上诉人（一审被某）广西城建建筑工程有限公司。
法定代表人周某乙。
委托代理人邓某某。
委托代理人周某乙f。
被某诉人（一审原告）广西明臣置业投资有限公司。
法定代表人黄某。
委托代理人刘某某。
被某诉人（一审第三人）中国人民解放军广西南宁警备区。
法定代表人江某。
上诉人广西城建建筑工程有限公司（以下简称城建公司）因与被某诉人广西明臣置业投资有限公司（以下简称明臣公司）、被某诉人中国人民解放军广西南宁警备区X区）建设工程施工合同纠纷一案，不服南宁市X区人民法院（2009）青民一初字第X号民事判决，向本院提起上诉。本院于2012年1月30日受理后，依法组成合议庭，并于2012年2月13日公开开庭进行了审理。上诉人城建公司的委托代理人邓某某、周某乙f，被某诉人明臣公司的委托代理人刘某某到庭参加诉讼。被某诉人南宁警备区经本院传票传唤无正当理由拒不到庭参加诉讼，本院依法缺席审理。本案现已审理终结。
一审法院经审理查明：2002年12月19日，明臣公司与中国人民解放军广西南宁军分区签订一份《合作协某书》，约定：“双方合作开发建房，南宁军分区（甲方）提供建房用地，明臣公司（乙方）提供资金，在南宁军分区提供的土地上，建设X栋均为X层24套（每套实用面积223）复式住宅楼，由明臣公司全权负责工程建设、财务管理以及安全工作。合作项目称为青秀山生活小区”。上述协某签订后，明臣公司、城建公司于2004年5月28日签订了《补充协某书》，约定由城建公司负责青秀山住宅项目的1-X号住宅楼及俱乐部的施工，合同期540天，同时约定工程采取包工包料方式，其中1#、3#、4#、5#、6#号楼按照固定价格930元3（含水电）、片石挡土墙按180元3结算，2#住宅楼及俱乐部单价由双方另行商定。协某第九条第2项约定，城建公司未能按照协某约定的竣工日期完工，每一单位工程每误期一天，相应按合同价款的万分之二支付违约金。2006年4月25日，明臣公司、城建公司签订《南宁军分区青秀山住宅0#、2#楼工程补充协某书》，约定由城建公司负责青秀山住宅项目的0#、2#住宅楼的施工，合同期120天，同时约定工程采取包工包料方式，按照固定价格870元3（含水电）一次性价格包死（在任何情况下，如材料价格上涨，政策性变化等均不得调整）。城建公司未能按照协某约定的竣工日期完工，每一单位工程每误期一天，相应按合同价款的万分之二支付违约金。2007年10月29日，明臣公司、城建公司再次签订《补充协某书》，约定城建公司以桂x、桂x两辆小车作为抵押向明臣公司借款100000元，城建公司须在收到借款后购买材料进场，在10天内完成2#楼所有未做工程并达到初验要求。城建公司保证在2007年11月30日前青秀山工程0#、2#楼竣工验收，如果工程每延期一天，城建公司将自愿按每天2000元付给明臣公司作为违约金。城建公司借明臣公司的100000元于青秀山工程0#、2#楼竣工验收结算时抵扣，合同自双方签订盖章之日起生效，城建公司向明臣公司还款后终止。2007年10月31日，明臣公司通过交通银行向城建公司建行账户转账100000元，并在进账单中注明系工程借款。
2005年10月8日，1#、3#、4#、5#、6#楼正式开工。5#、6#楼于2007年8月18日竣工；1#、3#楼于2007年9月24日竣工；4#楼于2007年12月5日竣工。1#、3#、5#、6#楼于2007年10月22日通过竣工验收；4#楼于2008年1月24日通过竣工验收。2#楼于2006年5月5日开工，2008年5月26日竣工，2008年12月3日通过竣工验收。0#楼于2006年9月26日开工，2008年5月26日竣工，2008年12月3日通过竣工验收。明臣公司、城建公司双方均确认因封路而停工19天，故各楼应计算的实际逾期竣工天数如下：0#楼X天、1#楼X天、2#楼X天、3#楼X天、4#楼X天、5#楼X天、6#楼X天。
