管理机构一般是指赋有司法鉴定管理智能的司法行政机关的司法鉴定管理部门，它代表司法行政机关实施法律规定的管理职能。
省、自治区、直辖市以上人民政府司法行政机关是司法的登记管理机关(以下简称登记管理机关)，负责司法鉴定机构的设立登记、变更登记、注销登记，履行对司法鉴定机构实施年度检验、行政处罚等职责。

申请设立司法鉴定机构，应当向所在地的地(市)级司法行政机关提出书面申请。所在地的地(市)级司法行政；机关应当自收到书面申请之日起30日内初审完毕并上报省级司法行政机关。

中央国家机关及其直属单位申请设立司法鉴定机构，应当向所属行业主管部门提出书面申请，由行业主管部门签署意见后报国务院司法行政机关。