(1)是起的程序不同。告诉才处理的案件和被害人有证据证明的轻微刑事案件，当事人可以直接到法院起诉，法院应当受理。被害人有证据证明对于被告人侵犯其人身、财产权利的行为应当依法追究刑事责任，而公安机关或人民检察院不予追究的案件，当事人必须有证据证明应当追究而且必须是在公安、检察院作出书面不予追究的决定后，才能到法院去起诉，否则法院不予受理。被害人对于检察机关不起诉的案件不服的，可以在法定时间内申诉，请求上级检察机关提起公诉，在上级机关作出维持不起诉决定后，仍然不服的，可以到法院起诉;或者不经申诉，直接到法院起诉。

　　(2)是证据要求不同。告诉才处理的案件、被害人有证据证明的轻微刑事案件和被害人有证据证明应当追究刑事责任而公安、检察机关不予追究的案件，在向法院起诉时，当事人必须有足够的证据，法院才会受理，否则，法院不予受理;或者特殊情况符合法律规定的，移交公安机关立案侦查。被害人不服检察机关不起诉决定的案件，当事人，只要不服，就可以到法院起诉，法院应当受理，不需要当事人拥有案件证据(但应当有检察院不起诉的决定书)。

　　(3)是适用的审判程序不同。告诉才处理和被害人有证据证明的轻微刑事案件，当事人起诉，法院审查受理后，开庭审理时可以根据案件的情况，选择适用简易的审判程序，或者普通的审理程序。而被害人有证据证明对应当追究刑事责任司法机关不予追究和被害人不服检察机关不起诉决定的案件，法院受理审判时，只能适用普通的审判程序，不得适用简易的审判程序。

　　(4)是享有的诉讼权利不同。告诉才处理和被害人有证据证明的轻微刑事案件，自诉人向法院起诉的，在法院一审裁判决定作出前，被告人或者其法定代理人可以对自诉人向法院提起反诉，要求追究自诉人与其自诉有关联的犯罪行为的刑事责任。对于被告人及其法定代理人的反诉符合条件的，人民法院应当受理并和本诉一并审理。审理中，即使自诉人撤诉，而反诉人没有撤诉的，反诉仍应继续审理。被害人有证据证明应当追究刑事责任司法机关不予追究和被害人不服检察机关不起诉决定的案件，被告人或者其法定代理人没有提起反诉的权利。

　　综上所述，我国《刑事诉讼法》和相关的司法解释，已经对刑事自诉案件的受案范围、立案管辖、审判程序和当事人享有的不同的诉讼权利等作出了非常明确的规定。公安、司法工作人员、司法机关和当事人都应当自觉遵守法律的规定，严格依照法律规定的诉讼程序操作，避免出现违法和错误的执法行为，维护法律的尊严和公民的合法权益。