工程完工后，明臣公司、城建公司双方就工程量结算问题一直未能达成一致意见。明臣公司分别于2008年12月9日、2009年4月23日向城建公司发出《函》、《通知》，要求城建公司办理工程移交手续，但城建公司以工程款尚未结算为由拒绝交付工程及房屋钥匙。2009年4月27日，明臣公司强行接收0#-6#楼。城建公司因工程尚未结算，故未在《竣工验收备案表》上盖章，亦未将相关竣工验收备案资料交给明臣公司。
关于工程造价问题，一审法院委托广西正基工程造价咨询事务所有限公司对青秀山0#、1#、2#、3#、4#、5#、6#(含挡土墙)住宅楼工程造价进行鉴定，广西正基工程造价咨询事务所有限公司于2010年6月29日作出《审核报告》，鉴定结论是该工程造价为：（略）.95元（其中：1#、3#、4#、5#、6#工程单价包干造价为（略）.55元，0#、2#工程单价包干造价为（略）.38元。另因建设、监某、施工三方《签证单》记录，由于设计变更，0#、1#、2#、3#、4#、5#、6#楼±0.000升高30cm，需人工回填土方，而明臣公司、城建公司双方对该记录理解不一致，且无现场测量笔录记载，故一审法院再次委托广西正基工程造价咨询事务所有限公司对上述内容补充鉴定，并通知明臣公司、城建公司双方到现场实测0#-6#楼架空层的层高数据。2011年3月17日，广西正基工程造价咨询事务所有限公司根据实地测量结果作出《补充审核报告》，认定工程竣工图中架空层层高为2.15米，而四方代表现场实测0#-6#楼架空层层高平均值均超过2.2米，导致应该计算架空层建筑面积及相应的工程造价，但架空层层高施工超过设计要求，提供的鉴定资料没有设计变更或明臣公司、城建公司签证认可资料，鉴定结论为青秀山住宅楼X#-6#楼架空层每栋楼建筑面积为384.73，工程总造价为（略）.50元。对于青秀山住宅楼X#-6#楼的工程款，双方均认可明臣公司已实际支付（略）元。经一审法院向明臣公司释明，明臣公司放弃第一项要求确认明臣公司应当向城建公司支付工程款815562.92元的诉讼请求。
一审法院另查明：2004年10月15日，城建公司曾与南宁军分区签订一份《建设工程施工合同》。2004年12月29日，明臣公司、城建公司签订一份《补充协某》，其中约定城建公司须按照明臣公司、城建公司于2004年5月28日签订的《补充协某》的约定进行施工，城建公司与南宁军分区签订的《建设工程施工合同》，是为方便南宁军分区办理有关证件及报建手续使用，明臣公司、城建公司不执行该合同，不受该合同的约束。2008年北流市城建建筑工程有限公司变更为广西城建建筑工程有限公司。
一审法院经审理认为：关于明臣公司与城建公司之间签订《补充协某》效力的问题。明臣公司与中国人民解放军广西南宁军分区在合同中约定由明臣公司出资，南宁军分区供地，合作开发建房。明臣公司全权负责工程建设、财务管理以及安全工作。由此可见，明臣公司对外负责南宁军分区青秀山住宅项目的开发建设。明臣公司、城建公司分别于2004年5月28日、2006年4月25日签订的《补充协某书》，系双方真实意思表示，应为有效合同。从明臣公司、城建公司2004年12月19日签订的《补充协某书》中约定的内容来看，城建公司作为工程实际施工单位，其与南宁军分区签订的《建设工程施工合同》的目的是为了便于办理有关证件及报建手续，双方并未实际履行该合同。从实际情况来看，工程建设施工均是依照明臣公司、城建公司之间签订的补充协某书来履行。南宁军分区对于明臣公司开发建设，城建公司实际施工的情况并未提出异议。
