在2008年12月18日上午我在工作期间被手拉四轮大铁车撞伤胸部，送往广州市第一人民医院，经医院诊断为右锁骨远端骨折、右侧气胸（外伤性）、肋骨骨折（右1、4、5，左2），经治疗后出院我深感身体不适。经公司同意， 2009年2月16日前往中山大学附属二院检查，确诊为“1、右上、下肺血肿 2、右上肺大疮”，需要对右上、下肺肿物切除和右上肺大疮切除手术。经鉴定机构鉴定我为九级工伤，工伤认定书出来后我发现没有把第二次住院“右上、下肺血肿 ，右上肺大疮”没认定为工伤。 1、 住院期间要求我写借条借款4000元，当时借款理由是用作手术门诊治疗周转费用，我已给了公司发票但借条不还给我，现按月在我的工资扣除。 2、 第二次住院发生的医疗费8000元也没给我报销。 请问我怎么才能把这些款拿回？