辽宁省沈阳市中级人民法院
民事判决书
（2006）沈中民二房初字第X号
原告（反诉被告）：沈阳市农业科学院，住所地：沈阳市于洪区X街X-X号。
法定代表人：卢某某，系院长。
委托代理人：李洪新、韩某某，系辽宁同方律师事务所律师。
被告（反诉原告）：辽宁筑成地产发展有限公司，住所地：沈阳市于洪区X路X号。
法定代表人：赵某某，系董事长。
委托代理人：巴信平、吴某某，系辽宁申扬律师事务所律师。
原告（反诉被告）沈阳市农业科学院（以下简称农科院）诉被告（反诉原告）辽宁筑成地产发展有限公司（以下简称筑成公司）土地使用权转让合同纠纷一案，本院于2006年4月28日受理后，依法由审判员吴某担任审判长，代理审判员李倩主审，与审判员黄进组成合议庭，分别于2006年10月23日、2006年10月30日开庭，公开进行了审理，原告农科院的委托代理人李洪新、韩某某、被告筑成公司的委托代理人巴信平、吴某某到庭参加诉讼，本案现已审理终结。
原告农科院诉称：2002年7月12日，原、被告签订《土地转让合同》，合同约定了双方应履行的义务。同时约定，如应缴纳土地增值税，则双方执行《联建协议》，但因没有缴纳土地增值税，所以双方没有签订《联建协议》。并约定双方应另行签订《建筑工程合同》，但在合同执行过程中，双方并没有按约定签订《建筑工程合同》。合同签订后，原告按约定履行了合同义务，将土地按约定转让给被告，并按期搬迁。被告实际取得了土地，办理了土地权属证书。现被告已在转让的土地上进行了商业开发，且建成的房屋已基本销售完毕，但被告没有按双方约定足额支付合同价款，故诉讼来院。请求法院判令：1、被告立即给付尚欠应付款3000万元，后增加诉讼请求为要求被告给付尚欠款（略）.3元（增加诉讼请求部分未交纳诉讼费）。2、被告承担本案案件受理费。
被告筑成公司答辩及反诉称：2001年7月2日，办综二字（2001）X号“房地产开发领导小组第七次会议纪要”的市长办公会议纪要确定了筑成公司对东至黄河北大街、种子市场；西至规划30米路中心线；南至六、七层住宅楼；北至千山西路、辽宁中医制药厂地块的住宅开发权。该项会议纪要表明沈阳市人民政府已决定收回上述地块的划拨国有土地使用权，并决定将该地块出让给筑成公司。因农科院系上述地块的国有土地使用权人。2002年7月12日、2003年9月10日双方达成“土地使用权转让合同”及“土地使用权转让协议”，约定了双方的权利义务。2003年市土地开发建设领导小组第四次会议纪要再次确认筑成公司对上述地块的开发权，并批准农科院向筑成公司转让该地块的国有土地使用权。嗣后，双方开始履行该土地转让合同。农科院于2003年1月24日在沈阳市规划国土资源局于洪分局办理了该地块的划拨国有土地使用权证。筑成公司分批以现金、实物等方式支付土地转让金7093万元，并依约为农科院代建了办公楼及商品房。筑成公司先后于2003年4月、2004年1月与沈阳市规划和国土资源局办理了该地块内的四宗土地的国有土地使用权证书。2004年筑成公司欲对该地块内的第五宗地号为（略）、面积为83亩的国有土地进行开发建设，并缴纳了该宗地的全部土地出让金，农科院却拒不履行合同约定的协助办理出让手续的义务，并无理要求筑成公司向其交纳80万元/亩的土地转让金。农科院要求筑成公司支付3000万元无事实及法律依据。双方在合同及协议中约定的政府规划路网及绿化用地的转让条款系属于农科院无权处分，该项约定应属于无效。筑成公司已经支付给农科院款物7093万元，已经多付（略）元。因此，请求法院判令：1、农科院向筑成公司交付宗地号为（略）、面积为83亩的国有土地，并协助办理该宗土地使用权出让手续、变更登记至筑成公司名下的义务；2、在客观不能履行交付宗地号为（略）土地的情况下，判令农科院返还多付的土地转让金（略）元；3、判令农科院承担因实现债权而产生的费用24万元；4、反诉费用由农科院承担。在本院审理期间，筑成公司放弃了诉讼请求的第3项。
农科院针对反诉请求答辩称，农科院已经向筑成公司交付土地345亩，基本上已经完成了土地使用权转让合同约定的350亩转让标的，筑成公司的反诉请求没有事实及法律依据。