关于本案建筑工程量的问题。由于工程存在设计变更及工程量增减问题，双方在工程竣工后一直就实际工程量及工程造价进行反复协某，最终未能就工程结算达成一致意见。在诉讼过程中，本院依法委托广西正基工程造价咨询事务所有限公司对青秀山住宅楼X#-6#楼及增加的架空层工程进行鉴定。经双方质证，确定0#-6#楼工程总造价为（略）.95元。但对于架空层是否应当纳入计算的范围双方产生争议。本院遂委托评估机构结合现有证据再次现场实际测量，结论为架空层层高平均值均超过2.2米，并非明臣公司主张的2.15米，亦非城建公司主张的2.45米。根据该测量结果，评估机构核算0#-6#楼架空层工程造价为（略）.50元。从《补充审核报告》审核说明来看，架空层层高设计为2.15米，竣工图亦为2.15米。架空层层高超过设计要求，提供的鉴定资料没有设计变更或者明臣公司、城建公司双方签证认可资料。城建公司主张2005年12月9日明臣公司发函要求城建公司将1#、3#、4#、5#、6#楼由原设计的±0.000升高30cm即属于设计变更。本院认为，对于架空层的建设应当根据原有的设计，如需改变原设计，应当有设计变更的图纸或双方签证等书面材料，将楼体由原设计的±0.000升高30cm，这种变更针对的是建筑物整体而言，并不能说明双方对于架空层本身作出了设计变更。架空层实测结果与明臣公司、城建公司主张的数值均存在一定的差别，在没有其他证据证实架空层存在设计变更的情况下，应当认定架空层层高为设计和竣工图记载的2.15米，实测层高超过2.15米的部分为施工误差，故0#-6#楼的架空层不应计入建筑面积。
关于明臣公司要求支付城建公司逾期竣工违约金的问题。根据《补充协某》第九条的约定，城建公司未能按本协某约定的竣工日期完工，应承担违约责任，每一单位工程每延误一天，相应按合同价款的万分之二支付违约金。故城建公司应向明臣公司支付逾期竣工违约金如下：0#楼X元（（略）.69元×0.0002×470天）、1#楼X.5元（（略）.91元×0.0002×157天）、2#楼X.5元（（略）.69元×0.0002×614天）、3#楼X.7元（（略）.91元×0.0002×158天）、4#楼X.3元（（略）.91元×0.0002×230天）、5#楼X.6元（（略）.91元×0.0002×121天）、6#楼X.6元（（略）.91元×0.0002×121天）。另，2007年10月29日，明臣公司、城建公司双方签订的《补充协某书》约定，城建公司保证在2007年11月30日前将0#、2#楼竣工验收，每延期一天，自愿按每天2000元支付给明臣公司。0#、2#楼于2008年12月3日竣工验收，至此城建公司逾期369天。共需向明臣公司支付违约金738000元（2000元/天×369天）。综上，城建公司应向明臣公司支付逾期竣工违约金共计（略）.2元。明臣公司、城建公司双方未对逾期交房及钥匙而产生的违约金进行约定，故明臣公司要求城建公司支付逾期交房及钥匙而产生的违约金的诉讼请求，于法无据，不予支持。城建公司主张施工过程中受雨天及设计变更影响，工期应当顺延。本院认为，降雨是一定气候条件下常见的天气现象，施工方一般会且应当根据气候规律对当地的天气情况有所了解并在确定竣工期限时予以考虑，因此，除气候极端异常造成的灾害性降雨外，一般的连续降雨时间不应扣除。对于设计变更需增加工期的天数，应当由双方进行约定，或有监某签证意见予以证实。现城建公司未能提交证据证明由于设计变更延长工期的具体天数，故对城建公司据此要求扣除逾期竣工天数的答辩，本院不予采信。
关于城建公司向明臣公司借款100000元的问题，明臣公司主张该借款已包含在其向城建公司支付的（略）元里，并提供《用款申请书》及交通银行进账单（回单）予以佐证，对此，本院予以确认。城建公司作为施工单位，有义务配合明臣公司办理建设工程的竣工验收备案手续，故对明臣公司要求城建公司配合其办理青秀山住宅小区X#-6#楼的备案手续的诉讼请求，应予以支持。综上所述，根据《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百一十四条第一款，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条、第十九条、第二十三条之规定，判决：一、城建公司应向明臣公司支付逾期竣工违约金（略）.2元；二、城建公司应于本案判决生效之日起三十日内协某明臣公司办理南宁军分区X区X#-6#楼的竣工验收备案手续，并将竣工验收备案所需资料移交给明臣公司。本案受理费29753元，鉴定评估费50000元，两项合计79753元，由明臣公司负担38753元，城建公司负担41000元。
