为软件的生产比较特殊，需要大量的人力资本、科技费用、先进的技术装备等，花费的资本比较大，实行征收6％的增值税的规定，税率制定显得过高，不利于软件行业的发展。

　　3、现行确认销售收入原则使高新技术企业提前垫付税款，从而间接加重了企业负担。按照现行增值税确认销售收入的原则，高科技产品发出后，就应视为销售实现缴纳增值税，而高新技术企业的产品销售比较特殊，它包括存货发出、货物的安装、调试、维护、升级甚至退货改进等诸多环节，销售实现时间比较长，货款的回收时间少则几个月，多则几年。如果货物一发出就视作销售，企业不仅要垫付研制生产科技产品的成本，而且还要提前垫付税款，挤占企业流动资金，使企业无力投入更多的资金从事科技开发。

　　4、高新技术产业税前列支不合理，名义利润与实际利润差距大，影响企业的发展。高新技术产业的技术开发具有高投入、高产出、高智力、高风险、高竞争的特点，而根据现行企业所得税法规定，无论是高新技术企业（软件行业是一个例外）还是一般企业，对计税工资列支、技术性无形资产摊销、生产设备折旧实行统一的列支办法，不利于鼓励高新技术企业不断创新。我国税法规定的计税月工资是550元／人，而在现实生活中，为了吸引高科技人员，企业常常给这些人员支付高薪，从而造成应纳税所得额虚增，间接增加企业的负担。据我们调查的30家高新技术企业，人均工资每年达3万元～5万元，占产品成本的19. 6％，高出计税工资每年6600元扣除标准的4倍～7倍。高新技术企业不仅要支付巨额工资费用，在缴纳税款时，还须补缴33％的税款，致使企业税负加重，使得企业实际利润率下降。

　　5、对于高科技人员的税收优惠措施不多。由于培养一个高科技人员的时间长、花费多，这就使得企业必须支付高薪给高科技人才，这样才能吸引高科技人才到本企业来工作。而我国现行的税收政策中，对高科技人才的收入并没有真正的个人所得税优惠，致使高科技人才的工作积极性不高，也使得大量人才流向海外，尤其是对高科技人才由于创新发明所获收入更是缺乏税收优惠，对高科技人才的“技术入股”问题也没有得力的税收措施，这就不利于提高科技人才的工作积极性。

　　三、某些税收管理思想和方法不适应高新技术企业发展

　　1、一般纳税人认定标准“一刀切”，阻碍了中、小型高新技术企业的发展。

　　按现行税收法规规定，工业企业要获得一般纳税人资格，其年销售额必须达到1 00万元以上，一部分高新技术企业因产品开发周期长，在其小批量生产或起始阶段就达不到一般纳税人标准，无法取得和使用专用发票。与一般纳税人进行货物交易时，须到税务机关按17％代开专用发票，由于不准抵减应缴增值税，企业需承担占销售收入20％多的税负。从而影响了高新技术企业投资生产的积极性，阻碍了中、小型企业的发展。

　　2、申报纳税的审核过于繁琐。

    在纳税人申报增值税时，税务人员逐张审核抵扣凭证，凭“已申报抵扣”章抵扣，没有给企业一个自行申报的空间，稽查发现抵扣凭证存在问题，也难以分清责任，不仅加大了征管工作的难度，而且让企业没有自觉申报纳税的责任感，不利于培养和强化企业的纳税意识。

　　3、少数高新技术产品征管权的界定不明确，对高新技术产业的干扰较大。

　　这主要体现在征收企业所得税上，由于对高新技术企业的所属性质划分不清，即对高新技术企业是属于国有、私营、集体企业的认定不一，又因为不同企业性质的企业所得税分别由国税、地税征收，这样就造成国税、地税互相扯皮、争抢税源的现象，最终严重干扰了这类高新技术企业的正常生产经营，甚至增加其税负。