上诉人（原审原告、反诉被告）：沈阳华生建设工程有限公司，住所地沈阳市大东区X路X号。
法定代表人：翟某某，该公司董事长。
委托代理人：桑某某，该公司项目经理。
委托代理人：解海山，辽宁同兴律师事务所律师。
被上诉人（原审被告、反诉原告）：沈阳惠成电子有限公司，住所地沈阳经济技术开发区开发北X号路X-X号。
法定代表人：方子敬，该公司董事长。
委托代理人：梁新春，辽宁申扬律师事务所律师。
上诉人沈阳华生建设工程有限公司与被上诉人沈阳惠成电子有限公司建设工程施工合同纠纷一案，沈阳华生建设工程有限公司不服沈阳市中级人民法院(2007)沈民（2）房初字第X号民事判决，向本院提起上诉。本院依法组成合议庭，于2009年4月20日公开开庭审理了本案。上诉人沈阳华生建设工程有限公司委托代理人桑某某、解海山，被上诉人沈阳惠成电子有限公司委托代理人梁新春到庭参加诉讼。本案现已审理终结。
一审法院经审理查明：2006年9月30日，沈阳华生建设工程有限公司（以下简称华生公司）和沈阳惠成电子有限公司（以下简称惠成公司）签订《建设工程施工合同》，合同约定：由华生公司为惠成公司承建惠成电子工业厂房，工程包括土建、钢结构、给排水、电器等(含附属配套工程)，工期为2006年9月15日至2006年11月5日，合同价款暂定为450万元。合同第三部分第二条第5.3款约定发包人惠成公司派驻的工程师，姓名为许英杰，职务为建设总指挥，职权为负责全面建设、指挥协调、保证工程进度、施工现场认证。第三条第10.2款约定为确保工程进度要求，承包人华生公司在夜间、冬季施工增加的费用经现场签证确认，由发包人惠成公司承担。第六条合同价款与支付第23.2款本合同价款采用可调价格合同，合同价格调整方法：①按图、设计变更、施工方案，现场签证、执行辽建发(2003)X号文件和(2004)X号文件及沈阳市2006年度相关结算文件规定按类别费率执行。②室外工程的道路、外网执行同期市政相关定额及费率、工业厂房执行二类取费。第23.3款双方约定合同价款的其他调整因素：由于本项目季节原因加之工期太短，双方同意：①相关的人工费按时调差。②地面切割机土方工程机械费按实调差。③商品砼按与商砼厂签订合同执行。第26款工程款(进度款)支付。双方约定的工程款(进度款)支付的方式的时间：半月支付一次，实际转帐直拨。按工程形象进度85％拨付工程款，竣工结算后支付至总造价的95％，余5％的保修金，待质保期满后返还；钢结构部分，按补充协议执行。第九条竣工验收与结算。第32.1款承包人华生公司提供竣工图的约定：竣工后3个月内提供竣工图2套。第十一条其他第47.1款工程水电费由发包人惠成公司先行垫付，竣工结算时按文件规定向承包人华生公司收取。第47.2款分包钢结构水电费按计量收费。第47.3款材料价格认定：地坪材料按2006年沈阳市结算文件执行，其它材料价格按实计算。第47.4款电器、水暖设备需外加工订货时，价格认证由发包人惠成公司负责。第47.5款工程结算以中介机构审定为准，审计费由发包人惠成公司承担，超过核准总价10％部分由承包人华生公司承担。第47.6款发包方直接外委的分项工程给承包人华生公司施工配合费2％。
2006年11月21日，惠成公司在沈阳经济技术开发区建设工程招投标管理办公室进行建设工程直接发包备案登记。
2006年11月18日，监理单位、华生公司及建设代表许英杰签订《沈阳惠成电子新建设厂房冬季停工工程量盘点表》，该表载明：“一、土建工程。1、主体厂房，除内外墙涂料及夹层墙刮白外，全部完工。2、消防水池及泵房，除内外墙刮白及涂料外全部完工。3、室外道路，南侧76延长米砼路面成活其余部位回填土以填到设计标高并碾压密实。4、围墙及大门，北侧南，西侧围墙及大门未施工。二、电气部分。1、主体厂房内配管穿线及电气安装全部完工。2、消防水池及泵房。除与主厂房消防联动未穿线外，其余全部完工。三、给排水及消防。1、主厂房内给排水消防已全部安装完毕。2、室外消防、污排、雨排、化粪池除西侧大门入处13米消防管及雨排管未碰头外，其它全部完工。3、消防水池及泵房内管道及设备均已安装完成包括与主厂房的系统连接部分亦全部完工。”
2006年11月18日，华生公司提出《停工报告》，该报告有监理单位盖章并签字及建设单位代表许英杰签字。该报告载明：“由于我公司承建的沈阳惠成电子新建厂房工程自9月15日正式开工以来，历时73天，主体厂房、消防水池及泵房，水电安装已基本完工，基本上完成建设单位下达的任务和本公司制定的计划指标。由于气候原因剩余路面、围墙及配套工程继续施工存在诸多不利因素，因此我项目部研究决定并报公司领导批准，决定暂停施工，请批复。”