上诉人城建公司上诉称：一、一审判决认定架空层设计变更为施工误差，属于认定事实错误，应予以纠正，应认定架空层的建筑面积按全面积计算。明臣公司于2005年12月9日发函，要求“由原设计的±0．000基础上提高30cm”，该函确为明臣公司决定将架空层高度215cm增加30cm高度的依据，理由如下：第一，从工程设计图纸与竣工图纸标注的高度来看，其他楼层的楼层高度从没有变更过，说明明臣公司要求变更的是架空层的高度。第二，从明臣公司变更的目的来说，变更其他楼层的高度并没有实际的意义，而将架空层原高度215cm增加30cm，就可使架空层增加住宅的功能。第三，上诉人提供的工程竣工图中架空层层高为215cm，只是上诉人按明臣公司为规避验收的要求提供，因为如果竣工图的层高超过220cm，则会引起建设方因违反建设规划许可而导致承担工程验收不通过以及罚款的法律后果。第四，同样基于规避验收的目的，明臣公司在决定增加架空层的层高30cm后，又决定人工回填30cm，而人工回填30cm导致架空层室内比室外的高度相差30cm，人为抬高地面，则会增加使用上的不便，与常理不符，事实证明，现在建设方已将人工回填的30cm挖掉，均表明明臣公司已将架空层的层高设计变更为220cm以上，而非法院认定的施工误差。因此，一审法院委托评估机构现场实际测量核算0#-6#楼架空层造价为（略）．50元，应得到确认。二、1#、3#、4#、5#、6#楼的工程造价应以上诉人2008年6月5日提交的工程结算书结算，但一审判决对此避而不谈，应认定该结算为定案依据。上诉人与明臣公司签订的两份《补充协某》均约定“在甲方收到乙方的结算书后45天审定支付清所有余款”，财政部、建设部颁布的《建设工程价款结算暂行办法》第十六条规定：“发包人收到竣工结算报告及完整的结算资料后，在办法规定或合同约定期限内，对结算报告及资料没有提出意见，则视同认可”，建设部颁布的《建筑工程施工发包与承包计价管理办法》第十六条亦规定：“发包方应当在收到竣工结算文件后的约定期限内予以答复。逾期未答复的，竣工结算文件视为已被某可”。本案发包方在收到上诉人提交的工程结算书后45天内无任何答复，应当视为上诉人提交的结算书已获认可，应当作为结算依据，一审判决既已认定《补充协某》为合法有效的合同，其中的结算条款“在甲方收到乙方的结算书后45天审定支付清所有余款”对合同双方均产生法律约束力，因此，1#、3#、4#、5#、6#楼的工程造价以上诉人2008年6月5日提交的工程结算书为依据，该X栋楼的工程造价应为（略）.60元。三、一审判决对认定上诉人承担违约金的法律适用错误。第一，2007年10月29日上诉人与明臣公司签定的《补充协某书》约定的0#、2#楼逾期竣工每天支付违约金2000元过高，请求人民法院适当调低。该补充协某的主要内容是说上诉人向明臣公司借款并加重上诉人的工程逾期竣工违约金，而在当时，明臣公司还拖欠上诉人的工程款，上诉人根本没有必要向明臣公司借款，但是处于强势地位的明臣公司提出，不按其要求递交借款申请书并签订补充协某，就不付款，当时上诉人资金困难、材料供应商、施工工人追讨材料款和工资，在工地闹事，在此危急而无奈的情形下，上诉人只得答应明臣公司，将平时的工程款支付申请，转变成借款形式申请，并被某加重上诉人应承担的工程逾期竣工违约金，该补充协某违背公平原则加重上诉人的义务。《合同法》第114条第2款规定：“约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少”。