一是对于一般犯罪的，处五年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金。
    二是对于有下列四种严重情形之一的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金：1．多次实施运送行为或者运送人数众多的，是指三次或者三次以上实施运送行为或者运送人数众多的；2．所使用的船只、车辆等交通工具不具备必要的安全条件，足以造成严重后果的，主要是指所使用的船只、车辆等交通工具不符合基本的安全条件，足以造成船只沉没、车辆倾覆等事故的；3．违法所得数额巨大的，是指运送他人偷越国（边）境非法取得的财物数额巨大的；4．有其他特别严重情节的，是指造成的国际影响十分恶劣等特别严重情节的。
    三是在运送他人偷越国（边）境中，因交通工具不具备必要的安全条件等各种原因，发生重伤、死亡事故，或者导致被运送人自伤、自杀等重伤、死亡后果的，或者对依法执行检查任务的人员实施暴力或者威胁行为，抗拒检查的，处七年以上有期徒刑，并处罚金。
    四是关于相关犯罪的处理。对于在运送他人偷越国（边）境时，对被运送人有杀害、伤害、强奸、拐卖等犯罪行为，或者对检查人员有杀害、伤害等犯罪行为的，要分别对其运送他人偷越国（边）境罪和故意杀人、故意伤害、强奸、拐卖妇女儿童等犯罪分别定罪量刑，再依照数罪并罚的规定处罚。
    执行中，要注意区分组织他人偷越国（边）境罪与运送他人偷越国（边）境罪的界限。主要区别在于行为人是否实施了组织行为。对于组织他人偷越国（边）境的行为人在实施组织他人偷越国（边）境犯罪行为的过程中又实施了运送行为的，应当根据从一重罪处罚的原则，以处刑较重的犯罪定罪处罚。