2006年9月17日，惠成公司与辽宁建设安装集团有限公司海漫钢结构工程处（以下简称海漫钢结构工程处）签订《新建钢结构建筑物材料制作安装合同》，合同约定：由海漫钢结构工程处承建惠成公司新建厂房轻钢结构、屋面、墙面彩板的生产、制作、运输、安装工程。
2007年4月28日，华生公司出具《关于钢结构工程分包及办理开竣工相关问题的意见》，该意见载明：“……一、发包方惠成公司直接外委的钢结构制作、安装工程，在与总承包人华生公司签订分包合同中，应缴纳的管理费全免，总承包方华生公司不再另行收取费用。钢结构价款由分包方直接向发包方惠成公司开具发票。
2006年10月15日，由华生公司的代表桑某某与惠成公司的代表许英杰签字的《会议纪要》，载明：“……关于桑某理提到的人工费问题：这个项目开始找了几家单位，由于工期太紧原因都没有人敢接，桑某理属帮忙角度接下来的，我们不能叫你吃亏，合同条款有也有约定，同意人工费平均按65元／日结算，钢结构由于是大包干不存在这个问题。……”。惠成公司已经使用争议工程。惠成公司已付给华生公司工程款175万元，华生公司对此无异议。
一审法院审理期间，依据惠成公司的申请，由一审法院委托辽宁天泓工程项目管理有限公司对华生公司施工的惠成电子工业厂房工程进行工程造价鉴定，结论为：华生公司施工的惠成电子工业厂房工程鉴定项目工程造价为2,370,472.00元，其中双方争议工程造价451,213.00元。争议项目是建设单位对签证单是否有效提出质疑和双方对部分分项工程由谁施工有分歧，因证据是否采用不为辽宁天泓工程项目管理有限公司鉴定范围，所以单独列出，由法院依法裁定。华生公司对鉴定报告提出复议，鉴定部门于2008年10月20日作出复议结论：华生公司施工的惠成电子工业厂房工程鉴定项目工程造价为2,390,100.00元，其中双方争议工程造价460,205.00元。鉴定部门于2008年12月18日出具说明：工程鉴定的造价应更正为2,391,721.00元，其中双方争议工程造价应更正为461,826.00元。
一审法院审理期间，依据惠成公司的申请，一审法院委托辽宁德恒物证司法鉴定所对“2006年10月15日的《会议纪要》中许英杰三个字是否为许英杰本人书写及签名时间”进行鉴定，鉴定结论为：2006年10月15日《会议纪要》中“许英杰”三字是许英杰本人书写，其书写时间不能确定。华生公司与惠成公司对该鉴定结论没有异议。
关于工程造价鉴定报告中提及的需一审法院裁决的部分，一审法院认定如下：
第一，关于外委配合费的问题。双方签订的《建设工程施工合同》约定发包方惠成公司直接外委的分项工程给承包方华生公司施工配合费2％。而华生公司于2007年4月28日出具《关于钢结构工程分包及办理开竣工相关问题的意见》中载明“发包方惠成公司直接外委的钢结构制作、安装工程，在与总承包人华生公司签订分包合同中，应缴纳的管理费全免，总承包方华生公司不再另行收取费用。”对此，鉴定部门解释管理费中应包括外委配合费且华生公司主要施工1.2米以下工程，华生公司并不需要脚手架、垂直运输等相关器具，也就不存在相关配合费用。综上，一审法院认为,对该外委配合费不予计算在工程造价中。
第二、关于06.10.17土方回填车数、06.10.X室外临时道路处理费用、06.11.13场区X路二次处理、06.11.13水泥砂浆加浆抹光随捣随抹、06.11.18铲车回填、06.12.20厂房北侧清理及平整、06.12.20钢围栏订金、06.12.20大门订金的问题。惠成公司认为上述项目均不应计取,但华生公司出具有签证单并有惠成公司现场代表许英杰签字，因此，一审法院对该笔费用予以确认。
第三、改性沥青卷材防水平面(泵房屋面)、改性沥青卷材防水立面(泵房屋面)的问题。惠成公司主张该工程不是华生公司施工，而由其独自完成，但2006年11月18日的《沈阳惠成电子新建厂房冬季停工工程量盘点表》载明:“……1、主体厂房，除内外墙涂料及夹层墙刮白外全部完工。2、消防水池及泵房：除内外墙刮白及涂料外全部完工。二、电气部分。1、主体厂房内配管穿线及电气安装全部完工。2、消防水池及泵房除与主厂房消防联动未穿线外其余全部完工。”因此，惠成公司主张不能成立，一审法院对该笔费用予以确认。
第四、关于潜水泵、雨水外线混凝土管D400、消防水外线铸铁管x的问题。惠成公司主张没有看到实物不应计取该笔费用，但华生公司出具有惠成公司现场代表许英杰的收条，因此，该笔费用一审法院予以确认。
第五、关于给水外线工程的问题。由于该部分工程鉴定部门系依据施工图纸计算，《沈阳惠成电子新建厂房冬季停工工程量盘点表》无法反映出该部分工程系由谁施工，且惠成公司亦出具了由沈阳经济技术开发区供水公司施工的发票，因此，华生公司并无充分证据证明该部分工程系其施工，该笔费用一审法院不予确认。