经审理查明，2002年7月11日农科院就土地使用权转让事宜请示市农发局，经市农发局同意，农科院（甲方）于2002年7月12日与筑成公司（乙方）签订《土地使用权转让合同》（合同编号：2002年地转合字第X号）约定：甲方与乙方就土地使用权转让一事，为明确各自的权利义务，根据有关法律规定，经协商一致，约定如下条款：第一条转让土地的基本情况：甲方转让给乙方的地块位于沈阳黄河北大街X号，面积定为贰拾叁万三千三百叁拾平方米（350亩），包括政府规划绿地和规划路均在转让之列，转让条件相同。其位置为：东至黄河北大街农科院开发楼和市场交界，南至赤山路林业局家属楼，西至市安居工程松山小区，北至千山西路（转让的土地位置、面积和四至范围以土地规划测绘部门实地测量甲方指定位置为准，并经双方签字确认）。该块土地质量及周边环境以甲乙双方订立合同时为准，乙方在签订合同前已充分考察并予以确认，本合同生效后不得以此对甲方提出抗辩。第二条转让条件：一、土地使用权转让时，土地使用权出让合同和登记文件中所载明的权利、义务随之转移。甲方应在合同生效后十日内与乙方共同办理土地使用权变更手续。二、本合同执行过程中，双方所涉及的税费（土地增值税除外），均由乙方承担并办理缴纳手续。如应缴纳土地增值税，则本合同终止执行，双方执行《联建协议》。三、乙方同意为甲方承建下列工程，工程全部费用由乙方承担，产权归甲方所有。1、在首期开发的同时，乙方在临近黄河北大街农业科学院开发楼位置为甲方新建一座框架结构的综合办公楼，建筑面积为8800平方米，不足或增加面积按现价计算。甲方综合办公楼建筑用地的使用权，不向乙方转让。综合办公楼的造型、结构、功能应满足甲方的要求。综合办公楼的建筑设计图只需经甲乙双方共同审定签字后报政府有关部门批准后方可施工。综合办公楼全部建设费用及手续均由乙方承担。综合办公楼的产权手续由乙方负责办理。属甲方所有，甲方协助提供相关手续。综合办公楼必须在本合同生效一年内建成验收并全部交付甲方使用。2、乙方在首期开发同时，按建筑成本价为甲方建设职工优惠商品房（略）平方米，其位置由甲乙双方商定，优惠商品房建筑用地面积按设计用地面积为准，不向乙方转让。甲方不得就（略）平方米商品房的建筑用地向乙方征收任何费用。优惠商品房价格为每平方米建筑面积壹千壹佰元（1100元）人民币，建筑标准与乙方第一期出售的商品房标准一致。优惠商品房由乙方统一设计、统一建设、统一办理产权手续，统一收费管理，由乙方与购房者签订《购房协议》。在本合同生效一年内建成并交付使用。职工购优惠商品房时，如需在优惠面积以外增加面积，乙方按当时对外出售同等标准商品房最低价格计算房款。以上工程甲方与乙方另行签订《建筑工程合同》，作为本合同组成部分，与本合同具有同等效力。乙方同意按《建筑工程合同》承建上述工程。四、双方同意位于首期土地转让范围中的温室、大棚于2002年11月30日前拆除；甲方的科研办公楼、开发实验楼共两座，甲方使用到乙方为其新建综合楼验收交付使用；并付清一期开发土地转让金以及二期开发土地转让定金人民币伍佰万元（500万元）后搬迁。第三条转让价格：本合同土地转让金每平方米净价格（不含一切税费）为人民币叁佰柒拾伍元整（25万元/亩）。第四条转让方法：本合同土地分两期转让，分两期办理土地使用权变更手续。第一期土地转让在本合同生效后，转让面积捌万平方米（120亩），位置在川江街以东甲方指定位置。转让后甲方自留土地位置：东至种子市场，南与种子市场南边界相齐，北至千山西路。第一期转让面积、位置应在土地测绘平面图上标明，并经双方签字确认。第二期土地转让在2003年6月30日前，转让面积壹拾伍万叁千叁佰叁拾平方米（230亩），每亩净价格25万元，位置在川江街以西。乙方如不能全部执行第一期土地转让合同，甲方有权终止执行全部合同。第五条转让金支付：一、本合同签订前，乙方向甲方支付人民币1000万元预付金（已支付完毕）。二、本合同签订后十日内，乙方向甲方一次性全额支付第一期土地转让金。土地转让金总额为每平方米价格乘以实际转让面积之积。