首先，两者行使的主体不同，撤销一般要由仲裁机构本身和法院来决定，而不予执行则是由执行机关来决定，再则，导致撤销和不予执行的原因不完全相同，最为关键的是两者导致的效果不同，撤销则裁决自始不发生效力，通俗的讲相当于没有做出裁决，而不予执行则是裁决仍然存在并有效，只是由于其他方面的原因导致执行困难或无法执行或暂停执行。
另外，裁决撤销后肯定不再存在是否执行裁决的问题，而裁决不予执行后则有可能会在一定时间后撤销。