第六、关于人工费调差的问题。2006年10月15日《会议纪要》中载明：“关于桑某理提到的人工费问题：这个项目开始找了几家单位，由于工期太紧原因都没有人敢接，桑某理属帮忙角度接下来的，我们不能叫你吃亏，合同条款也有约定，同意人工费平均按65元／日结算，钢结构由于是大包干不存在这个问题。”因此，该笔费用一审法院予以确认。
第七、关于新建厂房电气工程、新建水池和泵房电气工程的问题。2006年11月18日的《沈阳惠成电子新建厂房冬季停工工程量盘点表》载明：“……二、电气部分。1、主体厂房内配管穿线及电气安装全部完工。2、消防水池及泵房除与主厂房消防联动未穿线外其余全部完工。”鉴定部门解释由于消防水池及泵房与主厂房消防联动未穿线，厂房电气工程不可能发生调试费用，该部分不应计入工程造价。至于水池和泵房电气工程系泵房电机调试项目，工程存在，根据盘点表应为华生公司施工。因此，一审法院对厂房电气工程调试费用不予计算在工程造价内，对水池和泵房电气工程调试费用予以确认。
华生公司一审诉称：2006年9月30日，华生公司和惠成公司签订《建设工程施工合同》，由华生公司为惠成公司承建惠成电子工业厂房，包括土建、钢结构、给排水、电器等，工期为2006年9月15日至2006年11月5日，合同价款暂定为450万元。华生公司如约履行了合同，惠成公司在未进行竣工验收的情况下，于2006年11月5日将该厂房投入使用。按照华生公司结算，工程总造价为3,675,535.06元，但惠成公司至今只付175万元。虽经华生公司多次催告，惠成公司一直拒绝偿还。华生公司诉至法院请求惠成公司偿还工程款1,925,535.00元及利息；由惠成公司承担全部诉讼费用。
2007年11月28日,华生公司向一审法院递交了增加诉讼请求的申请书，请求惠成公司支付税费135,000.00元。
惠成公司一审辩称：首先，在实际施工过程中，双方协商将钢结构部分由惠成公司直接外委至第三方海漫钢结构工程处承建，由第三方直接向惠成公司开具发票，华生公司不再向第三方收取管理费等其他费用。其次，本工程至今未能决算，无法确定工程造价。第三，华生公司承建的工程质量有瑕疵，尤其是厂房地面工程存在严重质量问题。
惠成公司补充答辩意见为：在实际施工中，惠成公司将厂房的钢结构部分委托至第三方海漫钢结构工程处承建，惠成公司并与其签订合同，双方进行费用结算，且华生公司同意并出具了《关于钢结构工程分包及办理开竣工相关问题的意见》中明确了华生公司不再另行收取任何费用。
惠成公司一审反诉称：2006年9月30日，惠成公司与华生公司签订《建设工程施工合同》，由华生公司为惠成公司承建惠成电子工业厂房，包括“土建、钢结构、给排水(含附配套工程)”，但在实际施工过程中，双方协商，将钢结构部分由惠成公司直接外委海漫钢结构工程处承建，由海漫钢结构工程处直接向惠成公司开具发票。工程质量标准为“合格”。工程竣工日期为2006年11月5日。2006年11月初，在工程没有竣工的情况下，华生公司就不在继续施工，遗留下大量后续工程没有完成。惠成公司只好自己组织施工。惠成公司发现华生公司施工质量有问题，尤其是厂房地面存在严重问题。依据协议约定华生公司应承担施工期间的水、电费。华生公司还应向惠成公司提交竣工资料及竣工验收报告，并协助办理产权手续。
惠成公司诉请：1、工程质量有瑕疵，请求依法判令华生公司重新施工，所产生的相关费用由华生公司承担；2、请求法院依法判令华生公司支付惠成公司水、电费20,002.00元；3、请求法院判令华生公司立即向惠成公司交付竣工相关资料，协助惠成公司办理房屋产权手续。
华生公司一审辩称：1、对工程质量的瑕疵问题华生公司地面最后完工日期是2006年11月1日，而惠成公司于11月5日就使用了，就是由于众所周知的原因水泥没有凝固，没有达到使用标准，而由惠成公司提前使用造成的质量问题，由惠成公司自己负责。2、水、电费问题，因为华生公司进入工地时，工地是一片荒地，根本没有工业水源，华生公司使用的水是从农村的井中抽出进行施工的，因此这个水费华生公司不应支付给惠成公司。电费的问题，由于工程总造价始终没确定，迟迟不给结算，一般建筑工程有两种形式，一个按计量收费，一个按照工程总造价收费，这个没有结算，电费是存在的。3、有关竣工资料问题，是惠成公司造成的，按照合同约定钢结构是总包的承包范围和工程内容，由于发包方私下操纵造成分包单位不配合，才形成竣工资料不能操作。4、关于提前撤场尾工问题，华生公司在十一月十多号，有个工程量盘点，这是经发包方签字同意才撤场的，尾工问题，室内的工程除了内外墙涂料没做，都已经做完了，室外工程除了马路面其他的都做完了，马路面工程为了应急做了一部分，尾工需要2007年春天继续施工，由于惠成公司不要求华生公司继续进场施工，华生公司只能做到这种程度。