以合法土地使用证标定面积为准，土地证面积需与实际面积相吻合。三、第一期土地转让金按本条第二项约定，全部汇入甲方帐户后，本合同正式生效。四、乙方同意为甲方建职工优惠商品房（略）平方米，甲方职工向乙方交纳的1000万元购房预付款和全额购房款均由甲方代乙方收取，用以抵扣乙方支付甲方的土地转让金。乙方不得以任何方式收取购房款，同时依据甲方出具付款发票和通知书，方可办理入住手续。五、2003年6月30日前乙方将第二期土地转让金全额付给甲方，第二期土地转让合同正式生效。第六条担保条款：为避免甲方土地转让风险，乙方同意在取得第一期转让土地使用权证的同时将本合同第一期转让的土地使用权抵押给甲方，乙方协助甲方办理所有抵押手续。乙方按合同履行完义务后，包括：全额支付第一期和第二期土地转让金；按要求支付应由乙方支付的有关税费；综合楼和职工住宅全部验收合格，办理完建筑物产权证书，并按时交付使用。甲乙双方可办理解除抵押权手续等条款。
2002年7月12日以农科院为甲方、筑成公司为乙方签订了两份补充协议，即优惠商品房、办公楼部分和贷款部分。（优惠商品房、办公楼合同的相关权利义务不包括在本案原告的诉讼请求之中）。贷款部分的补充协议的主要内容：农科院（甲方）、筑成公司（乙方）。在双方签订的《土地使用权转让合同》、《关于土地使用权转让合同的补充协议（优惠商品房、办公楼部分）》的基础上，就甲方转让银行贷款（甲方位置在川江街X路以东，北至千山西路的土地以抵押方式向沈阳市农业银行贷款：人民币壹仟伍佰万元整）给乙方偿还一事签订如下协议：一、前期转让金支付情况：1、本合同签订前乙方已向甲方支付完毕土地转让预付金（略）元（壹仟万元整）。2、乙方同意为甲方首期开发建设职工优惠商品房（略）平方米，乙方以每平方米建筑面积壹千壹佰（1100元）人民币优惠价出售给甲方职工，甲方代乙方收取购房预付款（略）元（壹仟万元整）[按实际收取额为准]，用以抵扣乙方支付甲方的土地转让金。二、本期转让金支付情况：甲方向沈阳市农业银行贷款（略）元（人民币壹仟伍佰万元整），现累计本息（以银行实际结算文件合计额为准）转让由乙方偿还（2002年上半年利息由乙方负责偿还，实际发生利息金额转入乙方支付甲方土地转让金中），此款用以抵扣乙方支付甲方的土地转让金。三、乙方向甲方支付土地转让金总累计达到约（略）（肆仟万元整），其中乙方代甲方偿还优惠贷款金额本息合计（人民币壹仟伍佰万元整）按实际优惠发生金额为准的贷款本息合计作为土地转让金（即乙方向甲方支付的土地转让金不少于4000万元，作为第一期土地转让金，其中超出部分作为乙方向甲方支付的第二期定金）。甲方须向乙方开具实收土地转让金额收据，作为乙方入账凭据。
2002年8月18日，双方又签订了一份《关于土地使用权的补充协议》，内容为：农科院与筑成公司在《土地转让合同》及后续签订的合同、协议的基础上，就出让土地上设施换建等相关事宜达成该补充协议。即双方同意综合楼的整体装饰及配套全不由筑成公司负责实施。原合同、协议规定由筑成公司承担的费用由其负责，其余的费用从筑成公司应向农科院支付的土地出让金中抵扣。筑成公司应按合同约定按期足额向农科院支付土地转让金及有关税费。否则，筑成公司须将同期开发的门市房低于市场价格转让给农科院，以抵顶土地转让金或有关税费。工程建设费用抵减乙方应向甲方支付的土地转让金。该协议双方没有履行。
2002年12月10日，双方签订《关于土地使用权转让合同的补充协议（土地抵押部分）》。约定：农科院（甲方）、筑成公司（乙方）在签订的《土地使用权转让合同》、《关于土地使用权转让合同的补充协议（优惠商品房、办公楼部分）》的基础上，就甲方原土地（甲方位置在川江街X路以东，北至千山西路）抵押给沈阳市农业银行贷款：（略）元（人民币壹仟伍佰万元整）一事签订如下协议：一、双方原《关于土地使用权转让合同的补充协议（贷款部分）》中甲方在农业银行贷款壹仟伍佰万元整体转贷于乙方，因没有得到主管银行批准，现仍由甲方继续承贷，不再转贷于乙方，同时甲方同意将原抵押土地（川江街X路以东，北至千山西路）转至川江街X路以西，北至千山西路继续抵押，并解除原土地的抵押贷款状态，以使乙方的工程正常开发。