双方约定的违约金标准过高，依法应调低违约金，理由如下：依法院委托鉴定的结论，0#、2#楼的工程造价仅为（略）．3元，但一审法院认定的违约金高达738000元，所占工程造价的比例高达27．5％，但本案中明臣公司并没有产生任何实际损失，因此，上诉人请求人民法院予以调整。第二，0#、2#的逾期竣工，明臣公司具有严重的过错，不应归责于上诉人。按2007年10月29日上诉人与明臣公司签订的《补充协某书》之约定，可看出仅差10万元上诉人就可将0#、2#楼全部完工，而实际上，在2007年11月20日前0#、2#楼已达竣工验收的要求，但为何拖了近一年才验收原因在于0#楼原设计为俱乐部，后明臣公司口头通知上诉人，要求将0#楼变更为住宅楼，参照其他栋施工，而该变更手续没有取得规划部门的许可，导致0#楼迟迟不能验收，并且由于0#与2#楼是同一施工许可证，必须同时验收，0#因手续不全不能验收，2#楼也不能验收，因此，因0#楼手续不全引起的逾期竣工应免除上诉人的违约责任。第三，明臣公司逾期付款，逾期期间不应计入工期。明臣公司屡次逾期支付工程进度款，造成上诉人施工困难，并造成上诉人的损失，应免除上诉人逾期期间的逾期竣工违约责任。第四，市X路施工引起的封路期间，也不应计入工期。工程施工，必须具备“三通一平”的条件，即水通、电某、路通，土地平整，在合同约定的施工期间，由于工程附近的必经之路屡次施工，引起封路，封路期间引起的误工，也应免除上诉人的逾期竣工违约责任。第五，明臣公司的逾期竣工违约金诉请已超过时效。工程竣工后，明臣公司没有向上诉人提出逾期竣工验收违约金的索赔请求，按照国家工程合同法律规定，工程违约金的索赔时间为28天，明臣公司在规定的28天法律时效内没有向上诉人提出索赔，已超过索赔时效，人民法院应驳回明臣公司该项诉请。四、关于配合办理建设工程验收备案手续的义务，上诉人具有履行抗辩权。明臣公司在一审诉状当中，承认尚欠上诉人工程款815562．92元，即使双方对工程款有争议，但815562．92元欠款是双方没有争议的，明臣公司应当按时支付，但其至今没有支付，虽然上诉人具有配合办理建设工程验收备案手续的义务，但上诉人可行使同时履行抗辩权，拒绝履行该义务。因此，请求人民法院驳回明臣公司该项诉请。综上，一审判决认定事实错误，适用法律不当，请求二审法院撤销一审判决，改判驳回被某诉人的诉讼请求，本案一、二审诉讼费由被某诉人承担。
被某诉人明臣公司答辩称：一、本案工程的设计图纸和竣工图纸可以证明架空层的高度没有进行调整。被某诉人发函要求在原设计的±0．000基础上提高30cm，并不是提高架空层的高度，建筑物的高度没有改变，现场实测架空层高度与设计高度的差别是由于施工误差造成的。根据一审鉴定结果，±0．000提高30cm增加的工程量仅47万元，上诉人借此索取245万元工程款没有事实和法律依据，是不符合公平原则的。二、本案不存在被某诉人收到结算文件未答复的情况，事实上被某诉人在收到结算文件后已经委托专业机构进行审核，上诉人也参与了审核工作只是最后不同意审核结果。三、上诉人主张0#楼由俱乐部变成住宅楼，被某诉人对此无异议。但被某诉人并没有耽搁0#楼的开工时间，0#楼的设计变更并不影响上诉人的施工，0#楼至今已竣工完毕。合同约定的违约金标准确实不高，不应当降低调整。0#楼和2#楼违约金高是由于上诉人严重逾期完工，合同约定的工期是120天，但上诉人逾期完工将近2年，违约金高是上诉人逾期时间过长造成的，因此，不存在调整违约金的问题。四、双方合同只是规定达到什么情况支付工程款，没有具体规定付款的时间，被某诉人并没有超过时间付款，所以不存在逾期支付工程款。假如说本案是因为被某诉人原因造成工期延误的，应当有签证手续，但上诉人并没有签证的顺延理由，所以上诉人的主张没有事实和法律依据。五、我国并没有相关法律规定工程索赔时效，上诉人主张的工程索赔时效问题不成立。六、被某诉人已经按照合同约定支付工程款给上诉人，剩余的工程款待双方结算后才支付，现在双方无法进行结算，所以无法支付剩余的工程款。上诉人应当积极配合被某诉人办理验收备案手续，这是上诉人的义务。综上，请求二审法院维持一审判决，驳回上诉人的上诉请求。
