在通常情况下，对县级以上地方各级人民政府工作部门的具体行政行为不服的，规定了可以由申请人选择申请行政复议机关。但行政复议法也规定了例外条款，第十二条第二款明确规定：“对海关、金融、国税、外汇管理等实行垂直领导的行政机关和国家安全机关的具体行政行为不服的，向上一级主管部门申请行政复议。”为什么要规定例外条款，主要是考虑到我国行政管理领域的多样性和复杂性，特别是对于那些实行垂直领导的行政机关，行政管理主要是以“条条”为主的，相关法律、法规、规章的专业性较强，在行政复议管辖问题上如果规定“一刀切”的政策，不符合当前我国行政管理工作的实际，也不利于行政监督工作的有效开展，因此，法律作出了特殊的规定。
    但需要指出的是，这一特殊规定所适用的范围第二款已作出了具体的规定，不宜随意扩大，如在立法过程中曾有一些同志建议规定，对县级以上地方人民政府公安部门的行政拘留决定不服的，向上一级公安部门申请行政复议。但考虑到行政拘留涉及公民人身，在实施过程中出现了一些问题，同级人民政府对此应当实施监督，不应只允许向上一级公安部门申请复议，这一意见没有被采纳。在今后行政复议工作实践中，一定还会有一些部门根据本部门工作的特殊性提出在行政复议问题上给予特殊规定，这些必须依照法律规定的程序进行，任何部门不能违反法律的规定，限制行政管理相对人向其有权提出申请的行政机关申请行政复议。