二、乙方同意为甲方新抵押给银行的土地（川江街X路以西，北至千山西路），进行担保并承担连带经济责任，在甲方没有偿还能力的情况下，乙方同意为甲方偿还银行贷款，还贷资金视为乙方向甲方支付的土地转让金。乙方同时承担甲方农业银行贷款（略）元（人民币壹仟伍佰万元整）利息（2002年上半年利息由乙方负责偿还，实际发生利息金额转入乙方支付甲方土地转让金中）；从七月份到本协议签订时止的利息由乙方无条件偿还；本协议签订后产生的银行贷款利息（壹仟万元部分），由乙方负责偿还。三、此协议签订后，乙方另行支付给甲方土地转让金（略）（人民币伍佰万元），款到甲方帐面后，此协议生效，甲方同意乙方在首期转让土地（8万平方米）上及由乙方为甲方职工建设的优惠商品房土地上进行现场施工，拆迁工程条款执行原《关于土地使用权转让合同的补充协议（优惠商品房、办公楼部分）》，并约定了其他相关条款。
2003年7月15日双方签订《土地使用权转让合同补充协议》，嗣后，于2003年9月10日双方就该份协议的内容重新进行了约定。即：农科院（甲方）、筑成公司（乙方）于2002年7月12日签订了《土地使用权转让合同》（合同编号：2002年地转合字第X号，以下简称原合同）。为使合同顺利履行，维护双方的合法权益，经双方协商达成以下补充协议。一、第一期实际转让面积以2003年5月7日乙方取得的土地使用权面积为准，即135.85亩，以上土地使用权全部转让给乙方，土地转让金据此计算。二、第一期土地转让金总计为135.（略）万元=3396.25万元。三、乙方应付的第一期土地转让金采取以下方式支付：1、乙方首次支付给甲方土地转让金2583.75万元，支付时间执行原合同；余款812.5万元在2004年底前结清。2、乙方应按原合同规定为甲方新建8800平方米办公楼。如乙方为甲方新建的办公楼不足8800平方米，乙方应以甲方认可的其他建筑物（如乙方新建门市房）面积补足。四、第一期土地转让付给甲方的现金及实物收入，凡应由甲方缴纳的各项税费（不含土地增值税）全部由乙方承担。乙方应按时将税费款足额打入甲方指定的帐户。五、本协议与原合同内容不一致的，以本协议内容为准，原合同其余部分继续有效。六、本协议签订后，双方应按约定履行，如一方违约另一方有权终止原合同及有关协议的履行，并由违约方承担违约责任。
同日，双方还签订了另一份《土地使用权转让合同补充协议》。约定：农科院（甲方）、筑成公司（乙方）。甲方与乙方于2002年7月12日签订了《土地使用权转让合同》（合同编号：2002年地转合字第X号，以下简称原合同）。为使合同顺利履行，维护双方的合法权益，经双方协商达成以下补充协议。一、原合同约定第二期转让土地中含市政府规划绿地面积48亩。乙方向甲方支付此块绿地的用地补偿金。二、绿地补偿金的金额为387.5万元（叁佰捌拾柒万伍千元整人民币）。三、绿地补偿支付时间执行原合同。四、本协议与原合同内容不一致的，以本合同内容为准，原合同其余部分继续有效。本协议签订后，双方应按约定履行，如一方违约另一方有权终止原合同及有关协议的履行，并由违约方承担违约责任。
2003年9月10日，双方还签订了一份《门市房认购协议书》，一份《关于支付土地转让金情况及有关事宜的确认书》。其中，《门市房认购协议书》约定：筑成公司（甲方）、农科院（乙方）。购房地点、面积和交房时间、标准：（一）门市房地点：川江街X#-8#、10#、12#、14#楼之间临街二层门市房，建筑结构为框架结构。（二）乙方认购面积：约2267平方米。（三）门市房交付时间：甲方于2003年10月30日前将门市房交付乙方使用。（四）建设标准按普通办公楼标准建设，物业管理与标准与整个园区一致。（五）乙方认购甲方门市房，在满足国家设计规范及规划设计要求的前提下，其内部设计格局（非柱网结构）需征得乙方同意。价格及付款方式：（一）价格及总价款。乙方认购门市房的价格为3500元/平方米，总价款约（略）元（柒佰玖拾叁万陆千伍佰元整）。实际总价款以房产证核发面积乘以每平方米价格计。（二）付款方式。乙方认购甲方川江街门市的全部房款用于抵扣甲方应付给乙方的土地转让金。五、双方责任：（一）甲方责任。（1）甲方负责给乙方办理门市房《房屋产权证》及《土地使用证》等所有相关手续。