被某诉人南宁警备区向本院提交书面意见称：本案纠纷系工程承包单位与施工单位之间因建设施工合同引起的，纠纷本身不涉及原南宁军分区X区已于2004年12月因军队编制体制调整而改编为南宁警备区X区，南宁警备区现任领导和机关人员对本案情况均不了解，也无任何相关建设项目原始资料，所以不便派员出庭参加诉讼。
当事人争议的焦点是：一、架空层面积是否应纳入计算建筑面积二、1#、3#、4#、5#、6#楼的工程造价是多少三、0#楼与2#楼的违约金是否应调整四、上诉人是否应配合被某诉人办理涉案工程的验收备案手续
二审期间，上诉人提供以下证据：1、付款申请表，证明被某诉人因延期付款导致0#楼工期顺延95天，2#楼工期顺延126天；2、付款申请表（2007年12月18日），证明2#楼在2007年12月18日已达到验收要求；3、分项工程验收表，证明0#楼在2008年1月18日已全部达到验收要求；4、设计变更通知单，证明0#楼原设计为俱乐部，但该设计变更没有获得规划许可、施工许可，导致工程迟迟不能验收，因此导致的工期延误应归责于被某诉人。
被某诉人认为上诉人提供的上述证据不应作为本案二审期间的新证据。被某诉人二审期间没有新证据提交。
本院认为，上诉人二审期间提供的上述证据，依法不属于二审程序中的新证据，且不能证实上诉人的主张，本院不予采纳。
本院二审查明的事实与一审判决查明的事实相同，本院对一审判决查明的事实予以确认。
本院另查明：中国人民解放军广西南宁军分区于2004年12月改编为中国人民解放军广西南宁警备区。
本院认为：根据被某诉人明臣公司与中国人民解放军广西南宁军分区签订的《合作协某书》约定，南宁军分区提供建设用地，明臣公司出资全权负责南宁军分区青秀山住宅项目工程建设。被某诉人明臣公司将南宁军分区青秀山住宅项目工程发包给上诉人城建公司施工，双方为此分别于2004年5月28日、2006年4月25日签订《补充协某书》及《南宁军分区青秀山住宅0#、2#楼工程补充协某书》，系双方真实意思表示，未违反法律规定，应为有效合同，双方应依约履行。从明臣公司、城建公司2004年12月19日签订的《补充协某书》来看，城建公司与南宁军分区签订《建设工程施工合同》是为了便于办理有关证件及报建手续，该合同并未实际履行。从实际情况来看，南宁军分区青秀山住宅项目工程施工均是依照明臣公司、城建公司之间签订的《补充协某书》及《南宁军分区青秀山住宅0#、2#楼工程补充协某书》来履行。
因双方对于架空层是否应纳入计算建筑面积的范围产生争议，一审法院遂委托评估机构并组织双方到现场实际测量，结论为架空层层高平均值均超过2.2米，并非明臣公司主张的2.15米，亦非城建公司主张的2.45米。从《补充审核报告》审核说明来看，架空层层高设计为2.15米，竣工图亦为2.15米。架空层层高超过设计要求，城建公司主张是由于2005年12月9日明臣公司发函要求城建公司将1#、3#、4#、5#、6#楼由原设计的±0.000提高30cm即属于设计变更。经审查，在双方提供的证据中没有架空层层高设计变更或双方签证等书面材料，将楼体由原设计的±0.000提高30cm，这种变更针对的是建筑物整体而言，并不能说明双方对架空层本身作出设计变更。在没有其他证据证实架空层存在设计变更的情况下，一审判决认定现场实测层高与设计层高产生差异属于施工误差并据此确定0#-6#楼的架空层不应计入建筑面积正确，本院予以维持。