一审法院认为，华生公司和惠成公司签订的《建设工程施工合同》是当事人真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，亦不损害社会公共利益及国家、集体、他人合法权益，在当事人间具有法律约束力，当事人应当依照诚实信用原则，全面履行各自的义务，不履行或者不适当履行的，应当依法承担违约责任。
关于惠成公司应支付的工程款总额。本案工程经鉴定，工程最终造价为2,331,720.00元，因此，惠成公司应支付的工程款总金额为2,331,720.00元。
关于惠成公司已支付的工程款数额。经华生公司和惠成公司就本案争议工程对帐，确认惠成公司已付工程款数额为l75万元。
关于惠成公司现应给付华生公司工程款数额的问题。华生公司、惠成公司全部工程施工结算额为2,331,720.00元，惠成公司给付工程款总计l75万元，综上，惠成公司应给付华生公司工程款数额为581,720.00元。
关于惠成公司应否给付华生公司工程款利息问题。由于惠成公司欠付华生公司工程款，惠成公司应给付华生公司欠付工程款的利息，利息起算应为双方工程价款确定之日，本案华生公司、惠成公司并未进行最终结算，鉴定部门于2008年8月18日出具鉴定结论，确定工程造价，因此，一审法院认为工程款利息应从2008年8月18日开始计算，利息计付标准双方没有约定，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十七条规定：“当事人对欠付工程价款利息计付标准有约定的，按照约定处理；没有约定的，按照中国人民银行发布的同期同类贷款利率计算。”因此利息应按中国人民银行规定的同期同类贷款利率计算。
关于华生公司主张惠成公司给付外委工程即钢结构工程的税费135,000.00元的问题。由于华生公司于2007年4月28日出具《关于钢结构工程分包及办理开竣工相关问题的意见》中载明:“发包方直接外委的钢结构制作、安装工程，在与总承包人签订分包合同中，应缴纳的管理费全免，总承包方不再另行收取费用。钢结构价款由分包方直接向发包方开具发票。”该笔税费由钢结构分包方直接向发包方开具发票，并未走华生公司财务帐且华生公司未向法院提交其交纳相关税费的单据，因此，华生公司此项主张一审法院不予支持。
关于惠成公司主张华生公司对瑕疵工程重新施工，所产生的相关费用由华生公司承担的问题。由于本案工程惠成公司已于2006年11月投入使用，因此，惠成公司主张华生公司施工的工程有质量问题一审法院无法确定，惠成公司此项主张一审法院无法支持。
关于惠成公司主张华生公司支付水、电费20,002.00元的问题。由于本案经鉴定部门对工程造价进行了鉴定，该鉴定结论已经包括水、电费用，因此，惠成公司此项主张一审法院不予支持。
关于华生公司应否给付惠成公司竣工相关资料的问题。《中华人民共和国建筑法》第六十一条第一款规定：“交付竣工验收的建筑工程，必须符合规定的建筑工程质量标准，有完整的工程技术经济资料和经签署的工程保修书，并具备国家规定的其他竣工条件。”本案争议工程已由惠成公司投入使用，因此，华生公司应向惠成公司给付相关工程资料，惠成公司此项诉讼请求，一审法院予以支持。
综上，依照《中华人民共和国合同法》第六条、第八条、第四十四条第一款、第六十条第一款、第一百零七条、第一百零九条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十四条第一款，最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第二条、第七十一条之规定，判决：一、沈阳惠成电子有限公司于本判决生效后15日内给付沈阳华生建设工程有限公司工程款581,720.00元；二、沈阳惠成电子有限公司给付沈阳华生建设工程有限公司工程款581,720.00元的利息，按中国人民银行同期贷款利率计算，从2008年8月18日起至本判决生效之日止，于本判决生效后15日内付清；三、沈阳华生建设工程有限公司于本判决生效后15日内给付沈阳惠成电子有限公司工程相关施工及竣工资料；四、驳回沈阳华生建设工程有限公司的其他诉讼请求及沈阳惠成电子有限公司其他反诉请求。如果沈阳惠成电子有限公司未按本判决指定的期间履行金钱给付义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。一审案件受理费25,130.00元，由沈阳华生建设工程有限公司负担18,035.00元，由沈阳惠成电子有限公司负担7,095.00元；反诉案件受理费150元，由沈阳惠成电子有限公司负担；工程造价鉴定费50,000.00元，由沈阳华生建设工程有限公司负担34,900.00元，由沈阳惠成电子有限公司负担15,100.00元；笔迹鉴定费2,500.00元，由沈阳惠成电子有限公司负担。