《关于支付土地转让金情况及有关事宜的确认书》约定：农科院（甲方）、筑成公司（乙方）。根据甲方与乙方于2002年7月12日签订的《土地使用权转让合同》，现就乙方向甲方支付土地出让金有关事宜确认如下：一、乙方应向甲方支付土地转让金的数额：1、根据合同约定，土地分两期转让，第一期土地转让面积约135.85亩（含乙方向甲方提供职工优惠商品房的占地面积约32.5亩）。2、截止目前，乙方应向甲方支付第一期土地转让金的数额：25万/亩×135.85亩=3396.25万元。2、乙方应向甲方支付第二期土地转让与预付金的数额：500万元。3、迄今为止，乙方应向甲方支付第一期土地转让金和第二期土地预付金的总额：3896.25万元。二、乙方已向甲方支付土地转让金情况：乙方已向甲方支付土地转让金的数额：约2300万元。其中：1、2000年11月28日1000万元；2、2002年7月16日300万元；3、2003年5月7日200万元；4、2003年远期支票200万元；5、累计支银行贷款利息约100万元；6、2003年8月支付银行贷款500万元。三、乙方欠付甲方第一期土地转让金和第二期土地转让预付金的数额：约1596.25万元人民币，双方协商同意，乙方欠付甲方的资金以乙方在第一期开发土地上建设的川江街门市房（建筑面积约2132平方米）冲顶746.25万元；以甲方为乙方代收的甲方职工应向乙方交纳的购房与预付金850万元抵扣。四、其他事项及乙方有关承诺。1、关于甲方原有地上建筑物置换乙方新建综合楼X平方米的有关事项；（1）乙方为甲方新建的综合楼一、二、三层的实际总面积7087平方米，尚缺约1713平方米（实际面积以房产证上的面积计）。所缺面积以川江街门市房的等额面积约1713平方米抵补；（2）新建综合楼一、二、三层的公用部分（含电梯间、走廊、楼梯、卫生间等）面积，按甲方所属建筑面积占整个大楼面积（约（略）平方米）的比例中计给甲方。2、乙方有关承诺：（1）凡乙方向甲方职工出售优惠商品房的建设面积超过25平方米的，阳台面积从建筑面积中减除。且乙方帮助协调减免阳台面积的冬季取暖费。（2）凡乙方向甲方出售优惠商品房带有电梯的，免收10年电梯费。五、以上所提到的支付货币种类均以人民币计算。六、未尽事宜，双方通过友好协商解决。七、本确认书一式肆份，甲乙双方各持贰份。
2004年12月20日，甲方：中国农业银行沈阳市皇姑支行、乙方：农科院、丙方：筑成公司协商一份《三方协议书》，在该协议上筑成公司加盖了公章，但中国农业银行沈阳市皇姑支行未盖章。主要内容为:由于丙方购买乙方土地没有付清全部款项，乙方要求丙方偿还乙方在甲方950万元贷款。出于丙方流动资金方面的原因不能短期内偿还全部贷款本金，因此950万元贷款继续由乙方作为贷款主体，由丙方偿付利息。具体协议如下：1、乙方继续做为950万元贷款的贷款主体，由丙方提供在建工程做为抵押物，承担连带担保责任，按期办理借新还旧。2、950万元贷款利息由丙方按期偿还。3、丙方同意在甲方北街分理处开设一般存款帐户，由甲方北街分理处在每月计息日直接从丙方帐户扣出贷款利息，不需另行通知丙方。4、丙方要保证在每月的计息日前，账户内有足够的存款余额用于偿付利息。如果因丙方的原因造成利息不能按时偿付超过三个月，甲方有权诉讼处理抵押的资产。
另查明，2003年3月8日农科院与筑成公司就水源井签订转让协议，农科院将水源井转让给筑成公司，价款5万元。