城建公司主张1#、3#、4#、5#、6#楼的工程造价应以城建公司2008年6月5日提交的工程结算书结算，理由是明臣公司在收到其提交的工程结算书后45天内无任何答复，依双方合同约定应视为明臣公司已认可结算书。经审查，双方签订的《补充协某书》及《南宁军分区青秀山住宅0#、2#楼工程补充协某书》约定，住宅楼工程按照固定价格（含水电）一次性价格包死，同时约定增减工程计算依据。此外，还约定明臣公司按城建公司施工进度支付工程进度款，其中“…工程竣工验收合格后甲方（明臣公司）按工程总造价支付10%的工程款，余款（扣除2%的保修金）在甲方（明臣公司）收到乙方（城建公司）的结算书后45天审定支付清所有余款…”，该约定只是针对明臣公司支付工程进度款而言，并非双方关于合同工程造价的结算条款。而事实上，明臣公司于2008年6月5日收到城建公司提交的1#、3#、4#、5#、6#楼的工程结算书后，即于2008年7月10日委托广西建标建设工程咨询有限责任公司对涉案工程造价及有关材料进行审核并告知城建公司。因此，城建公司以明臣公司收到1#、3#、4#、5#、6#楼的工程结算书后45天内无答复而主张按上述工程结算书认定1#、3#、4#、5#、6#楼的工程造价，无事实和合同依据，本院不予支持。
明臣公司、城建公司于2007年10月29日签订《补充协某书》约定，城建公司保证在2007年11月30日前将0#楼、2#楼竣工验收，每延期一天，城建公司自愿按每天2000元支付给明臣公司。0#楼、2#楼直到2008年12月3日才通过竣工验收，已逾期369天。依照上述约定，城建公司就此应向明臣公司支付违约金738000元（2000元/天×369天）。根据广西正基工程造价咨询事务所有限公司的鉴定结论，0#楼和2#楼工程造价为（略）.38元，上述违约金达到0#楼、2#楼工程造价的36.66%，因此，城建公司请求适当减少该项违约金，符合《中华人民共和国合同法》第一百一十四条第二款的规定，本院予以支持。本院根据本案实际情况确定城建公司应参照《南宁军分区青秀山住宅0#、2#楼工程补充协某书》第九条约定承担违约责任，即每一单位工程每延误一天，相应按合同价款的万分之二支付违约金。故城建公司应向明臣公司支付该项逾期竣工违约金为（略）.38元×0.0002×369天=148545.33元。此外，一审判决根据双方于2004年5月28日、2006年4月25日签订的《补充协某书》及《南宁军分区青秀山住宅0#、2#楼工程补充协某书》第九条约定，确定城建公司应向明臣公司支付的逾期竣工违约金，符合双方合同约定和法律规定，本院予以维持。综上，城建公司应向明臣公司支付逾期竣工违约金为94602元+33780.5元+123586.5元+33995.7元+49487.3元+26034.6元+26034.6元+148545.33元=536066.53元。城建公司主张0#楼、2#楼逾期竣工是由于0#楼变更设计手续不全造成、明臣公司逾期支付工程进度款造成城建公司施工困难、市X路X路引起误工等原因造成逾期竣工而主张免除其违约责任，以及明臣公司诉请城建公司支付逾期竣工违约金已超过索赔时效而请求驳回明臣公司关于违约金的诉讼请求，证据不足，理由不充分，本院不予支持。
双方就南宁军分区青秀山住宅项目工程总价款尚未结算完毕，城建公司亦未就明臣公司未付工程款提出诉讼请求，城建公司以明臣公司未付清工程款为由不配合明臣公司办理建设工程的竣工验收备案手续，理由不充分，本院不予支持。城建公司作为施工单位，有义务配合明臣公司办理建设工程的竣工验收备案手续，故一审判令城建公司配合明臣公司办理南宁军分区X区X#-6#楼的有关验收备案手续并无不当，本院予以维持。综上，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、第一百一十四条，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条、第十九条、第二十三条及《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十三条第一款第(一)项、第(二)项的规定，判决如下：
一、维持南宁市X区人民法院（2009）青民一初字第X号民事判决第二项；