华生公司不服一审法院上述民事判决，向本院提起上诉称：一、关于外委配合费的问题。惠成公司应支付华生公司外委配合费94,075.00元，华生公司在一审中主张的外委配合费是发生在现场的直接费用，而不是管理费。一审判决对2007年4月28日华生公司出具的《关于钢结构工程分包及办理开竣工相关问题的意见》的认定是错误的。二、关于回填土的问题。虽然一审判决已按照实际的土方回填车数为华生公司计算了工程款142,754.00元，但是一审法院违反了华生公司和惠成公司签订的《建设工程施工合同》约定，按照华生公司和惠成公司签订的《施工组织设计》第三章第二条回填土“土源运距按十公里计算”的规定，除了一审判决认定的回填土费142,754.00元外，惠成公司还应向华生公司支付回填土费110,075.00元。三、关于给水外线工程款的问题。不可否认给水外线工程除了华生公司施工外，还有沈阳经济技术开发区供水公司施工，沈阳经济技术开发区供水公司工程款的发票仅为7,153.35元，本案鉴定报告中认定给水外线工程款为9,542.00元,扣除沈阳经济技术开发区供水公司的给水外线工程款7,153.35元，剩余的2,388.65元即是华生公司施工的给水外线工程款。四、关于新建厂房电气工程调试费问题。一审判决认定“消防水池及泵房与主厂房消防联动未穿线”是事实，但为了惠成公司的需要，华生公司是用临时电源调试的，惠成公司应支付华生公司新建厂房电气工程调试费6,306.00元。五、关于工程款利息应从何日开始计算的问题。一审判决认定工程款利息应从双方工程价款确定之日开始计算，即鉴定结论做出之日2008年8月18日。华生公司和惠成公司签订的《建设工程施工合同》通用条款33.3条规定：工程款起息日应为收到施工方竣工结算报告29天起，按同期银行贷款利率支付利息。华生公司提供竣工结算报告的日期为2007年1月5日。因此，起息日应为2007年2月3日。所以，一审法院确定的起息日是违反双方合同约定的。六、关于鉴定报告少计、错计、漏计的问题。鉴定报告中少计、错计、漏计有很多项(详见明细表)，各项合计鉴定机构给华生公司少算工程款387,893.00元。请求二审法院公正审理，以维护华生公司的合法权益不受侵犯。
惠成公司答辩称：一、关于外委配合费的问题。华生公司和惠成公司签订的《建设工程施工合同》第47条补充条款约定:发包方直接外委的分项工程给承包方施工配合费2%。因为华生公司无法完成钢结构制作安装工程,所以惠成公司与案外人海漫钢结构工程处签订《新建钢结构建筑物材料制作安装合同》。华生公司向惠成公司出具《关于钢结构工程分包及办理开竣工相关问题的意见》中载明：“发包方惠成公司直接外委的钢结构制作、安装工程，在与总承包人华生公司签订分包合同中，应缴纳的管理费全免，总承包方华生公司不再另行收取费用。”这是华生公司以自己的意见和行为变更了双方签订的合同。管理费包括外委配合费。因此，惠成公司不应支付华生公司外委配合费45,516.00元。二、关于回填土的问题。鉴定报告计算土方回填车数的工程款为142,754.00元，一审判决认定土方回填车数的工程款142,754.00元由惠成公司承担，惠成公司认为有一部分属重复计算，且每车单价过高，苦于无相反证据支持，故惠成公司对一审判决认定土方回填车数的工程款142,754.00元无异议。三、关于给水外线工程款的问题。鉴定报告计算给水外线工程款9,542.00元,因为给水外线工程是沈阳经济技术开发区供水公司施工的，不是惠成公司施工的，所以惠成公司无权索要给水外线工程款。四、关于新建厂房电气工程调试费问题。2006年11月18日的《沈阳惠成电子新建设厂房冬季停工工程量盘点表》第二项载明：“电气部分。1、主体厂房内配管穿线及电气安装全部完工。2、消防水池及泵房除与主厂房消防联动未穿线外，其余全部完工。”因为消防水池及泵房与主厂房消防联动未穿线，所以不能进行调试，惠成公司不应支付华生公司新建厂房电气工程调试费。五、关于工程款起息日应从何日开始计算的问题。华生公司和惠成公司签订的《建设工程施工合同》第五条规定：合同价款450万元（暂定），以竣工决算为准，含钢结构造价。专用条款优先于通用条款，第三部分专用条款第六条合同价款与支付第26款工程款支付约定：竣工结算后支付总价款的95%，余5%的保修金，待质保期满后返还。依据双方签订的合同约定，给付工程款应按照双方确定工程造价之日，由于双方没有进行工程竣工结算，鉴定机构于2008年8月18日出具鉴定报告，确定了工程造价。一审判决认定从2008年8月18日开始计算工程款利息是符合法律规定。六、关于鉴定报告是否少计、错计、漏计的问题。鉴定报告不存在少计、错计、漏计的问题。在一审对鉴定报告质证过程中，华生公司提出过这个问题，鉴定机构予以了解释，明确说明鉴定报告不存在少计、错计、漏计的问题。综上所述，原判认定事实清楚，适用法律准确，请求二审法院驳回上诉，维持原判。