2002年7月12日合同签订后，双方开始履行合同内容。筑成公司以出让方式获得了双方合同约定范围内的四宗土地的土地使用权，即沈阳国用（2003）字第X号，使用权面积（略）平方米、沈阳国用（2004）字第X号，使用权面积（略）.8平方米、沈阳国用（2004）字第X号，使用权面积（略）平方米、沈阳国用（2004）字第X号，使用权面积（略）.8平方米。筑成公司在该宗土地范围内进行了商业开发，其《建设用地规划许可证》通知书（沈规土证附字02年X号）中载明：规划建设用地面积（略）平方米，代征（代腾迁）城市X路用地：9035平方米，代征（代腾迁）绿化用地2520平方米。《建设用地规划许可证》通知书（沈规土证附字04年X号）中载明：规划建设用地面积（略）平方米，代征（代腾迁）城市X路用地：（略）平方米，代征（代腾迁）绿化用地（略）平方米。《建筑扩初设计审定通知单》（沈规建审字04年X号）载明：配套用地中包括学校5200平方米、幼儿园2400平方米。《建设用地规划许可证》通知书（沈规土证附字04年X号）中载明：规划建设用地面积（略）平方米，代征（代腾迁）城市X路用地：1950平方米，
审理中，经双方当事人对帐确认筑成公司以货币方式支付的土地转让金（略）.1元，给付农科院门市房6330.24平方米。
双方存在争议的款项：1、顶账门市房发生的费用（略）.52元；2、2002年下半年及以后的贷款利息（略）.65元；3、空调、电力增容费用；电费（略）.46元；2005年、2006年贷款利息102万余元；3、顶账门市房的面积。
至本案诉讼，农科院尚欠农业银行贷款本金750万元。
上述事实有《土地使用权转让合同》（合同编号：2002年地转合字第X号）、《关于土地使用权转让合同的补充协议（优惠商品房、办公楼部分）》、《关于土地使用权转让合同的补充协议（贷款部分）》、《关于土地使用权转让合同的补充协议（土地抵押部分）》、2002年8月18日《关于土地使用权的补充协议》、2003年7月15日《关于土地使用权的补充协议》、2003年9月10日《关于土地使用权的补充协议》、《门市房认购协议书》、《关于支付土地转让金情况及有关事宜的确认书》、《三方协议书》、2003年3月8日水源井转让协议、国有土地使用权证-沈阳国用（2003）字第X号、沈阳国用（2004）字第X号、沈阳国用（2004）字第X号、沈阳国用（2004）字第X号，《建设用地规划许可证》通知书（沈规土证附字02年X号）、《建设用地规划许可证》通知书（沈规土证附字04年X号）、《建筑扩初设计审定通知单》（沈规建审字04年X号）、《建设用地规划许可证》通知书（沈规土证附字04年X号）、土地使用权档案、地籍图、记账凭证、合作建校协议、行政批复以及双方当事人陈述，已经庭审质证，在卷佐证。
本院认为，一、关于合同效力及相关问题。1、原告农科院与被告筑成公司签订的《土地使用权转让合同》，约定转让的土地使用权性质为行政划拨土地，其中含规划路面积为（略）平方米，该规划路面积在农科院原土地使用权证（于洪国用（2003）字第X号）中已经注明不得占用。因此，双方在《土地使用权转让合同》关于转让规划路使用权的约定，因农科院对于该部分土地使用权无处分权，故合同中关于转让规划路土地使用权的约定应属于无效。该份《土地使用权转让合同》的其余条款及双方基于该份《土地使用权转让合同》的其余条款所签订的一系列补充协议以及《门市房认购协议书》、《关于支付土地转让金情况及有关事宜的确认书》、《三方协议书》、水源井转让协议系双方真实意思表示，且不违反法律规定，且部分土地使用权已经土地部门批准并办理了使用权出让手续，筑成公司已经实际取得了转让的土地使用权，因此，按照最高人民法院法释[2005]X号司法解释第十一条：土地使用权人未经有批准权的人民政府批准，与受让方订立合同转让划拨土地使用权的，应当认定合同无效。但起诉前经有批准权的人民政府批准办理土地使用权出让手续的，应当认定合同有效。第十二条：土地使用权人与受让方订立合同转让划拨土地使用权，起诉前经有批准权的人民政府同意转让，并由受让方办理土地使用权出让手续的，土地使用权人与受让方订立的合同可以按照补偿性质的合同处理的规定，该土地使用权转让的一系列合同应为有效，对双方具有拘束力。
