实施了4年的《医疗事故处理条例》，因其自身的一些缺陷，受到医患双方的“排挤”。卫生部课题组经过多方调查论证后建议：《医疗事故处理条例》应该上升为法律。在中国医院协会提出的《医疗争议处理法(草案建议稿)》中，已经描绘出了未来医疗事故处理的雏形。
　　司法实践中的尴尬地位
　　对《医疗事故处理条例》既寄予厚望又敬而远之
　　“4年来，它在司法实践中的地位尴尬。”一位主打医疗纠纷案件的律师向记者描述了他所知的《医疗事故处理条例》：
　　申请医疗事故技术鉴定的人越来越少；为了获得更高的赔偿金，患者往往绕开“医疗事故”，而选择以“一般人身损害”为由起诉；为免予受到行政处罚，医院宁愿承认“差错”，也不承认有“医疗事故”；按“医疗事故”还是“医疗过错”判案，法官也莫衷一是；所规定的赔偿标准基本不被采用……
　　从不少患者、医院工作者以及法律界人士那里，记者听到了这样的声音：我们对《医疗事故处理条例》既寄予厚望又敬而远之。
　　医疗纠纷出现司法“二元化”
　　医疗事故鉴定和司法鉴定结论可能完全相反，
　　法官审理时也犯了难
　　亲人就医时死亡，家属认为医院救治不当造成“医疗事故”，要求赔偿；医院则认为不存在不当操作。当地医学会出具的鉴定结论往往是“不构成医疗事故”，但承认院方“有一定过错”。患者家属不服，请求司法鉴定。这时，他很可能得到一份完全相反的结论。法官犯了难，该信哪个？官司一拖几年、十几年，有的还会引发社会的不稳定。医患双方身心俱疲，司法公信力遭到质疑。
　　为此，最高人民法院在2003年1月6日下发了《关于参照审理医疗纠纷民事案件的通知》，规定“……因医疗事故以外的原因引起的其他医疗赔偿纠纷，适用民法通则的规定”。
　　医疗纠纷的处理从此被人为地分为由“医疗事故引起的”和由“医疗事故以外的原因引起的”两类，法院在处理医疗纠纷案件上势必出现“司法二元化”现象。课题组负责人告诉记者，这一现象的连带反应是，医疗纠纷案件的鉴定也随之“二元化”了———医学会的医疗事故技术鉴定和法医的司法鉴定，而且法医鉴定有逐步取代医疗事故鉴定的趋势。
　　课题组曾做过一项问卷调查，结果显示，64%被调查的法官认为，审理医疗纠纷案件不一定必须做医疗事故技术鉴定；46%的法官会依据诉讼案由确定是采取医疗事故技术鉴定还是采取司法鉴定；另有13%的法官则只认法医的司法鉴定。