本院经审理查明，一审认定事实属实，本院予以确认。
另查明：鉴定机构在工程造价鉴定报告中单独列出双方争议的工程造价为461,826.00元，其中:
一、外委配合费45,516.00元。
二、06.10.17土方回填车数工程款142,754.00元，06.10.X室外临时道路处理费12,584.00元，06.11.13场区X路二次处理费6,962.00元，06.11.13水泥砂浆加浆抹光随捣随抹工程款4,210.00元，06.11.18铲车回填工程款1,448.00元，06.12.20厂房北侧清理及平整工程款15,103.00元，06．12．20钢围栏订金2,069.00元，06．12．20大门订金5172.00元，合计190,302.00元。
三、改性沥青卷材防水平面(泵房屋面)工程款828.00元，改性沥青卷材防水立面(泵房屋面)工程款217.00元，合计1,045.00元。
四、潜水泵工程款1,954.00元，雨水外线混凝土管D400工程款576.00元，消防水外线铸铁管x工程款790.00元，合计3,320.00元。
五、给水外线工程款9,542.00元。
六、人工费调差工程款203,109.00元。
七、新建厂房电气工程调试费4,943.00元，新建水池、泵房电气工程调试费4,049.00元，合计8,992.00元。
在本院庭审中，鉴定机构辽宁天泓工程项目管理有限公司对鉴定报告是否少计、错计、漏计的问题予以了解释，内容是：2008年8月18日，鉴定机构出具了《沈阳惠成电子工业厂房工程造价鉴定报告》。2008年10月20日，鉴定机构出具了《沈阳惠成电子工业厂房工程造价鉴定报告》异议的解答。2008年12月18日，鉴定机构出具了《说明》。鉴定机构辽宁天泓工程项目管理有限公司已经收到华生公司的民事上诉状，并仔细阅读了其中的上诉请求，发现在上诉请求中“鉴定报告少计、错计、漏计工程造价明细表”中所提出的问题在一审的复核意见中都已提过，鉴定机构已给出明确意见。因此，对民事上诉状所提出的问题，鉴定机构辽宁天泓工程项目管理有限公司维持原来鉴定报告的结果。
再查明：2006年9月30日，华生公司和惠成公司签订的《建设工程施工合同》通用条款第九条第33款竣工结算规定：发包人惠成公司收到竣工结算报告及结算资料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第29天起按承包人华生公司同期向银行贷款利率支付拖欠工程价款的利息。2007年1月5日，华生公司向惠成公司提交了《沈阳惠成电子新建工程结算书（共83页）》、《沈阳惠成电子新建工程签证单（共33页）》，发包人惠成公司的建设代表许英杰在《沈阳惠成电子新建工程结算书（共83页）》、《沈阳惠成电子新建工程签证单（共33页）》的送达回执书上签字。
上述事实有建设工程施工合同、建设工程直接发包备案登记表、直接发包工程审批备案单、沈阳惠成电子新建设厂房冬季停工工程量盘点表、停工报告、银行进帐单、新建钢结构建筑物材料制作安装合同、关于钢结构工程分包及办理开竣工相关问题的意见、会议纪要、照片、沈阳惠成电子工业厂房工程造价鉴定报告、沈阳惠成电子工业厂房工程造价鉴定报告异议的解答、沈阳惠成电子工业厂房工程造价鉴定报告异议的说明、鉴定机构对鉴定报告是否少计、错计、漏计的问题进行的解释、沈阳惠成电子新建工程结算书和沈阳惠成电子新建工程签证单的送达回执书、庭审笔录在卷佐证，经开庭质证和审查，本院予以确认。
本院经审理认为：一、关于双方有争议的外委配合费的问题。2006年9月30日，华生公司和惠成公司在《建设工程施工合同》规定：承包方华生公司为发包方惠成公司承建惠成电子工业厂房，工程包括土建、钢结构、给排水、电器等，工期为2006年9月15日至2006年11月5日。补充条款规定：发包方惠成公司直接外委的分项工程给承包方华生公司施工配合费2％。
2006年9月17日，惠成公司和海漫钢结构工程处签订《新建钢结构建筑物材料制作安装合同》，合同约定：由海漫钢结构工程处承建惠成公司新建厂房钢结构、屋面、墙面彩板的生产、制作、运输、安装工程。
2007年4月28日，华生公司给惠成公司出具了《关于钢结构工程分包及办理开竣工相关问题的意见》，该意见的内容是：惠成公司（发包方）：依据双方合同约定，华生公司为总承包方，为协助和支持尽快办理惠成电子工业厂房开、竣工手续，经研究决定：一、发包方惠成公司直接外委的钢结构制作、安装工程，在与总承包方华生公司签订分包合同中，应缴纳的管理费全免，总承包方华生公司不再另行收取费用，钢结构价款由分包方直接向发包方惠成公司开具发票。