2、关于第一期土地使用权面积的认定。农科院与筑成公司在2002年7月12日签订的《土地使用权转让合同》中明确约定转让的地块位于沈阳黄河北大街X号，面积定为贰拾叁万三千三百叁拾平方米（350亩），包括政府规划绿地和规划路均在转让之列，转让条件相同。其位置为：东至黄河北大街农科院开发楼和市场交界，南至赤山路林业局家属楼，西至市安居工程松山小区，北至千山西路（转让的土地位置、面积和四至范围以土地规划测绘部门实地测量甲方指定位置为准，并经双方签字确认）。该块土地质量及周边环境以双方订立合同时为准，筑成公司在签订合同前已充分考察并予以确认，本合同生效后不得以此提出抗辩，并约定土地分两期转让，分两期办理土地使用权变更手续以及转让土地使用权单价、给付方式的相关条款。2003年5月7日筑成公司取得了第一期转让土地（略）.8平方米土地的使用权证，2003年7月15日双方签订《土地使用权转让合同补充协议》，嗣后，于2003年9月10日双方就该份协议的内容重新进行约定，即第一期实际转让面积以2003年5月7日筑成公司取得的土地使用权面积为准，即135.85亩，以上土地使用权全部转让给筑成公司，土地转让金据此计算，土地转让金为3396.25万元。由此，可以认定双方以协议方式对2002年7月12日的《土地使用权转让合同》进行了变更，即第一期转让土地中不包括规划路面积，而以筑成公司2003年5月7日筑成公司取得的土地使用权面积为准，即135.85亩。本案中，农科院在诉讼请求的尚欠款数额中计算了第一期土地中的9035平方米规划路面积，因该主张与双方补充协议约定不符，故其关于该部分土地转让费的请求，本院不予支持。
3、关于第二期土地使用权问题。（1）第二期转让土地中规划绿地的约定应否有效问题。2003年9月10日双方签订的另一份《土地使用权转让合同补充协议》。约定：农科院在2002年7月12日的《土地使用权转让合同》约定第二期转让土地中含市政府规划绿地面积48亩。筑成公司应支付此块绿地的用地补偿金。从以上约定可以看出，双方对2002年7月12日的《土地使用权转让合同》约定的转让土地中包括的规划绿地进行明确约定，即转让的绿地面积为48亩，转让费为387.5万元。因该部分绿地面积包括在农科院的原土地使用权范围之内，且双方以协议方式明确了转让标的、面积及价款，故筑成公司提出农科院对于绿地占用土地使用权的转让属于无权处分的主张，本院不予支持。
（2）关于第二期转让土地中应否包含规划路及教育用地问题。因双方就第二期土地使用权未重新以协议方式进行明确，故该期土地使用权的面积，除绿地之外的部分应当按照2002年7月12日的《土地使用权转让合同》的内容确定。如前所述之理由，转让规划路使用权部分的约定无效，因此，二期土地使用权转让面积中不应包含规划路面积。审理中查明，筑成公司在第二期转让过程中已经取得土地使用权证的净地面积为（略）.8平方米＋（略）平方米＋（略）.8平方米＝（略）.6平方米，该面积应当计算转让金。
另关于教育用地（略）.6平方米应否给付转让费问题，本院认为，因该宗土地原属于农科院土地使用权范围内，筑成公司开发建设审批时，与于洪区教育局达成合作建设协议，约定学校、幼儿园建设用地及建设资金由筑成公司提供，建成后的土地使用权、房屋所有权归属于洪区教育局。后该宗土地使用权经行政划拨从农科院变更为于洪区教育局，因此，可以认定农科院已经向筑成公司履行了交付土地的义务，筑成公司应当向农科院支付该宗土地使用权的转让费用。
二、关于筑成公司的反诉请求。筑成公司提出农科院应向其交付宗地号为（略）、面积为83亩的国有土地、协助办理该宗土地使用权出让、变更登记手续的主张，因宗地号为（略）地块不包括在2002年7月12日的《土地使用权转让合同》范围之内，双方对该地块亦未达成转让协议，故筑成公司基于该宗土地所提出的反诉请求，本院不予支持；关于筑成公司提出的要求农科院承担因实现债权而产生的费用24万元的主张，因其在法庭审理中明确表示放弃该项诉讼请求，本院予以准许。