二、变更南宁市X区人民法院（2009）青民一初字第X号民事判决第一项为：上诉人广西城建建筑工程有限公司应向被某诉人广西明臣置业投资有限公司支付逾期竣工违约金536066.53元。
上述应付款项，义务人应于本判决生效之日起十日内履行完毕。逾期不履行，则应依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十九条的规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。权利人可在本判决规定的履行期限最后一日起二年内，向一审法院或与一审法院同级的被某行财产所在地的人民法院申请执行。
二审案件受理费29753元（上诉人城建公司已预交），由明臣公司负担21986元，城建公司负担7767元。一审案件受理费29753元，鉴定评估费50000元，两项合计79753元，由明臣公司负担58934元，城建公司负担20819元。
本判决为终审判决。
审判长李涛
审判员邓某
代理审判员王瑛瑛
二○一二年四月二十八日
书记员骆春利
附相关法律、司法解释条文：
1、《中华人民共和国合同法》第六十条：当事人应当按照约定全面履行自己的义务。
当事人应当遵循诚实信用原则，根据合同的性质、目的和交易习惯履行通知、协某、保密等义务。
2、《中华人民共和国合同法》第一百零七条：当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
3、《中华人民共和国合同法》第一百一十四条：当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
4、《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十三条：第二审人民法院对上诉案件，经过审理，按照下列情形，分别处理：
（一）原判决认定事实清楚，适用法律正确的，判决驳回上诉，维持原判决；
（二）原判决适用法律错误的，依法改判；
（三）原判决认定事实错误，或者原判决认定事实不清，证据不足，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审，或者查清事实后改判；
（四）原判决违反法定程序，可能影响案件正确判决的，裁定撤销原判决，发回原审人民法院重审。
当事人对重审案件的判决、裁定，可以上诉。
5、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十六条：当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。
因设计变更导致建设工程的工程量或者质量标准发生变化，当事人对该部分工程价款不能协某一致的，可以参照签订建设工程施工合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者计价标准结算工程价款。
建设工程施工合同有效，但建设工程经竣工验收不合格的，工程价款结算参照本解释第三条规定处理。
6、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第十九条：当事人对工程量有争议的，按照施工过程中形成的签证等书面文件确认。承包人能够证明发包人同意其施工，但未能提供签证文件证明工程量发生的，可以按照当事人提供的其他证据确认实际发生的工程量。
7、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十三条：当事人对部分案件事实有争议的，仅对有争议的事实进行鉴定，但争议事实范围不能确定，或者双方当事人请求对全部事实鉴定的除外。
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