鉴定机构在工程造价鉴定报告中单独列出双方争议的外委配合费是45,516.00元，鉴定机构计算外委配合费是45,516.00元的依据是华生公司和惠成公司在《建设工程施工合同》中的补充条款关于发包方惠成公司直接外委的分项工程给承包方华生公司施工配合费2％的约定。依据上述事实，华生公司和惠成公司签订《建设工程施工合同》的时间在前，华生公司给惠成公司出具的《关于钢结构工程分包及办理开竣工相关问题的意见》的时间在后，华生公司在关于钢结构工程分包及办理开竣工相关问题的意见中明确表示同意发包方惠成公司直接外委的钢结构制作、安装工程，应缴纳的管理费全免，总承包方华生公司不再另行收取费用。惠成公司对华生公司给其出具的《关于钢结构工程分包及办理开竣工相关问题的意见》没有提出异议。华生公司以自己研究的决定和意见征得了惠成公司的同意，双方达成了合意，该合意变更了华生公司和惠成公司在《建设工程施工合同》中的补充条款关于发包方惠成公司直接外委的分项工程给承包方华生公司施工配合费2％的约定。因此，一审法院认定外委配合费45,516.00元不应计算在工程造价中正确，华生公司关于惠成公司应支付其外委配合费94,075.00元的上诉理由不能成立，本院不予支持。
二、关于双方有争议的回填土费的问题。鉴定机构在工程造价鉴定报告中单独列出双方争议的回填土费（即06.10.17土方回填车数）是142,754.00元。一审法院认定惠成公司应支付华生公司回填土费142,754.00元。华生公司上诉认为按照华生公司和惠成公司签订的《施工组织设计》第三章第二条回填土“土源运距按十公里计算”的规定，除了一审判决认定的回填土费142,754.00元外，惠成公司还应向华生公司支付回填土费110,075.00元，鉴定机构在工程造价鉴定报告中是按车计算的回填土费，不是按距离计算的回填土费。鉴定机构在本院庭审中说明：《施工组织设计》是华生公司和惠成公司在施工前签订的，不是在施工后签订的。回填土这部分是有签证的按照签证计算，没有签证的按照定额计算。本案因为有签证就按照签证计算，不能按定额再重复计取。因此，华生公司关于除了一审判决认定的回填土费142,754.00元外，惠成公司还应向华生公司支付回填土费110,075.00元的上诉理由没有事实和法律依据。
三、关于双方有争议的给水外线工程款的问题。在本院庭审中，华生公司和惠成公司对给水外线工程是沈阳经济技术开发区供水公司施工的事实均没有异议，沈阳经济技术开发区供水公司给惠成公司出具的给水外线工程款的发票数额为7,153.35元。鉴定机构在工程造价鉴定报告中单独列出双方争议的给水外线工程款是9,542.00元，鉴定机构计算给水外线工程款9,542.00元的依据是施工图纸。华生公司没有举出剩余的2,388.65元即是华生公司施工的给水外线工程款的证据。因此,华生公司关于本案鉴定报告中认定给水外线工程款为9,542.00元,扣除沈阳经济技术开发区供水公司的给水外线工程款7,153.35元，剩余的2,388.65元即是华生公司施工的给水外线工程款的上诉理由没有证据佐证，本院不予支持。
四、关于双方有争议的新建厂房电气工程调试费问题。2006年11月18日的《沈阳惠成电子新建设厂房冬季停工工程量盘点表》载明：消防水池及泵房与主厂房消防联动未穿线。鉴定机构在工程造价鉴定报告异议的解答中计算双方有争议的新建厂房电气工程调试费是4,943.00元。华生公司上诉认为一审判决认定“消防水池及泵房与主厂房消防联动未穿线”是事实，但为了惠成公司的需要，华生公司是用临时电源调试的，惠成公司应支付华生公司新建厂房电气工程调试费6,306.00元，其依据是华生公司根据鉴定部门鉴定的4,943.00元基础上计算出6,306.00元。鉴定机构在本院庭审中说明：由于消防水池及泵房与新建厂房消防联动未穿线，新建厂房电气工程不能进行调试。因此，一审法院认定新建厂房电气工程调试费4,943.00元不应计算在工程造价内正确，华生公司关于惠成公司应支付其新建厂房电气工程调试费6,306.00元的上诉理由不能成立。