三、关于筑成公司应否承担贷款利息问题。2002年7月12日农科院、筑成公司签订贷款部分补充协议，约定了农科院向沈阳市农业银行贷款（略）元（人民币壹仟伍佰万元整），现累计本息（以银行实际结算文件合计额为准）转让由筑成公司偿还（2002年上半年利息由筑成公司负责偿还，实际发生利息金额转入筑成公司支付农科院土地转让金中），此款用以抵扣筑成公司支付农科院的土地转让金。2002年12月10日双方对贷款问题重新约定筑成公司同意为农科院新抵押给银行的土地（川江街X路以西，北至千山西路），进行担保并承担连带经济责任，在农科院没有偿还能力的情况下，筑成公司同意为农科院偿还银行贷款，还贷资金视为筑成公司向农科院支付的土地转让金。筑成公司同时承担农科院农业银行贷款（略）元（人民币壹仟伍佰万元整）利息（2002年上半年利息由筑成公司负责偿还，实际发生利息金额转入筑成公司支付农科院土地转让金中）；从七月份到本协议签订时止的利息由筑成公司无条件偿还；本协议签订后产生的银行贷款利息（壹仟万元部分），由筑成公司负责偿还。双方的上述约定系农科院将还贷义务转移给筑成公司，筑成公司偿付银行的贷款抵偿应给付农科院的土地转让费。协议明确约定“七月份（2002年）到本协议签订时止的利息由筑成公司无条件偿还；本协议签订后产生的银行贷款利息（壹仟万元部分），由筑成公司负责偿还。”该约定表明协议签订后，筑成公司负有偿还贷款及利息的义务。还贷本金及2002年上半年实际发生利息金额视为给付农科院的土地转让费，2002年7月以后发生的贷款利息应由筑成公司偿还，并不抵顶土地转让费。因此，农科院主张其代筑成公司已向银行偿还的贷款利息筑成公司应予给付。
四、关于农科院主张的营业税、印花税问题。按照双方合同约定筑成公司应当负担除土地增值税以外的所有税款。但因农科院主张的该两笔税款额度应以双方土地转让款项的确定为前提，且未实际缴纳，故本案对此暂不予处理，农科院可在该笔费用实际发生后另行主张权利。
五、关于门市房手续费、公共设施维修基金、契税问题，该费用是原被告双方在以门市房顶账过程中产生的，而按照双方约定在给付转让金过程中除土地增值税外，其他税费均由筑成公司承担，因此，该笔费用，筑成公司应当给付。
六、关于已付款问题。案在审理中经本院组织双方进行对帐，双方没有争议的已付款数额为（略）.1元。
1、关于顶帐门市房的面积问题。农科院主张筑成公司给付的6330.24平方米门市房中应该有1713平方米是用来补足综合楼面积不足部分的，因此，顶帐门市房的面积应为4617.24平方米。对此，本院认为，双方曾在《关于支付土地转让金情况及有关事宜的确认书》约定了新建综合楼X平方米的有关事项，确定综合楼尚缺约1713平方米（实际面积以房产证上的面积计）。所缺面积以川江街门市房的等额面积约1713平方米抵补，但因本案中不涉及新建综合楼问题，关于综合楼的合同双方尚未履行完毕，故该6330.24平方米门市房中的1713平方米可计算为抵顶土地转让金，综合楼面积可在该合同中予以处理。故6330.24平方米门市房的面积按照双方约定的每平方米3500元计算的价款，应当折抵筑成公司给付农科院的土地转让金。
综上所述，依照《中华人民共和国合同法》第六十条、第一百零七条、最高人民法院法释[2005]X号司法解释第十一条、十二条之规定，判决如下：
一、辽宁筑成地产发展有限公司于本判决生效后30日内给沈阳市农业科学院土地使用权转让费（略）.55元；
二、驳回辽宁筑成地产发展有限公司的反诉请求。
如果未按本判决指定的期间履行给付金钱义务，应当依照《中华人民共和国民事诉讼法》第二百三十二条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。
案件受理费（略）元，保全费（略）元,总计（略）元，由农科院负担（略）元，筑成公司负担（略）元；反诉费（略）元，由筑成公司负担。
如不服本判决，可于本判决书送达之日起十五日内，向本院提出上诉，并按对方当事人的人数提交上诉状及副本，上诉于辽宁省高级人民法院。
审判长吴某
审判员黄进
代理审判员李倩
二○○七年三月十五日
书记员白凤岐
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