五、关于工程款的利息应从何日开始计算的问题。最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十八条规定：利息从应付工程价款之日计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：（一）建设工程已实际交付的，为交付之日；（二）建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日；（三）建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。2006年9月30日，华生公司和惠成公司签订的《建设工程施工合同》共分三部分，第一部分是协议书，第二部分是通用条款，第三部分是专用条款。第一部分协议书第五条合同价款约定：合同价款暂定为450万元，以竣工决算为准，含钢结构造价。第三部分专用条款第六条合同价款与支付规定：工程款支付的时间是半月支付一次，实行转帐直拨，按工程形象进度85%拨付工程款，竣工结算后支付总造价的95%，余5%的保修金，待质保期满后返还。第二部分通用条款第九条第33款竣工结算规定：发包人惠成公司收到竣工结算报告及结算资料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第29天起按承包人华生公司同期向银行贷款利率支付拖欠工程价款的利息。本案双方当事人在第一部分协议书和第三部分专用条款对应付工程价款之日的约定为以竣工决算（日）为准。第二部分通用条款对应付工程价款之日的约定为发包人惠成公司收到竣工结算报告及结算资料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第29天起按承包人华生公司同期向银行贷款利率支付拖欠工程价款的利息。2007年1月5日，华生公司向惠成公司提交了沈阳惠成电子新建工程结算书和沈阳惠成电子新建工程签证单，发包人惠成公司的建设代表许英杰在《沈阳惠成电子新建工程结算书（共83页）》和《沈阳惠成电子新建工程结算书（共83页）》的送达回执书上签字。因此，华生公司向惠成公司提交竣工结算文件日期是2007年1月5日，按照双方当事人在《建设工程施工合同》约定的惠成公司收到竣工结算报告及结算资料后28天内无正当理由不支付工程竣工结算价款，从第29天起按华生公司同期向银行贷款利率支付拖欠工程价款的利息。本案工程款的利息应从2007年2月3日开始计算，华生公司关于工程款的利息应从2007年2月3日开始计算的上诉理由成立，一审法院认定本案的工程款利息应从2008年8月18日开始计算不妥，应予以纠正。
六、关于鉴定报告是否少计、错计、漏计的问题。华生公司上诉称鉴定报告中少计、错计、漏计工程款合计387,893.00元，证据是华生公司计算的“鉴定报告少计、错计、漏计工程造价明细表”。鉴定机构在本院庭审中说明：2008年8月18日，鉴定机构出具了《沈阳惠成电子工业厂房工程造价鉴定报告》。2008年10月20日，鉴定机构出具了《沈阳惠成电子工业厂房工程造价鉴定报告》异议的解答。2008年12月18日，鉴定机构出具了《说明》。鉴定机构已经收到华生公司的民事上诉状，并仔细阅读了其中的上诉请求，发现在上诉请求中“鉴定报告少计、错计、漏计工程造价明细表”中所提出的问题在一审的复核意见中都已提过，鉴定机构已给出明确意见，因此对华生公司的民事上诉状所提出的问题，鉴定机构维持原来鉴定报告结果。因为“鉴定报告少计、错计、漏计工程造价明细表”是华生公司计算的，所以华生公司关于鉴定报告中少计、错计、漏计工程款合计387,893.00元的上诉理由没有事实和法律依据，应当以鉴定机构出具的鉴定报告为准。
综上所述，依据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十三条第一款第（三）项之规定，判决如下：
一、维持沈阳市中级人民法院(2007)沈民（2）房初字第X号民事判决第一、三、四项；
二、变更沈阳市中级人民法院(2007)沈民（2）房初字第X号民事判决第二项为沈阳惠成电子有限公司于本判决生效后15日内给付沈阳华生建设工程有限公司工程款581,720.00元的利息（从2007年2月3日起至本判决生效之日止，按中国人民银行同期贷款利率计算）。
如果沈阳惠成电子有限公司未按本判决指定的期间履行金钱给付义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
一审案件受理费25,130.00元，由沈阳华生建设工程有限公司承担18,035.00元，由沈阳惠成电子有限公司承担7,095.00元；反诉案件受理费150元，由沈阳惠成电子有限公司承担；工程造价鉴定费50,000.00元，由沈阳华生建设工程有限公司承担34,900.00元，由沈阳惠成电子有限公司承担15,100.00元；笔迹鉴定费2,500.00元，由沈阳惠成电子有限公司承担。
二审案件受理费25,130.00元，由沈阳华生建设工程有限公司承担20,000.00元，由沈阳惠成电子有限公司承担5,130.00元。
本判决为终审判决。
审判长刘军
审判员许建时
审判员刘新忠
二○○九年六月一日
书记员孙梦依
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